時は203X年。渋谷で警備ロボットが暴走する事件が発生。公安総務課の刑事、中村奈緒は明智小五郎に事件解決を依頼する。しかし、明智はすでに少年探偵団の井上了を引き連れてロボットの製造元である《ひのもと重工》に急行していた。一方、団員の花崎健介は、迷い犬を捜索。同じく団員のテクニカル担当、野呂誠からサポートを受けて迷い犬を廃ビルまで追い詰める。すると、花崎の前に謎のもやを纏う少年、小林芳雄が現れる。