Este es un mundo en el que monstruos y humanos coexisten. Aquellos que cazan los monstruos son llamados Cazadores. En un pequeño rincón del mundo de los Cazadores se encuentran los Riders, quienes forman vínculos con los monstruos para coexistir con ellos. Con sus Piedras del Vínculo que les permiten despertar poderes latentes en el interior de los monstruos, los Riders viven en secreto junto a sus Otomon, los monstruos con los que han formado un vínculo.

Ryuto es un joven que vive en la aldea Rider de Hakum, y sueña con ser el mejor Rider del mundo. Habiendo cumplido 12 años, parte en un viaje para encontrar su propio Otomon antes de la ceremonia en la que le entregarían su propia Piedra del Vínculo. Junto con su amigo Shuval, su amiga de la infancia Lilia y su compañero Naviloo, parte hacia el bosque, donde tendrá un milagroso encuentro con un Rathalos.

Así da comienzo una historia en la que un Rider y su Otomon estrecharán vínculos.