Tom reprend du service chez Halcyon afin de retrouver Anna Copeland, agent de la CIA, et son fils, kidnappés par Leland Bray, lui-même ancien agent.

En parallèle, Howard Hargrave, toujours vivant, prend contact avec son fils pour qu'il infiltre Halcyon Aegis afin de découvrir les mystère derrière sa tentative d'assassinat et la dispariton de Christopher/Tom enfant.