大切な存在を失ったブライアン・ミルズは、復讐のため、その原因を作った犯罪組織の親玉を倒すことを胸に誓う。時を同じくして、クリスティーナ・ハートという女性率いる米国の秘密諜報組織がブライアンに接触。彼を工作員としてスカウトする。

数週間にわたって現場に出られなかったものの、ようやく第一線で活動する機会を得たブライアン。その後間もなく携わった任務によって、政府高官の死をめぐる陰謀が発覚する。一方そのころ、ハートはかつての知人に連絡をとっていた。

ブライアン（クライヴ・スタンデン）とチームは、連れ去られたテロ容疑者の行方を追う。それがきっかけとなり、政府内部でより深謀な企てが進んでいることが明らかになる。厄介なニュースを受け取ったクリスティーナ（ジェニファー・ビールス）は、ハリー（ドミニク・フムザ）に助けを求める。ブライアンがメヒア（ロマーノ・オルザリ）に執着にしていることについて、アシャ（ブルックリン・スダーノ）は懸念を表すのだった。

退役軍人らに与えられた致命的なドラッグについて、真実を明らかにしようと訴えるライリー（ジェニファー・マーサラ）。だがその結果、彼女のスパイの子供がさらわれてしまう。ブライアン（クライヴ・スタンデン）は命令に背いて少女を助け、真実にたどりつこうとするが...　アシャ（ブルックリン・スダーノ）の部屋が荒らされ、彼女は震え上がる。そのときとき新たな隣人が現れて彼女を落ち着かせるのだった。

政治と経済と混乱を防ぐべく、クリスティーナ（ジェニファー・ビールス）はチューリッヒの機密文書の回収を命じる。ところが、銀行保管庫への潜入は三つどもえの争いに発展、脱出をかけたレースの様相を呈する。一方、アシャ（ブルックリン・スダーノ）がエレーナ（レイラ・アリザダ）を信用したのは誤りだったことが判明。ブライアン（クライヴ・スタンデン）は危うい立場に追い込まれてしまう。

合衆国国家情報長官のもとに、ロシア連邦保安庁（FSB）工作員の亡命を手引きしてほしいとの要請が入る。しかしその工作員のガールフレンドがなかなかの曲者で、チームの計画は妊娠中の彼女に引っ掻き回されるのだった。CIA内部に存在する二重スパイの正体を暴くため、クリスティーナ（ジェニファー・ビールス）は奥の手を使う。ジョン（ガイウス・チャールズ）は、自分の兄弟と地元のギャングとの問題の解決に乗り出すが、事態は心の危機に発展する。

メヒアの武器作戦を妨害すべく、一丸となって動くチーム。そんななか、ブライアン（クライヴ・スタンデン）が連れ去られてしまう事態に。ODNIの訓練を活かして脱出を試みるブライアン。時を同じくして、チームの面々も果敢に救出に乗り出そうとしていた。一方、ブライアンとアシャ（ブルックリン・スダーノ）の関係は次の段階に進もうとしていた。

ODNIが、若年性アルツハイマーにかかったイスラエルのスパイを支援することに。この人物の所属組織は、彼女を亡き者にしようとしていた。それを見ていたクリスティーナ（ジェニファー・ビールス）は、自分も似たような運命をたどるのではと不安を覚える。というのも、クリスティーナ自身が組織内部の勢力に狙われていたのだった。ブライアン（クライヴ・スタンデン）はアシャ（ブルックリン・スダーノ）への不信を募らせ、やがて痛ましい口論が持ち上がる。

ODNIはメヒア（ゲスト出演ロマーノ・オルザリ）の身柄をFBIに引き渡さざるを得なくなっていた。ところが、組織がその現場を狙っているという噂が飛び込んでくる。ジョン（ガイウス・チャールズ）とレム（ジェームズ・ランドリー・ヘバート）の2人が受け渡しの中止に向けて動くなか、ブライアン（クライヴ・スタンデン）はメヒアを拘留するため強硬策をとる。一方その頃、アシャ（ブルックリン・スダーノ）は友人であるエレーナ（ゲスト出演レイラ・アリザダ）の正体を知るのだった。

FBIがクリスティーナ（ジェニファー・ビールス）を指揮官の座から引きずり降ろそうとするなか、メヒアの仲間を止めるべく独断で動くブライアン（クライヴ・スタンデン）とジョン（ガイウス・チャールズ）。彼らが一線を越えてしまう前に決着をつけようとするが...　頼れる者のいない、孤立無援のODNIは、自分たちの仕事を、命を、そして身近な者たちを失うリスクを冒すのだった。