巨大龙卷风吹袭都心！风眼周围相继出现目击有翼怪物的情报。怪奇现象追迹网站・SSP成员 直美、捷达、森挺身调查怪物却被卷进龙卷风，这时候，他们追求的怪物・风之魔王兽玛伽巴萨及与此战斗的光之巨人在眼前出现了！当继续进行危险调查的SSP陷入穷途末路的危机时，神秘青年・红凯出现了！他正是新奥特英雄・欧布奥特曼！

大楼沉落消失的怪现象发生！而且，潜伏在地底不知向何人送上力量的谜之男・伽克拉斯伽古拉，一连串大楼沉落事件是为了解开古代的封印，正当SSP的森发现时，土之魔王兽玛伽古兰特王觉醒！虽然凯变身奥特曼欧布对抗，但是在玛伽古兰特王的力气前，欧布陷入苦战！

受水之魔王兽魔格伽巴的影响，市内的水全都变臭了，这严重影响了人们的生活，红凯追寻到了魔格伽巴却遭到了伽古拉的阻挠。摆脱伽古拉后红凯变身重光型欧布奥特曼与之战斗，但奇臭无比的魔格伽巴让欧布无法近身，无法还手的红凯借用泰罗与梦比优斯的力量变身暴炎型态化险为夷。

外星人变化成女学生的摸样假装提供信息给ssp小队，得到消息后刚打完工的直美立即前往，在一个隐秘的地下室直美被外星人绑架了。外星人的目的是为了引出红凯，他打算打败红凯来名扬四方，调查过欧布奥特曼的外星人召唤出了怪兽超级芝顿死镰，重光型欧布奥尔曼的技能对它完全无效，红凯见状变身成为新的形态。

行星侵略联盟的外星人准备对地球出手却又忌惮欧布奥特曼，伽古拉不请自来提出自己可以对付欧布。SSP小队这次要考察的是一片神秘的森林，这片森林有着许多传说，而外星人的基地也设在这里。SSP小队的考察惊动了外星人，在外星人准备对SSP小队不利时红凯出现了，而伽古拉则召唤出了超兽阿里蓬塔。

梦野等人最近关注了一个名叫“小瑶的梦境日记”的网站，日记里记录着迄今为止出现的所有怪兽，而更新的日期都在怪兽出现的前一天。梦野找到小瑶希望她能够利用预知的力量帮助人们避难，但小瑶却认为未来无法被改变所做的一切都是徒劳。小瑶通过梦境得知红凯就是欧布奥特曼，她还梦见了红凯被打败的瞬间。

最近海里的鱼突然骤减，出海打渔几乎没有收获，大家就把这种现象和怪兽联系在了一起，而鱼老板的家里刚好发现了两只半鱼人。ssp的成员立即对半鱼人展开了调查，来到鱼老板家后他们发现半鱼人生病了，而鱼群消失真正的罪魁祸首在这时突然出现，巨大的怪兽吃光了鱼后打算上岸觅食，而它的目标正是半鱼人母子。

察觉到欧布和人类缔结的羁绊的强大。行星侵略联盟命巴巴尔星人变身的冒牌货的欧布，准备将使其信赖的纽带破坏。但是，那个冒牌货，偶然却帮助了孩子。追查欧布本体的捷达， 遇到了巴巴尔星人的人类态?马场竜次。被“你才是正义的伙伴！”煽动，困惑的龙次在和信任自己的孩子们的互相接触的间，陷入了不可思议的感慨中…

终于，行星侵略联盟对伽古拉发出了欧布奥特曼抹杀命令！凯受到挑衅，要求与伽古拉做个了结。凯也接受了挑战。与他释放的强敌·布莱克王陷入苦战。当力量将要耗尽， 伽古拉预感到将要胜利的时候，一发子弹发出来了！全行星侵略联合的老板美菲拉斯星人准备将欧布和伽古拉同时处理的计谋开始了…！

“凯桑，拜托扮成我的恋人把！”为了应付来到东京的母亲·圭子，凯陷入了cosplay成女主恋人的困境。在那个宴席上， 伽古拉出现了。 玉依姬相继现身，警告红凯大灾难正在接近。为了调查那个警告，大家再度进入了“无法进入的森林”，对从前玉依姬和光的勇者封存而沉睡的魔物进行调查。随后， 伽古拉解除了当时的封印，被解开的大魔王兽玛伽大蛇被暴起！欧布奥特曼向他发起挑战

在大魔王兽玛伽大蛇的猛攻面前，欧布输了…。虽然是在休眠状态下的马夹，但活动重新开始。众人努力恢复了玉依姬出现在凯面前，并给予了2张卡的奥特fusion卡。现在只有将希望寄托在这卡上了。 欧布痛苦抑制了难以控制的贝利亚的卡牌 ，以压倒性的力量欧布奥特曼肩章火花形态Fusion up！

梦野回来后发现办公室比她离开的时候还要脏，即便队员们不愿意怪异现象搜索小组的大扫除也开始了，大家在整理过程中都看到了曾经用过的东西，还有与怪兽有关的记忆，不知不觉中大家已经围绕怪兽灾难做出了很多努力，而帮助他们一起打扫卫生的红凯也回想起了借助奥特战士们的力量与怪兽战斗的点点滴滴。

一台奇怪的巨型机器突然从天而降，梦野等人给它取名为加拉特隆，从加拉特隆身上梦野感受到了想要守护这个世界的力量。加拉特隆的分析还没有结束它就突然启动了，但它做的第一件事并不是守护世界而是将梦野吸收进了体内，通过解析后它打算排除世界上的威胁重塑整个世界，红凯立即变身赶来制止这种过激的正义。

强大的加拉特隆打败了疾风型的欧布奥特曼，释放出强大能量的它决定以自身的力量来结束地球的纷争，彻底改变地球的生态。没有选择的红凯只能利用黑暗的力量，融合了佐菲奥特曼和贝利亚奥特曼的力量后他变身成为暗耀形态，强大而不受控制的力量让他迷失，在战斗中红凯完全忘记了梦野还被困在加拉特隆体内。最终害奈绪美身受重伤

与加拉特隆一战后人们对欧布奥特曼的映象有了变化，暗耀形态下的欧布异常暴戾，虽然打败了加拉特隆，但欧布也成为了人类公敌。梦野在病房内醒来后陷入了沮丧，但她的妈妈还是支持曾经屡次解救地球的奥特曼。伽古拉趁机找到开，他融合出超级怪兽“杰庞顿”逼凯就范，不愿陷入黑暗的凯逃离了战斗。

伽古拉利用梦野逼凯就范，凯及时出现就走了梦野。梦野让消沉凯重新振作了起来，凯在梦野的最后一个俄罗斯套娃中找到了自己与娜塔莎的照片，他这才清楚原来娜塔莎当年在现场逃过一劫并且梦野正是娜塔莎的后代，被梦野歌声鼓舞的红凯不再畏惧黑暗。变身为暗耀形态的欧布与芝庞顿展开了战斗，而从后方赶来的威特队却把炮口对准了欧布。然而以守护生命与信念为目标的红凯在奈绪美的歌声的鼓励下找回了曾经的自己-欧布奥特曼原生形态屹立大地之上。

涩川是科学特搜队威特队的队员，不分昼夜地从外星人和怪兽的魔爪之中保护人类的和平，而他唯一的弱点就是他的独生女彻子。到了反叛期的女儿让硬汉涩川非常无奈，他找奈绪美等人商议如何与女儿相处，为了让彻子更加了解她的父亲，梦野建议跟踪涩川先生一天，让彻子看到自己父亲工作时的英姿。

奈绪美为了参加好友阳子的婚前单身派对专门买了新的鞋子，但是这个派对却给她带来了不好的回忆，一直努力的她希望追求自己想要的生活，但她的生活却并不如意，被闺蜜们嘲笑的梦野提前离开了宴席，她内心小小的嫉妒却招致了灾难。沮丧的梦野看到了最近流行的愿望石，不自觉她也将自己的鞋子供奉了上去。

伽古拉杀死诺斯特拉后美特隆一心想要复仇，在他准备对伽古拉出手时红凯出现了。美特隆表示自己只想要复仇，不想将其他人卷入其中，因此他警告红凯不要轻举妄动。受伤的伽古拉遇到了奈绪美，他向奈绪美讲述了自己与红凯的恩怨，曾属于同一阵营的两人本该站在一起，但自从光明选择了红凯之后一切都变了。

最近网上出现的怪兽引起了恐慌，而它出现的画面里都会看到一个蓝色发带的少女，因此ssp小队展开调查，红凯也有了线索。红凯在与蓝色发带少女接触后立即遭到了袭击，这个少女和之前袭击过红凯的刺客属于一个阵营，她是为了打倒欧布奥特曼而被创造出来的人工智能体玛德库2号，但收留她的老夫妇却让她有了自己的情感。

最近总会有太空垃圾掉落到地球上，一周内已经发生了很多起这样的事件，仿佛藏匿的外星人驾驶UFO大规模的逃离地球，而在残骸中发现了奇怪的咖啡豆。梦野等人对位于黑星町一丁目零番地的“黑星咖啡厅”非常感兴趣，这个地图上都找不到的咖啡店说不定可以当做头号新闻。

伽古拉找到了地球上的黑暗力量，得到力量后他决定复仇，巨大化的伽古拉与欧布奥特曼展开了战斗，欧布奥特曼因为保护奈绪美等人受到了伤害，最终因为体力不支倒了下去，就在伽古拉打算对奈绪美等人不利时欧布又重新站了起来。伽古拉不明白本该体力透支的欧布哪里来的力量，而这为了守护别人存在的力量早已被他舍弃了。最终被欧布打败。

地球陷入了混乱，超大魔王兽快要长成了。 威特队为了打倒它，投入了最强武器R1，为了保护地球，欧布也参与了战斗

欧布在大蛇的猛攻下失败了。奈绪美也被伽古拉抓走了，走投无路的凯，究竟何去何从？为了打倒大蛇，必须知道大蛇真正的弱点，地球最大的决战开始了。