都心を襲う巨大な竜巻！　その前後に翼を持つ怪物を見たという目撃情報が相次ぐ。この怪物の調査に乗り出した民間グループ・ＳＳＰのナオミ、ジェッタ、シンは竜巻に巻き込まれてしまうが、その時、追い求めた怪物・マガバッサーと、これと戦う巨人の姿を目にする！危険な調査を続行するＳＳＰが絶体絶命のピンチに陥った時、謎の青年・クレナイ ガイが現れる！彼こそが、新ウルトラヒーロー・ウルトラマンオーブだ！

ビルが沈んで消えるという怪現象が発生！　そして、地底に潜む何者かに力を送る謎の男・ジャグラー…。一連のビル沈下事件はいにしえの封印を解くためのものだったことを、ＳＳＰのシンが探り当てたその時、土ノ魔王獣マガグランドキングが目覚めてしまう！　ガイはウルトラマンオーブに変身して立ち向かうものの、マガグランドキングの強さの前に、大苦戦する！

水が異臭を放つ怪異が続発する。その原因は、目覚めてしまった水ノ魔王獣マガジャッパだ！　怪獣出現を知って現場に駆け付けたＳＳＰのナオミとシンは、ジェッタの「自分たちが怪獣を現場レポートすることで何か人々の役に立つはずだ」という言葉に奮起。それを聞いたガイも彼らの心意気に応え、魔王獣に戦いを挑む！魔王獣の放つ強烈な異臭に苦戦するオーブが、ついに、新たなる姿・バーンマイトへのフュージョンアップを見せる！

突如、空に巨大な火の玉が現れ、熱波が街を襲う！！　ガイはオーブに変身して、この火の玉を宇宙まで運び去ろうとするが、恐るべき熱に体力を奪われるオーブは、ついに、力尽きて地上へ落下してしまう！ＳＳＰのナオミは、深手を負ったガイを救い出し懸命に看病する。ビートル隊の攻撃もまるで歯が立たないこの熱波の根源は、火ノ魔王獣マガパンドン！ナオミの言葉からヒントを得たガイは、傷を負いながらも魔王獣に立ち向かう！

「私、宇宙人を追いかけています！」　　そんな通報を受けて、ナオミはある少女と合流する。しかし、少女の正体はゼットン星人マドックだった！　マドックはナオミを人質に取り、ガイ＝ウルトラマンオーブをおびき出そうとする。ナオミの危機を知り、颯爽と駆けつけるガイの前にハイパーゼットンデスサイスが現れる！　ガイは新たな姿・ウルトラマンオーブ ハリケーンスラッシュにフュージョンアップして立ち向かう！

中に入ったら二度と出てこられなくなるという噂の＜入らずの森＞。この森の上空にＵＦＯが現れたという情報を得て調査にやってくるＳＳＰ。探索を続けるメンバーの前に、恐るべきナックル星人の姿が！　逃げても逃げても目の前に現れるナックル星人。ついに万事休す！と思われたその時、ナオミたちを手招きする女性の幽霊が現れ…。ピンチ連続のナオミたちは、森の秘密を暴いて、脱出することが出来るのか！？

不吉な予知夢ばかりを見てしまう少女、ハルカ。そんな自らの能力を彼女は嫌っていた。たとえ予知しても、彼女には悲劇的な未来を変えることができないからだ。そんなハルカの心の悩みを察したガイは、それでもなお、彼女が見たという怪獣の夢について詳しく教えてほしいと頼み込む。「過去は変えられなくても、未来は変えられる」　その言葉を残し、ハルカの夢の通りに出現した怪獣ホーに立ち向かっていくガイだったが…！

「街に半魚人出現!?」との情報を得て、街の魚屋に突撃取材しようとするSSP。現場調査のために来ていたシブカワとナオミが互いの方針の違いから言い争う横を通り過ぎていく怪しい影…。それは、人間社会に人知れず迷い込んだ海底原人ラゴンと、それを匿っている魚屋の源さんであった!彼らを尾行し、隠れ場所に乗り込むSSPの面々。そこで彼女たちは体調を崩し苦しげに鳴いているラゴンの子供を見つける…。

ウルトラマンオーブの強さは、人間と結んだ深い絆にあると睨んだ惑星侵略連合は、ババルウ星人をニセモノのオーブに変身させ、その信頼の絆を破壊するように命じる。ところが、そのニセオーブは偶然にも子供を助けることとなる。オーブの正体を突き止めようとしたジェッタは、ババルウ星人の人間態・馬場竜次と遭遇。「あなたこそ正義の味方ですね！」と煽られ、困惑する竜次だが自分のことを信頼する子供たちと触れ合ううちに、不思議な感慨に揺れていく…。

遂に、惑星侵略連合からジャグラーにウルトラマンオーブ抹殺命令が出た！ガイを挑発し、決着をつけようとするジャグラー。ガイもまた彼の挑戦を受けて立つ。彼の放った強敵・ブラックキングに苦戦するオーブ。その力が尽きようとし、ジャグラーが勝利を予感したその時、一発の銃弾が放たれた！全ては惑星侵略連合のボス、メフィラス星人ノストラのオーブとジャグラーを同時に始末しようという計略であった…！

「ガイさん、私の恋人になって！」　上京してきた母・圭子をやり過ごすため、ガイはナオミの頼みで恋人役を演じる羽目に。その宴席にジャグラーが、そしてタマユラ姫までもが姿を現し、大きな禍いが近づいていると警告する。その警告を調べたナオミたちは、＜入らずの森＞にその昔タマユラ姫と光の勇者が封じた魔物が眠っていることを突き止める。そして、ジャグラーによってその封印が解かれ大魔王獣マガオロチが暴れ出す！　これに挑むウルトラマンオーブだが…！？

大魔王獣マガオロチの猛攻の前に、オーブは敗れる…。休眠状態に入ったマガオロチだが、活動再開は間近だ。ナオミたちの努力で力を取り戻したタマユラ姫がガイの前に姿を現し、２枚のウルトラフュージョンカードを託す。今はこのカードにしか希望がない。制御の難しいウルトラマンベリアルのカードを苦しみ抜いた末にリードし、他を圧倒する強大なパワーを誇るウルトラマンオーブ サンダーブレスターへとフュージョンアップする！

今日はＳＳＰオフィスの大掃除。ナオミに急かされ、掃除を始めるジェッタやシン、そしてガイ、シブカワ。大掃除の最中、思い出のアイテムがひょっこり出てきて、それにまつわる事件を思い出し、手が止まるメンバーたち。ここしばらくの間に自分たちの周りで起きた様々な事件、次々と現れた魔王獣や宇宙人たちのことを思い返していく。そして、ガイもまた宿敵・ジャグラーとの戦いを回想する…。

ある日突然、SSPメンバーたちの前に、純白のロボットが降り立つ。地球には存在しない驚異のメカニズムを持つロボットは「ギャラクトロン」と命名される。平和を守るロボットとして活躍する日を夢見て調査を進めるシンたち。 ところが、ギャラクトロンは突然ナオミを機体に取り込み、暴れ出した! ナオミを助けようとギャラクトロンに挑むウルトラマンオーブだが、その強烈なパワーの前に大苦戦する…!!

圧倒的なギャラクトロンのパワーの前に、なす術もなく敗退するウルトラマンオーブ。満身創痍のガイは、破壊された森の中、ベリアルのウルトラフュージョンカードを見つめる。ギャラクトロンを食いとめ、ナオミを救うにはサンダーブレスターの超絶パワーを使うしかない…。しかし、その力がより悲惨な事態を招く可能性もある。「ネバー・セイ・ネバー（出来ないなんて言わないで）！」ナオミの言葉が、ガイの心を決めさせた。果たしてオーブは世界を守り、ナオミを救い出せるのか…！？

いつも自分は大事な人を傷つけてばかり…。自責の念に苦しむガイは、SSPの前から姿を消し、思い出の地・ルサールカを訪れる。そんなガイをあざ笑うジャグラーは、マガオロチの尻尾をもとにゼットンとパンドンの能力を融合させて生み出した合体魔王獣ゼッパンドンにその身を一体化し、襲いかかってきた！　ゼッパンドンの驚異の戦闘力の前に、オーブは大苦戦。ついに捨て身の攻撃で挑むのだが…。

ナオミの前に現れるジャグラー。狂気の刃が彼女を襲うその時! 間一髪のところでガイが救いだす。 何があってもガイを、ウルトラマンオーブを信じる…というナオミの言葉。そしてナオミのそばにずっと秘められていたあるものが、葛藤し続けたガイの心に再び希望の光を灯す…! 新たな決意で強敵・ゼッパンドンに挑むガイ。彼が変身して掴む輝かしい姿、そして手にするひと振りの剣とは!? ついに真のオーブがそのベールを脱ぐ!

渋川隊員のカワイイ一人娘・テツコ。しかし、彼女は何かと口うるさい父を毛嫌いする。険悪な二人を心配したナオミは、見直してもらうために父親の勇姿を陰から窺ってみようとテツコに提案。だが期待とは裏腹に、次々と女性ばかりに接触する渋川。そしてとうとう憧れの男性・タカヒロの前に立ちはだかる父を見てテツコは大憤慨！！　二人の間に割って入るのだが…！？

ナオミの親友・陽子は一流ホテルの御曹司と幸せな結婚を迎えようとしていた。心から祝おうとするナオミだったが、日々アルバイトに明け暮れ、将来への不安に揺れる自分と陽子をつい比べてしまう。そんな心が封じられていた怨霊・戀鬼(紅蓮騎)の眠りを覚ましてしまった! 戀鬼(紅蓮騎)は陽子を狙い結婚式場へと進む。「お前はどこかで悲劇を、闇を望んでいる」という妖しいジャグラーの囁きに動揺するナオミだが、意を決し、陽子のもとへ駆け出す!

惑星侵略連合の仇を討とうと、自らを強化したメトロン星人タルデが執拗にジャグラーを追いかける。傷ついたジャグラーは、逃げる最中、偶然ナオミに助けられる。 悪人と知りつつも、ジャグラーを介抱するナオミ。ガイとの関係を問い直すナオミに対し、ジャグラーはその因縁を話し出す。だがその時、二人の前に姿を現すメトロン星人タルデ。彼の銃口が二人を狙う…!!

街にハイパーゼットンデスサイスが再び現れ、同時に青いリボンをつけた少女が必ず目撃されるという情報が飛び込んできた。以前ナオミが巻き込まれた事件に関係があると推理したＳＳＰが「青いリボンの少女」の調査を開始した矢先、目の前でガイと少女の格闘が始まる！　だが戦いの途中で彼女は気を失い、老夫婦の家で目を覚ます。彼女をなだめる二人。はたして、少女と老夫婦の間に秘められた秘密とは…？

一度飲んだらヤミツキになるコーヒーを出すと評判のカフェ・ブラックスター。だが、その店はどの地図にも載っておらず、たとえ辿り着いても誰も場所を思い出せないという…。 調査を始めたSSPは幸運にもカフェ・ブラックスターを見つけ出すが、どうやらそこは"普通ではない客"ばかりが通う店のようであった。店長は次々と常連客が去ったこともあり、閉店を考えている様子なのだが……。

ビルに不気味な斬り跡が刻まれる。それは宿敵・ガイを倒すためにボロボロになりながら特訓を重ねるジャグラーの仕業だった。そして、ジャグラーの心が邪悪な願望で満たされたとき必殺剣・新月斬波を会得する。さらに、地底から沸き上がる闇の力によりジャグラーは巨大化し、ガイ＝ウルトラマンオーブの前に立ちはだかる。ついに宿命の直接対決が始まる！！

ウルトラマンオーブはマガタノオロチの猛攻の前に敗北。そしてナオミまでもジャグラーに攫われてしまい、絶体絶命のガイ。全てが消え、後に残るのは闇だけ。そう告げるジャグラーに、ガイは反論する。そして明かされる隠された真実…。 無敵を誇るマガタノオロチに再び立ち向かうガイ! この強敵を倒す唯一の突破口とは!? 地球最大の決戦の幕が開く!