פרק הבכורה הכפול של הדרמה שתשבור את כל המוסכמות. לראשונה בעולם, ארגון הריגול החשאי, פותח את שעריו ומזמין אתכם להיכנס ולגלות איך עובד הקורס הכי סודי שהופך אנשים רגילים לסוכנים.

יכולתם של החניכים לתפקד תחת סיפורי כיסוי מועמדת במבחן. סווטה מגלה תוך כדי משימה את בן זוגה עם אישה זרה, חנוך חושש שיונה מנסה להפליל אותו בפשע שלא ביצע ואילו דוריס פוגשת באדם שמחזיק מידע חשוב על תעלומת מותו של בעלה.

קבוצת חניכים נשלחת למלון יוקרתי כדי להתאמן בהשתלת אמצעי ציתות. דוריס מנצלת את ההזדמנות כדי להשיג פרטים נוספים על סוכן המוסד שפגשה במשימה קודמת, בעוד שיונה טומן מלכודת לאביגיל שמגיעה למלון עם המאהב שלה.

החניכים נשלחים לתרגילי מעקב אחר אנשים אקראיים, ומגלים כי משימתם האמיתית היא לעקוב אחד אחרי השני. אבשה לומד פרטים חדשים על קובי פרחדל, מקס מפתח אובססיה מסוכנת כלפי קטרינה, וסווטה מוצאת עצמה בסכנה.

החניכים מקבלים מטרות אותם עליהם לפתות ולתמרן. קתרינה היפה מגלה שנשלחה אל אדם מסוכן בעל רקע של אלימות מינית סווטה נשלחת בניגוד לרצונה לפתות אישה ואילו חנוך מוצא את עצמו בדילמה מוסרית קשה.

דלתות 'המדרשה' ננעלות ללילה אחד שבו על החניכים לזהות מי מביניהם הוא ה-'תפוח הרקוב'. החקירות ההדדיות מובילות את החניכים למקומות פסיכולוגיים מסוכנים ונפיצים, בזמן שסודות מהעבר נחשפים לעיני המצלמות.

החניכים לומדים כיצד להרוס את חייו של אדם כדי להפוך אותו לפגיע וניתן לסחיטה. התרגיל שנקרא 'מבצע איוב' מלמד את החניכים שיעור חשוב על גבולות המוסר הגמישים של אנשי ארגוני הביון. במקביל, יונה יוצא לפעולה פרטית משלו.

יונה שולח את הקורס לחטוף אדם שנמצא תחת הגנת השב"כ, כחלק מתחרות שנתית בין הארגונים. דוריס מנצלת את תרגיל החטיפה המורכב כדי להבריח אל מחוץ לגבולות הארץ סוכן המחזיק במידע חיוני.

מקס אלבז, חניך שהועף מהקורס, חוזר כדי לנקום ביונה. יונה מנצל את האתגר שמעמיד בפניו החניך כדי לתרגל את תלמידיו ולסייע להם לצאת מהמשבר אליו נקלעו לאחר פציעתו הקשה גיורא הפנר.

במהלך תרגולי חיסול שולח יונה את החניכים לבצע התנקשויות מדומות בשתי מטרות שמהוות סכנה אמתית, ראשי משפחות פשע. במקביל מתכננת דוריס הימלטות מהארץ מחשש שיונה מהווה סכנה לחייה.

הקורס טס לבולגריה עם דרכונים מזויפים ובזהויות בדויות כדי לתרגל פעולות ביון בארץ זרה. יונה מנצל את היעד כדי להסביר לדוריס מה קרה באמת במבצע שהשתבש בסופיה, אך דוריס לא מאמינה לו.

בפרק הסיום של העונה, יוצאים החניכים למבצע משולב כנגד יונה, מתוך רצון לחשוף אותו כפושע ובוגד. כל התשובות לחידות ולרמזים שפוזרו במהלך העונה מקבלות מענה מפתיע...