中学2年生の早瀬真理は、3年前に失踪した科学者の父・永司の事を気にかけていた。真理の首からは、永司からもらったペンダント・アーミラリーコンパスがぶら下がっている。ある日、真理は、友人・水城和花の兄・旬の部屋で永司の研究所で見かけた『Magnets & Electricity』と題された本を見つける。その本を開くとアーミラリーコンパスが激しく回転し、真理はあふれた出たゆらぎに包まれ、和花の眼前から消えてしまう。

早瀬研究所の地下にタイムスリップするためのシステムがある事が判明する。だが、システムの使い方が解らぬまま、真理は再び1752年のアメリカに再びタイムスリップしてしまう。そこで彼女は黒人奴隷のジャンという少年に助けられる。彼の主人は避雷針を発明したベンジャミン・フランクリン。落雷による被害を軽減させようと避雷針の普及に奔走していたフランクリンだったが――。

本の肖像画に触れるとタイムスリップすると察した真理。跳んだ先は1800年のイタリア・パヴィア。貴族の屋敷で研究資金調達のため、電気銃を使ったデモンストレーションを行っていたアレキサンドロ・ボルタの前だった。突然出現した真理に困惑するボルタ。彼は、父を探していると言う真理に永司らしい人物が何度か自分の大学に尋ねてきている話をするのだった。

TSSがコントロールできるようになり、永司が跳んだ座標を調べようと試みている旬。だが、和花はとりあえず真理を次の科学者の元へ飛ばしてみる事を提案する。かくして、1825年のアメリカ・ニューヘイブンへ跳んだ真理は、妻の死に目に会えず墓所で泣き崩れているサミュエル・モールスと出会う。

晶に二度とタイムスリップしないと約束した真理だったが、やはり永司の事が心配になり、和花に頼み込んで再び過去の世界へ。1893年のドイツ。ハインリッヒ・ヘルツは病を患いながら電磁波や陰極線の研究に打ち込んでいた。ヘルツの家で永司と再会した真理はタイムスリップの危険性を永司に伝える。