集合了各领域的超一流高中生，为了培育他们而设立的，政府公认的私立学园“希望之峰学园”。这所学园有集中了超高校级才能的“本科”，以及只要支付高额学费就可以进入的“预备学科”。雪染千纱担任本科77期学生的副班主任，而她所带出的学生正是引发“人类史上最大最恶的绝望事件”的元凶……

“超高校级的黑道”九头龙冬彦的妹妹，九头龙莱摘转入预备学科，她与日向创搭话，坦诚说出自己要去本科的心愿，并打算挤掉“超高校级的摄影师”小泉真昼。同在预备学科的真昼的闺蜜佐藤听闻后，与莱摘大吵起来，莱摘以性命威胁佐藤，却反而引起了佐藤的杀意。随后，莱摘被人杀害，学校人人自危。日向创决定进行某个改造，人工的才能和人工的希望。

一年一次的本科实技考试在明天进行，由于学生死亡事件，大家对这次考试的态度都很消极。“超高校级的幸运”狛枝凪斗向雪染提出将考试延期，但雪染对此也没有办法，于是狛枝计划自己采取行动中止考试。由于狛枝的行动，“超高校级的糕点师” 安藤流流歌、“超高校级的铁匠” 十六夜惣之助和“超高校级的药剂师”三人被卷入其中……

雾切、御手洗、黄樱发现新的牺牲者，静子和十六夜，两人均是被胸口一刀刺过。袭击者一次只能杀死一人，所以此举肯定有未来机关的人员参与。躲在一旁的流流歌请求与雾切等人组队，并提议立马离开。在月光原的帮助下，苗木和十神取得联系。塔和最中取代月光原参加了杀戮游戏，而未来机关的军队准备突袭贾巴沃克岛，绝望残党所在的岛屿。 雾切、御手洗、黄樱发现新的牺牲者，静子和十六夜，两人均是被胸口一刀刺过。袭击者一次只能杀死一人，所以此举肯定有未来机关的人员参与。躲在一旁的流流歌请求与雾切等人组队，并提议立马离开。在月光原的帮助下，苗木和十神取得联系。塔和最中取代月光原参加了杀戮游戏，而未来机关的军队准备突袭贾巴沃克岛，绝望残党所在的岛屿。

自从上次与日向分别后，七海再没有见过他。某位评议委员失踪了，雪染偷偷潜入评议委员的房间，在电脑中发现了人工育成“超高校级的希望”的计划。而另一边，这位评议委员被盾子处刑，随后盾子和骸闯入基地，见到了被改造的日向创，如今的“人工希望”神座出流。盾子蛊惑神座，称只有绝望才能拯救他。

“超高校级的动画师”御手洗与绝望姐妹相遇，御手洗在动画中展现的洗脑技术让盾子有了绝妙的点子。距离狛枝停学过去了一年，此时的狛枝遭遇空难，却在沙漠里找到了罕见的绿洲温泉。当天深夜，绝望姐妹带着神座闯入学生会，逼迫学生会成员互相残杀，希望之峰学园最大最恶事件由此开始。

学校用高额学费进行人体试验的事曝光，预备学科发生暴乱。御手洗在电脑中发现学生会的厮杀视频，视频的制作者正是盾子。罪木沦为盾子的部下，盾子用同班同学的性命威胁御手洗协助制作互相厮杀的视频。罪木和御手洗都失踪了，大家寻找他们，回归的狛枝和七海发现盾子的秘密基地。混沌吞噬秩序的绝望，以绝望为垫脚石的希望，坏掉的究竟是哪一方？

狛枝被神座一枪打昏，七海一眼就认出神座是日向，但神座早已没有作为日向时的记忆。雪染老师营救学生，被绝望姐妹囚禁，被迫观看学生会自相残杀的视频。七海扶着狛枝找到大家，随后罪木也带着佩子出现，众人决定前去救出雪染。基地内，七海被黑化的罪木推入暗门中，与逃脱的雪染相遇。

盾子击败逆藏，以“你那禁断之恋的对象是宗方”要挟逆藏，要他对宗方撒谎说盾子不是绝望的黑幕。七海在雪染的带领下寻找出口，雪染已被绝望控制，她将七海推入学级裁判的密室，等着七海的是盾子为她准备的“死亡游戏”，而这场游戏的观众就是她最重视的同班同学。

逆藏对宗方谎称江之岛盾子是清白的，但宗方仍对盾子表示怀疑，雪染也坚持盾子与绝望事件无关，宗方这才放下了戒备。在盾子的策划下，希望之峰学园走到了尽头，77期的学生们为了扩散绝望而展开行动。苗木等二年级生被保护在老校区，绝望姐妹潜入其中，苗木的存在将成为盾子最大的威胁。未知的小岛上，日向和七海等人的故事还在继续……