数万年の時を越え、突如蘇った爬虫人類が「恐竜帝国」と名乗り人類を襲ってきた。恐竜帝国との壮絶な戦いの果て、一人ゲッターロボと共に散った武蔵。この戦いによりすべてが終わったかに見えたが、奴等は絶滅してはいなかった。

　舞台はそれから５年後、やがて訪れる恐竜帝国の復活を確信し、神隼人は新たなるゲッターロボの開発を進めていた。同時にネオゲッターロボのパイロットの再編のため、若きパイロット・橘 翔、大道 剴が集められた。しかしネオゲッターは、3人のパイロットが揃わないとそのパワーを発揮できない。そのため、隼人は闇組織の賭けプロレスで稼いでいた一文字號に接近するが…。

　日本政府はゲッター線開発研究の全面凍結を決定し、早乙女研究所はすべてを拘束された。再び人類に牙を向けた恐竜帝国に対してネーサー基地ではその特異な資質でゲッターパイロットとなった號と、翔、剴らのネオゲッターの合体・変形の猛特訓が続いていた。

　一方その頃、恐竜帝国の動向を一早くキャッチするための防衛ネットワークの通信が途絶えた。不審に思った隼人は北アメリカへ連絡を取るが、その最中に大量の隕石群が北アメリカ全土を猛襲した!!　スクランブル発進するアメリカのスーパーロボット・テキサスマック。パイロットはジャックとメリーの兄妹だ！　ネーサー基地のモニターに次々と映し出される惨状に、救援に飛び出すネオゲッターだったが!?

　帝王ゴールが復活し、完全復活ののろしを上げた恐竜帝国。その脅威に人類は再び恐怖を感じ始めていた。迫りくる恐竜帝国を絶滅させるために隼人は號と共に早乙女研究所に向かった。だが、早乙女研究所はすでにバット将軍率いる恐竜帝国の襲撃を受けていた。奴等は一足早く、彼らにとっての脅威の元『真ゲッターロボ』を破壊するつもりなのだ。隼人と號は恐竜兵士が操る大量のプロトゲッターに襲われ、窮地に追い込まれるがそこに翔と剴がネオゲッターで駆けつける。一方、追いつめられた早乙女博士を救ったのは、あの竜馬だった!!　生死をかけた戦いの先に、新たなゲッターが光り輝く！！

　オーバーテクノロジーを得た帝王ゴールの前に、一撃で粉砕されたネーサー基地。平和を守る要を無くした人類をあざ笑うかのように、邪悪な影を落しゆっくりと東京上空を移動する巨大円盤。爬虫人類の進撃を止める者はもういないのか…。

　その時、真紅に輝く真ゲッターロボが現れ、アメリカからテキサスマックも救援に駆けつける。しかし、人類が得た最大の力を持ってしても、圧倒的な破壊力を得たゴールの前では無力だった。このままでは、人類に明日はない。一方的とも思える戦いの中、號の叫びに応え、真ゲッターが新たな姿を見せる！