Alex Wilder, un adolescent de 17 ans, s'est éloigné de son groupe d'amis depuis la mort de sa meilleure amie. Pour faire plaisir à ses parents, il tente de renouer avec eux : Nico Minoru, la sœur cadette d'Amy, décédée depuis 2 ans ; Karolina Dean, fille de la cheffe d'une secte religieuse ; Chase Stein, star de l’équipe de crosse et fils unique de l'inventeur Victor Stein ; Gertrude Yorkes, féministe engagée qui vit avec Molly Hernandez, orpheline que ses parents ont recueilli. Les six adolescents se connaissent depuis leur petite enfance par leurs parents, appartenant tous à la PRIDE. Alors que les parents se préparent à participer à leur réunion annuelle, les jeunes vont d'abord refuser la proposition d'Alex.

Les couples de la PRIDE ont différentes raisons de participer aux cérémonies mais ont tous leurs rôles à jouer : les Wilder sont sortis des gangs pour devenir d'importants promoteurs immobiliers, les Stein apportent la technologie nécessaire à leurs rituels, combiné à la magie des Minoru et les connaissances en biologie des Yorkes, et les Dean gardent le grand secret de la PRIDE. Certains cependant remettent en question le sens de leurs réunions maintenant que leurs propres enfants ont l’âge des filles qu'ils sacrifient.

Les six adolescents acceptent de se retrouver et de s'assurer du sens du rituel qu'ils ont surpris tout en devant vérifier que leurs parents ne les ont pas démasqué. Catherine Wilder pense que Molly les a vu et la jeune fille utilise sa nouvelle force qu'elle maîtrise mal pour se sortir de sa situation.

Les membres de la PRIDE se réunissent en urgence, mais les Yorkes sont trop occupés à rechercher leur dinosaure qui s'est échappé. Karolina comprend ce qu'il s'est passé avec elle et Chase lors de la fête. Gertrude et Karolina cherchent à prouver que les intentions de leurs parents ne sont pas mauvaises, mais Nico, convaincue que sa sœur Amy a été victime de la PRIDE, veut les dénoncer à la police.

Darius a enlevé Alex, pour forcer Geoffrey Wilder à lui faire payer ce qu'il lui doit depuis 18 ans. Gert, Karolina, Nico, Molly, rejoints par Chase, s'unissent pour sauver leurs amis et révèlent à chacun leurs capacités cachées. Mais en sauvant Alex, ils donnent à la PRIDE un nouveau sacrifice.

Les membres de la PRIDE organisent un gala de charité au sein de la tour de la société des Minoru, une occasion pour les six adolescents de récupérer les enregistrements des cérémonies secrètes de leurs parents. Jonah veut également profiter de son retour pour réapparaitre au monde dans la soirée et rencontrer sa fille, Karolina.

Depuis la gaffe de Molly, les Wilder deviennent soupçonneux et pensent que tout le groupe d'amis de l'adolescente connait leurs activités pour la PRIDE, de même que les jeunes se sentent observés. L'apparition de Jonah fait des remous dans l'équilibre de la PRIDE : Victor Stein est un homme changé depuis l'injection du sérum qui fascine encore les Yorkes, et Frank Dean s'est vu doté de pouvoirs.

Pour sauver Chase, Janet a tiré sur Victor, mais le Cercle a encore besoin de l’inventeur et ses membres sont appelés en urgence pour le sauver. Chase appelle ses amis pour avoir du soutien. Nico confronte Alex sur les secrets qu'il garde autour de la mort d'Amy. Molly est envoyée chez une tante qui gardait une lettre des parents de la jeune fille pour elle.

La vidéo laissée par les parents de Molly révèle que le lancement final du chantier de construction financé par la Pride pourrait avoir des conséquences catastrophiques. Malgré leurs disputes, les six adolescents acceptent de se réunir pour empêcher le désastre, mais ils profitent de leurs derniers instants pour révéler leurs sentiments.

Jonah pousse les adolescents à fuir et capture Karolina. Alors que les jeunes se réfugient dans les collines de Los Angeles en se demandant s'ils doivent fuir ou sauver leur amie, les parents comprennent la vérité sur Jonah et remettent en question leur engagement dans la PRIDE.

Les enfants luttent contre leur nouvelle vie en tant que Runaways, mais finissent par se trouver une cachette. Alex se met à travailler pour Darius...

Karolina, Nico et Molly affrontent Tina. Karolina se rapproche de Jonah tandis qu'Alex et Livvie s'embrassent...

Darius apprend à Alex la vie de la rue et ce dernier tombe amoureux de Livvie. Leslie, déchirée entre Frank et Jonah, doit reprendre aux Yorkes l'ADN de Jonah. Darius livre Alex à Geoffrey après avoir passé un accord, mais le reste de la bande les intercepte. Janet décode le Bréviaire et découvre des trésors d'informations sur les origines extraterrestres. Catherine tue Darius. Molly se fait surprendre par ses amis après avoir fait le mur. Quelqu'un l'a suivie jusqu'à leur repaire...

Topher aide les ados à entrer à l'Atlas Academy, mais le plan est mis en échec lorsque Dale et Stacey déclenchent un tremblement de terre et que les parents se précipitent sur les lieux. Le corps de Jonas continue de se décomposer...

Topher raconte son histoire et comment il a découvert les rochers irradiés qui lui donnent les mêmes pouvoirs que Molly, mais Nico se doute que l'utilisation cache une addiction. Karolina découvre par Jonah la vérité sur le gouffre et ce qui se cache au fond. Robert Minoru tente une approche en solo contre Jonah, mal en point et demandant un nouveau sacrifice.

La PRIDE se questionne sur les implications morales de l’offre de Jonah. Pendant ce temps, ce dernier se tourne vers sa prochaine victime et Nico apprend le terrible secret de Karolina.

Les Runaways doivent faire face à une ultime confrontation aux conséquences sismiques. Alors qu'ils se démènent pour stopper le plan de Jonas, la PRIDE intervient de manière inattendue. La PRIDE affrontera-t-elle ses propres enfants ou rejoindra-t-elle leurs rangs pour lutter contre une menace encore plus grande ?

À la suite d'une bataille épique, Karolina cherche des réponses pendant que les autres membres du groupe aident Alex avec sa vendetta.

Les Runaways se retrouvent du mauvais côté de la loi. Malgré les objections du groupe, Alex essaie de trouver un moyen de s’en sortir, mais le plan se retourne contre lui. En parallèle, la PRIDE décide d’intensifier ses tactiques pour récupérer ses enfants.

Leslie commence à démanteler son empire, mais tout le monde ne l'accepte pas. Les Runaways tentent quant à eux de se défendre tandis que leur nouvelle maison est attaquée.

Après l'attaque d'Awol, l'enlèvement de Chase, Gert et Dentelle, et un drame interne, la bande d'amis perd pied. À bout de souffle et réalisant qu'ils ont oublié l'anniversaire de Molly, ils organisent sa quinceañera.

Soulagé que Chase soit rentré, Victor lui donne un poste de stagiaire à la fondation pour lui prouver que les membres du Cercle ne sont que des parents inquiets. Chase reste sceptique. Karolina découvre que Frank retient Leslie dans le complexe de l'Église dans le désert, le Cratère, et tente de la libérer avec l'aide de Nico, Molly et Vaughn.

Karolina a du mal à se faire aux nouveaux habitants de l'auberge : Xavin et Leslie. Toujours fâchés qu'il les ait trahis, les jeunes retrouvent Chase. Il leur propose un pacte faustien : se livrer au Cercle ou en assumer les conséquences.

Karolina, Chase et Janet sont maintenus dans l'Algorithme, retenus par Jonah, dans le corps de Victor Stein, la Mère dans celui de Stacey Yorkes et la Fille dans celui de Tina Minoru.

Chase et Janet parviennent, à la manière d'un rêve conscient, à manipuler l'Algorithme de l'intérieur et se ménager une sortie. Alex et Nico se cachent de Jonah pour mettre la main sur l'Abstract, mais Nico craint de perdre le contrôle de sa magie. Molly et Xavin suivent Tina, possédée par la Fille, chargée de préparer le voyage retour des Gibborim.

La méfiance générale règne chez les jeunes qui cherchent le traître caché parmi eux. Accablée par la méfiance de Xavin à son égard et effrayée par ses visions récurrentes, Nico affronte la chose qui lui fait le plus peur : son pouvoir obscur.

Le fils du Magistrat a envahi le corps d'Alex. Leslie commence à accoucher sans le savoir. Xavin explique à quel point le fils est dangereux et les jeunes décident de l'arrêter. Avec l'aide de Tamar, Leslie accouche et la prophétie de Xavin s'accomplit de manière surprenante.

Les enfants se retrouvent dans une dimension alternative pleine de visions de leur passé. Ils doivent retrouver leurs parents et Alex avant la fin du temps imparti. Une personne est laissée derrière.

Après avoir été piégés dans la Dark Dimension pendant six mois, les enfants doivent faire face à la nouvelle sensation téléphonique de Wizard qui balaie la ville et qui pourrait annoncer de sombres choses à venir.

Après avoir brisé l'envoûtement de Molly, les jeunes Runaways tentent de faire savoir que les téléphones sont dangereux, mais Morgan les en empêchent. Nico fait sortir Tina de la prison où Morgan la retenait pour aller affronter cette dernière.

Tyrone et Tandy acceptent d'aider Nico à libérer Alex, mais ils doivent d'abord sauver Karolina, Chase et Gert des griffes de Morgan. Après que Ty les a emmenés dans la Dimension Noire, la bande infiltre la prison d'Alex avec l'aide de Quinton le Magnifique.

Morgan prévoie de fusionner les dimensions et les membres survivants du Cercle sauvent Molly, qui a été envoûtée, et rejoignent les autres jeunes. Les enfants et les parents unissent leurs forces pour empêcher Morgan de prendre le pouvoir. Dans la bataille, Morgan pousse jusqu'à ses limites la noirceur de Nico...

Deux ans après leur combat, les héros ont suivi des chemins différents et font leur deuil chacun à leur manière, mais leur nouvelle vie est interrompue par une version future d'Alex venue pour les tuer. Un Chase venu du même futur l'en empêche et ramène les jeunes dans le passé...