Проходит два года с момента трагического инцидента, разрушившего компанию некогда дружных подростков, и теперь каждый из них пытается строить собственную жизнь. Но однажды, решив вспомнить былое, Алекс Уайлдер приглашает бывших друзей на вечеринку, и неожиданно для самых себя остальные пятеро подростков принимают приглашение. Однако поначалу скучный вечер преподносит им неприятный сюрприз: случайно обнаружив скрытое помещение в доме Алекса, школьники становятся свидетелями подозрительного таинства с участием их собственных родителей.

Утром того же дня Виктор Стэйн безуспешно бьется над неполадкой своего устройства и воспринимает в штыки совет супруги о подмоге. Между тем у Джеффри Уайлдера появляется проблема в лице старого знакомого, решившего помешать строительству новой школы. Тина Минору в это же время наконец прислушивается к словам мужа и ослабляет запреты, связанные с покойной дочерью, а Лесли Дин отвергает просьбу супруга предоставить ему привилегированные полномочия. Тайную же встречу, в ходе которой совершается вынужденное злодеяние, приходится спешно завершить из-за подозрительного инцидента, причину которого им предстоит установить.

Десять лет тому назад, после трагической гибели супругов Эрнандес, Стэйси и Дэйл решают удочерить осиротевшую дочь покойных друзей. Настоящее время. Приступы Молли становятся все чаще, однако попытки поговорить об этом с сестрой раз за разом проваливаются. Между тем, желая во что бы то ни стало найти подтверждение случившемуся инциденту, подростки разделяются для проверки каждый своей догадки. Поджидающие их открытия оказываются гораздо более впечатляющими, чем друзья могли себе представить. Тем временем небольшая проблема Виктора превращается в серьезные неприятности для всего тайного сообщества.

Найдя дневник сестры, Нико вспоминает произошедшую два года назад трагедию — тогда реакция родителей на случившееся оказалось совершенно не той, на которую надеялась девушка. Уверившись в своих подозрениях, она отправляется в полицию, чтобы признаться в увиденном. Гертруда с Каролиной решают проверить догадку последней, которая бы объяснила все произошедшее в подвале Уайлдеров. Между тем супругов Йоркс ждет сразу несколько новостей, хороших и не очень, а их дочери узнают правду об эксперименте родителей. Чейз получает отцовский совет, а в это время Нико с Алексом раскрывают новые детали недавней пропажи девушки.

Алекс оказывается в заложниках у старого знакомого его отца, который посвящает подростка в старые дела Джеффри. Нико и остальные девочки отправляются вызволять друга из переделки. Между тем Стэйн-старший раскрывается перед Чейзом с неожиданной стороны, поощряя того продолжать работу над проектом. Сам же Виктор наконец заканчивает изобретение, недоделанное им много лет назад. Вскоре у Алекса появляется новая миссия, друзья узнают о силах друг друга, а Лесли наконец добивается желаемого.

15 лет назад таинственный незнакомец наделил будущих членов прайда дарами в обмен на нужную ему сделку, истинный смысл которой те осознают слишком поздно. Наши дни. Подростки решают выкрасть видео из серверов компании Минору, воспользовавшись благотворительным приемом Тины. Пока Алекс, Нико и Гертруда пытаются проникнуть в серверную, Чейз с Каролиной открывают новую способность девушки, Джона всеми силами пытается познакомиться с дочерью, а Виктор прилюдно раскрывает грязную семейную тайну. Молли же в попытках узнать о своих родителях совершает роковую ошибку, ставящую замысел друзей под угрозу разоблачения.

Виктор получает странное послание из будущего, в то время как его поведение начинает все больше тревожить Чейза и Джанет. Последняя в связи с изменившимися обстоятельствами решает во что бы то ни стало сохранить семью, в отличие от готового начать новую жизнь с любимой женщиной Роберта. У Лесли же возникает неожиданная проблема в виде супруга, который, получив подарок от Джоны и найдя любопытную информацию о последнем, начинает задавать все больше вопросов. Между тем эксперимент Дэйла с сывороткой приводит к незапланированным последствиям, Молли оказывается в непростой ситуации, а изменения в поведении Виктора приводят к трагическому инциденту.

Узнав от Алекса о событиях, предшествующих смерти сестры, Нико начинает поиски телефона, информация внутри которого должна пролить свет на произошедшее. Тем временем попытка членов экстренно собранного прайда спасти Виктора проваливаются. Неожиданно прибывший Джона предлагает им радикальный, но действенный способ исправить положение. Между тем Каролина заручается поддержкой отца в осуществлении их плана, Чейз пересматривает свое отношение к замыслу друзей, а Молли получает послание из прошлого.

15 лет назад. Супруги Эрнандес обнаруживают, что образец возобновляемого источника энергии, найденного ими во время раскопок, является чем-то принципиально иным. Однако желание разобраться, что это оказывается для пары роковым. Наши дни. Информация на телефоне сестры дает Нико и остальным наводку на тайного помощника покойной, а сведения с кассеты родителей Молли помогают друзьям сложить недостающие кусочки головоломки и вычислить их главную цель. Решение Каролины доверить отцу их тайну вскоре оборачивается против подростков, когда Джона, срочно собрав прайд, раскрывает партнерам глаза на действия их детей.

Вступив в противостояние с Джоной, Каролина идет на риск, дав остальным шанс сбежать. Однако друзья не намерены бросать члена своей группы, и вскоре Чейз с Молли отправляются в самое логово врага, чтобы вызволить девушку. Решив проверить свои подозрения, Стейси с Дэйлом обнаруживают то, что когда-то нашли супруги Эрнандес. Лекси же, осознав, какую опасность представляет ее возлюбленный как для собственной дочери, так и для остальных, меняет сторону, раскрыв его истинное лицо членам прайда. Алекс между тем заключает соглашение с давним неприятелем его отца, а Джеффри решается на отчаянные меры ради исправления ситуации.

Пока Прайд ищет своих детей, Чейза и Алекса грабит человек на мотоцикле. У Алекса есть дела к Дариусу, в доме которого он знакомится с Ливви. Йорксы узнают о кассете Эрнандесов и пытаются ее забрать. Прайд определяет своего единоличного врага.

Каролина учится пользоваться своими силами без браслета, что поражает ее противников. Алекс сближается с Дариусом к огорчению друзей. Чейз и Герт пытаются провести электричество в их домик.

Беглецы пытаются использовать свои новые способности. Алекс до сих пор поддерживает связь с Дариусом и его семьей. Чейза беспокоит состояние Герт, которой не хватает ее лекарств. Молли продолжает втайне бороться с преступностью, несмотря на возмущение Нико. Злодеи ищут способы подобраться к героям. Команду ждет новое знакомство.

Все, кроме Молли, опасаются доверять новенькому, Тоферу, у которого есть свои секреты. Несмотря на это, Алекс берет его с собой на задание в академию. Йорксы устраивают неприятности, чтобы выкурить их из школы. Герт чуть не попадается, и операции грозит срыв.

Тофер пытается объяснить свое происхождение, но его внезапное исчезновение по утру приводит к раскрытию правды о нем. Каролина и Джона узнают больше о ее предках, за что Джона попадает в немилость Прайда. Герт нуждается в своих лекарствах.

Джона планирует покинуть Землю, несмотря на сопротивление остальных членов Прайда, и берет в плен очередную жертву. Герт встречается в больнице с Джанет, которая рада видеть ее и Чейза здоровыми и невредимыми. Беглецы пытаются спасти жертву в церкви, а Алекс устраивает допрос Джеффри.

20 лет назад Джона наблюдал смерть неизвестного мужчины и взял Лесли под свое крыло. Каролина рассказывает Беглецам о плане Джона, и они объединяются с Прайдом в битве против инопланетянина и его армии. Финал оказывается неожиданным для всех сторон.

Члены Прайда рады избавиться от своего инопланетного друга, чтобы заняться своими детьми. Отношениям Герт и Чейза угрожают ее амбиции. Каролина избегает Нико и продолжает исследовать свое происхождение. Ливви с помощью Беглецов пытается очистить имя Дариуса. Подросткам придется сменить укрытие.

Беглецы спасают Молли от Флореса, который передает Прайду, что детишки планируют вернуться. Родители готовятся встретить их во всеоружии. Кругом витают секреты, формируются и распадаются странные союзы и договоренности. Каролина слышит странный голос, а Герт и ее питомец заболевают.

Команда ищеек врывается в убежище Беглецов, в то время как Нико отчаянно защищает его, обнаруживая у себя новые способности. Чейз эвакуирует Герт и динозавра к ее родителям. Виктор и Тина ведут себя очень странно, и первый оставляет инопланетные метки по всему городу.

Йорксы выпытывают у Чейза, где остальные дети, но безуспешно, поэтому решают использовать динозавра для слежки. Лесли приводят к кратеру, где она обнаруживает свою мать и шокирующие новости о ней. Беглецы устраивают вечеринку в честь дня рождения одного из них. Чейз принимает неожиданное решение.

Каролина с друзьями отправляется в кратер, чтобы спасти Лесли и наказать Фрэнка. Чейз углубляется в организацию Прайда, и обнаруживает многие страшные тайны. Алексу удается замести следы, а Герт чувствует свою связь с динозавром. Когда Каролина остается одна, ее посещает необычный гость.

Ксавин объясняет Каролине свое предназначение и рассказывает о надвигающемся на членов церкви будущем. Чейз предупреждает Беглецов о планах их родителей, но финальной битвы не избежать. Каждый подросток сталкивается со своими родителями, и не для всех это закончится хорошо.

Беглецы устраивают ловушку, чтобы спасти своих пропавших друзей от Ионы и его семьи.

Каролина, Чейз и Джанет планируют свой побег из алгоритма, пока в реальном мире остальные Беглецы объединяются, чтобы сразиться с Джоной и вытащить своих друзей.

Беглецы начинают подозревать друг друга в предательстве. Кэтрин берет на себя ответственность за свое прошлое. Лесли ищет помощи, чтобы защитить ребенка, растущего внутри нее.

Дети ищут Лесли и инопланетянина Алекса. В это время у Лесли начинаются роды, и Ксавин исполняет ее пророчество. Дети подходят все ближе к финальной битве против инопланетян.

Дети оказываются в альтернативном измерении, полном видений из их прошлого. Они должны найти своих родителей и Алекса до истечения времени. Но один человек так и остается позади.

После того, как герои оказались пойманными в ловушку в темном измерении и находились там в течение шести месяцев, они вновь пытаются побороть новое волшебное телефонное увлечение, которое охватило город и может привести к серьезным последствиям.

Дети пытаются получить сообщение о телефонах Моргана. Молли влюбляется в парня, пока несовершеннолетние США объединяются, чтобы украсть самое ценное имущество Моргана.

Нико убеждает Плащ и Кинжал взять Беглецов в темное измерение, чтобы спасти Алекса, но в итоге Алекс спасает их всех.

Оставшиеся члены Прайда объединяются с детьми, чтобы сорвать планы Морган, но поскольку битва развязывается в общежитии, один из Беглецов платит максимальную цену, чтобы победить ее.

Через два года после победы над Морган гости из будущего отправляют Беглецов назад во времени, чтобы предотвратить их собственные убийства и спасти друга, которого считали потерянным навсегда.