生于土御门分家的土御门春虎，虽出身名门却是一介普通学生，整日和朋友北斗、冬儿过着日常的生活，日子很是惬意，但不知为何北斗总是执着于让春虎成为阴阳师。傍晚，春虎碰到了远去东京，并且已成为土御门次任当家的土御门夏目，简单的寒暄却弄的两人不欢而散。次日晚上，北斗、冬儿和春虎一起去逛庙会，不想原本找夏目的「十二神将」之一大连寺铃鹿却找上了春虎并发出挑衅。

自从北斗撞见大连寺铃鹿和春虎接吻之后，就一直没和春虎联系。之后，夏目找到春虎告诉他大连寺铃鹿此次前来是要在泰山府君祭的祭坛进行祭祀，所以她必须保护祭坛，这时，大连寺铃鹿的式神出现并吸取夏目的灵力，在送夏目返回本家的途中，他碰到了大连寺铃鹿，就在她用召唤出的装甲鬼兵袭击春虎时，北斗出现并为保护春虎而负伤消亡，伤心欲绝的春虎找到夏目决定成为她的式神。

春虎和夏目急忙赶往泰山府君祭阻止大连寺铃鹿复活哥哥的祭祀，然而铃鹿早就在祭坛周围布下结界，并派出式神阻挠，见势不妙，夏目召唤出土御门家的使役式北斗扭转了局面，就在二人马上接近铃鹿时，却被她的符咒禁锢无法行动，铃鹿的哥哥复活后紧掐铃鹿的脖子，看着奄奄一息的铃鹿，春虎将土御门家的秘藏咒具扔向控制哥哥灵脉，一切归于平静。之后，春虎和冬儿决定去东京阴阳塾上学。

春虎和友人冬儿一起进入了夏目所在的阴阳塾学习，两人在塾长口中得知夏目可能是土御门夜光的转世，并得知夏目因此有着许多的麻烦。二人进入自己的班级却遭遇仓桥京子的责难，夏目为二人出口辩护。晚上春虎意外发现自己竟也有一个灵狐式神——空，他为此激动不已。第二天，春虎再一次遭到京子的责难，这一次，竟然是式神间的较量……

春虎以自己是夏目的式神为由，和空一起对战仓桥的式神，最终落败。其后，春虎竟意外的受到大家的欢迎，而夏目对此相当在意。夏目被夜光的信徒掳走，春虎等人团结起来一起去救他。信徒为获得夏目的认可换出假的角行鬼对付春虎等人，春虎等人不敌对手。夏目为了不让大家为他受伤将要答应信徒要求时，春虎大声让其相信自己的同伴，最终信徒逃亡，而夏目也搬入了男生宿舍。

难得的休息日，夏目和春虎到了涉谷购物，却因为不熟悉路线意外进入酒店街！！而两人之前在学校就有暧昧传闻，身后跟随而来的舍监老师让二人无奈躲进酒店。又该发生怎样的趣事呢？大友征找到潜逃的信徒，猜测到幕后的人物……

在阴阳塾中被夏目督促努力学习的春虎终于迎来了考试时间！理论考试总是吊车尾的春虎，在实技考试中摩拳擦掌。什么，夏目竟然免试？然后在这场考试的背后，双角会的干部--六人部千寻正在借此发动一场灵灾，大危机！面对突如其来的灵灾，冬儿不知何因倒下了。而前来平息灵灾的人竟然是十二神将之一，镜伶路。然而此人的性格却有点……

镜赶跑了生成兽，竟突然转向冬儿。冬儿体内似乎在发生着什么变化，幸亏另一位十二神将--木暮禅次朗及时赶到。面对不断扩大的灵灾，阴阳厅正在积极筹备对策。对策竟然是让夏目使用式神北斗做诱饵，引诱灵灾出现。冬儿竟然在体内的鬼的驱使下，独自离开。差点鬼化后被鬼吞噬冬儿，幸好春虎及时赶到，化解了这场危机，将冬儿带回。

灵灾被阴阳厅的祓魔局修祓着，一只合成兽竟然逃跑了！身为十二神将的木暮主动追击，夏目竟然也要求跟上！然而中途木暮竟然目击了发动这场灵灾的幕后凶手六人部，木暮去对付六人部。夏目独自追击灵灾？春虎也加入了！一场激战男女主人公将独立面对，关键时刻出院的冬儿送来了大友老师赠与春虎的锡杖。春虎夏目两人合力修祓了灵灾。战后春虎与冬儿也完全和好。然而突然造访的迷之阴阳师--芦屋道满让众人始料未及，甚至让在场的若干位十二神将赶到危机紧迫。然而在阴影中，咒搜部的比良多笃祢竟然将刚刚自杀的六人部千寻复活了？

新生入学典礼上，我们的主人公春虎将会迎来怎样的学弟学妹呢？什么？这不是身为十二神将绰号神童的大连寺铃鹿么？在入学式上大胆言辞与春虎初吻的用意何在？夏目为何突然躲了起来？在学校走廊里遇到的前辈学姐究竟是？原来由于之前铃鹿的事件，铃鹿被封印灵力三年，要求完成阴阳塾的学习被送进阴阳塾。而铃鹿见过夏目的女儿身，在学校不能暴露自己的女儿身身份一直躲避铃鹿，担心由于铃鹿暴露自己的性别。然而最后还是被铃鹿发现了，被铃鹿抓住把柄的二人将何去何从？

被铃鹿抓住把柄的土御门二人，被铃鹿狠狠的使唤了一翻。在假日，突然造访的铃鹿，要揭开夏目橱柜的秘密！关键时刻，夏目拜托了束缚，将空丢出砸中铃鹿。什么?空受其影响无法解除实体化了？由于不方便起见空被春虎留在宿舍。不甘寂寞的空却独自跑去学校引发一系列闹剧……

被感情困扰的春虎和夏目，不断纠结着自己的内心。大阴阳师芦屋道满竟然扬言要袭击阴阳厅取走鸦羽，然而传言鸦羽其实保存在阴阳塾内？阴阳厅方面召集了大量的十二神将积极布放，咒搜部部长大扇天海也私下通知了阴阳塾塾长仓桥美代。比良多笃祢藏在天马身上的符文究竟是？一场恶战一触即发。

大阴阳师芦屋道满突然造访阴阳塾，对阴阳塾进行了毁灭性的攻击。在猛烈的攻击下，众人被仓桥塾长引导至楼顶避难，连塾长也无法抵御法师的袭击！在众人皆不知所措之时，幸好大友老师及时赶到。春虎眼前上映了一场空前的咒术比试，芦屋道满VS大友阵！法师竟然不是人而是御荒灵！在大友老师的奋力抵御下，终于等来了木暮先生的到来。身为祓魔官的木暮修祓了法师之后刚要问其问题，竟然被暗中监视这一切的比良多笃祢引爆车上的定时炸弹将法师炸死！然而，学姐竟然将法师的灵魂召回将其复活了！

阴阳塾遭到重创，塾生不得不暂时在目黑支部上课。借此春虎与专业祓魔官江藤咒术比试，惨败。在阴阳塾的楼顶，巧遇自称是塾生的红发少女相马多轨子。在追寻阴阳塾秘密的同时，竟然意外发现凉学姐是大友老师的同学。镜身后跟着一位新的式神，被镜虐待的好惨啊！什么？大友老师竟然是原十二神将！另一方面阴阳厅发动了对双角会的围剿。

目黑支部这边，镜担任众人的护卫。新宿支部那边，咒搜部对双角会的围剿进入最终阶段。双角会的秘密高层竟然是咒搜部的比良多笃祢！神扇揭穿了他的真面目后与其发生了咒术战。本来被强力式神--八濑童子的压制下甘拜下风的神扇，竟然出其不意的逆转。而比良多笃祢的真身竟然是相马多轨子……？

突然跳出来的雪巴一刀砍死了江藤并砍碎了咒具引发了灵灾！雪巴本身也沐浴了瘴气暴走了！不断追击着主角和他的小伙伴们。剑压撕碎了夏目的衣服，夏目是女儿身的事实暴露于天下！危急之时，春虎强迫解开了自己的部分封印大爆发击败了雪巴。然而知道事实真相的京子……

春虎无法控制好自己越来越强大的灵力。铃鹿盘算着烟花祭的时候行动！然而京子终于意识到自己定下约定并一直喜欢的人不是夏目而是春虎！阴阳厅派出了麻里和宫地去土御门本家强行夺取了鸦羽。法师来拜访大友，并许诺为大友达成一个心愿，留下电话后离开。突然出现在阴阳塾的相马多轨子突然叫住了京子，究竟是为了……?

作为多轨子式神复活的大连寺至道在补充着失去的时间，并在仓桥源司的办公室与其密谋着什么。多轨子在参观学校的过程中竟然要求与夏目进行咒术比试，随着比试中冲突的不断升级，冲突即将全面爆发之时。幸得大友老师及时赶到，平息了干戈也安抚了春虎的灵力暴走。在对话中，大友得知了夏目是女儿身的事实，随后报告了塾长，并得知多轨子的身世渊源。夏目也终于与京子打开心扉正面面对京子，然后却收到了京子的感情宣战！傍晚，京子怒斥春虎忘记誓言并给了春虎一记耳光。而京子在与多轨子的电话中，无意中说漏了夏目是女儿身的事情，得知此事的源司一行的反应是……？

得知夏目性别的源司一行人终于明白自己中了泰纯的骗术，多轨子一怒之下取走鸦羽准备使夜光觉醒。另一方面随着春虎灵力经常暴走的情况不断恶化，角行鬼出场并提醒目前状态的春虎无法穿上鸦羽。烟花祭上，多轨子终于释放了鸦羽，没想到春虎竟然被鸦羽凭依后暴走，夏目为了彻底解除春虎的封印舍身去吻春虎，最终封印被解除，自己身中数发羽毛而死。

为了躲避阴阳厅的抓捕，抱着夏目尸首四处飞行的春虎。遇到了铃鹿的父亲，大连寺至道。最终春虎被阴阳厅带走。出于塾长的保释，除了春虎以外的伙伴们都被救出。大家商议着如何营救春虎，另一方面阴阳厅也调动一切力量积极布防。在阴暗中，阵拨通了道满法师的电话说道:我要杀入阴阳厅。

道满在阴阳厅正面发动攻击，最先遭遇麻里，而后麻里被宫地调动替换下来:道满vs宫地。另一方面，偷偷潜入阴阳厅内部的大友遭遇了镜。春虎方面，被源司以复活夏目为由说服，准备与其联手。正当下决心之时，空突然出现阻止了春虎。无奈与夜叉丸大打出手，本是不敌。大转机出现！春虎的式神--鸦羽的封印被解除了，门口出现了天海的式神，突然出现在窗外的人影是鬼化的冬儿！！

天马找到了进入大楼并加入其他人的行列，阴阳机构的事情达到了紧要关头。

春虎试图将夏目起死回生，过去的记忆与现在交织在一起。