鄉下小鎮發生了奇怪的妖怪事件！因為對雜毛的怨恨而生的妖怪攻擊了當地居民櫻文惠。妖怪男童“喔喔喔新之助”和爸爸“小蛋蛋爸爸”前來救援，他們同時也在尋找家中的媽媽。這就是這個小鎮中一連串妖怪事件的開始。

櫻文惠把妖怪父子帶回了她家，小新感受到了很強烈的妖怪感應，他們一行人決定前往源頭。他們發現那個妖怪不是小新的媽媽，而是利用強烈整理手段的清潔妖怪。不堪其擾的一家人決定拜託櫻文惠和小新父子消滅這個妖怪。

櫻文惠說服小新父子跟她一起組成“妖怪剋星”，對抗鎮上層出不窮的妖怪問題。她本來想跟同學推廣這樣的服務，但大家都對當天午餐的咖哩比較有興趣。不過會讓東西變超辣的妖怪出現了，讓他們的咖哩變得根本無法入口。妖怪剋星要出任務了！

山中原本很寧靜的溫泉飯店找了妖怪剋星來幫忙消滅妖怪。但他們抵達後才發現事因並不是妖怪，而是一群在狂歡的人，讓文惠相當沮喪。不過溫泉內卻長出了一朵妖怪花，而且花粉還讓小新父子變成了狂歡妖怪。

某天櫻文惠淋雨散步時發現了一支破爛的妖怪手套。她認為手套應該是被主人弄丟了，所以很同情它。她把手套帶回家，取名叫“巧克力”，並努力照顧它。結果這支妖怪手套晚上卻另有打算。

櫻文惠聽說有個營地一直有人失蹤，就帶著小新父子一起去調查。他們隨著森林深處的聲音前進，並發現了一群被邪惡蘑菇大王變成蘑菇的人。這隻邪惡的妖怪趁妖怪剋星不注意，把他們都變成了蘑菇。

小新在文惠家休息的時候，突然聽見了失蹤的媽媽美冴的聲音在某處呼喚著他。他認為自己總算要找到媽媽了，所以就獨自衝了出去，並隨著聲音前往一間廢棄醫院。他媽媽的聲音呼喚他進入廢棄建築，但他很快就發現自己落入了一位狡猾妖怪訓練師的陷阱。

櫻文惠跟小新的爸爸及時趕來救援，但妖怪訓練師迪諾放出了一群會讓人昏睡的妖怪。他們試圖甩開妖怪並逃離迪諾，但是他們寡不敵眾，狀況相當不樂觀。同時，美冴其實就近在眼前。

鎮上突然出現了一堆妖怪，大家都陷入了恐慌！鎮民逃到了體育館，鎮長跟大家說明狀況並宣布進入緊急狀態。他請大家盡快離開鎮上，但是櫻文惠發現鎮長是唯一不會被妖怪攻擊的人。她跟著鎮長回到了他家，並且聽到了驚人的祕密！

鎮長就是鎮上妖怪事件的主謀！他請妖怪訓練師迪諾幫忙趕走鎮民，以便建造一座大型賭場。他的計畫進到了最後階段，他想釋放最邪惡的妖怪，也就是已經被封印在壺裡數百年的妖怪總統。小新和其他人有辦法阻止鎮長的詭計成真嗎？

從壺中被放出來的邪惡妖怪上了鎮長的身，並用強大的力量對付妖怪剋星。小新的爸媽被妖怪鎮長吐出的毒物襲擊，不但失去了記憶，還變成了凶猛的妖怪。接著，小新也被毒物襲擊了！

櫻文惠的怒氣讓小新和他爸媽恢復了理智，但是妖怪總統離開了鎮長的身體，並露出超級巨大的真面目。邪惡妖怪往鎮上前進，文惠和小新決定奮力阻止它摧毀世界。妖怪剋星和最邪惡妖怪之間的最終決戰就此展開！