見知らぬ宇宙船で目を覚ました10人と1匹。なぜここにいるのか・・・わかる者は誰もいない。そして鳴り響く不気味な轟音。一体何が起こっているのか・・・どうする野原一家！？

しんのすけ達が眠っている間に100年もの年月が経っていた。そして互いの素性を知ると、ここにいる全員、最後の記憶はサトーココノカドーの駐車場だった。地球に戻るため協力して小型船を探しに行くのだが...

しんのすけ達が見つけ出した小型船が突如爆発。誰が何のために爆発させたのか！？この中に犯人がいるのか...？そして、ひろしの目の前に謎の扉が！？

ひろしが見つけてきた100年前のプスライト。空腹のあまり飲もうとするしんのすけ。そんな時に見つけたプルプルであま～い香りの食べ物。警戒しながらも食べようとしたその時...！？

田中さんは懲役800年の脱獄犯、"脱獄二郎"だった。食べ物を牛耳る脱獄二郎。そして、脱獄のご機嫌を取って食べ物をもらう蛸助を横目に、少しでも食料を分けてもらえるよう懇願するひろし。そんな中エレンは冷凍カプセルを見てあることに気がつく...

急に大きくなってしまったシロをエイリアンだと怪しむ脱獄。この中の誰がエイリアンなのか確かめる方法があるという。一人、また一人と確かめていく最中、シロにさらなる変化が...！？

疑心暗鬼に陥る一同。そして、食べ物の前にはビームガンを持ち座する脱獄。そんな緊張状態でもお腹は空く。開かずの間で見かけたチョコビの話をきっかけに事態は急転する！？

おばさんの正体はロボットだった。おばさんに捕まり閉じ込められたしんのすけ達は、脱獄の手引きで脱出を試みる。そして、ジェームズを取りに行こうとするエレンを待ち構えていたものとは...！？

ついに現れたエイリアン「オシリアン」。宇宙船に連れてこられた人間達はオシリアンの食料だった。オシリアンに襲われ、何とか逃げ延びるものの、逃げ出した先でおばさんに捕まってしまうひまわり。そこで語られた驚きの真実とは...！？

おばさんの中から出てきたは"のどちんこロボ"。地球に帰る方法をのどちんこロボから聞き出した一同。急ぎコックピットへ向かう途中、起爆装置が作動し次々と爆発が起こる。のどちんこロボに案内されて向かった先に待ち構えていたものとは...！？

オシリアンに襲われバラバラに逃げる一同。シャッターに阻まれ別々になってしまうしんのすけとシロ。しんのすけは止めるひろしを振り切って行ってしまう。一方、先にコックピットに到着した脱獄たち。このまま飛び立ってしまうのか...！？

オシリアンとしんのすけ。地球一おバカな5歳児と完全生命体オシリアンの壮絶なるお尻対決が今始まる。果たして勝負の行方は！？そして、しんのすけたちは本当に地球に帰れるのか！？