十人一狗在陌生的太空船上醒來，他們怎麼會在這裡？沒有人知道。然後他們聽到了奇怪的嚎叫聲，怎麼回事？野原家會發生什麼事？

小新和其他人冬眠的時候，時間已經過了一百年。他們彼此自我介紹時，才發現他們最後的共同記憶都是在賣場的停車場。他們一起合作尋找小太空船，想要開回地球。

廣志帶著一瓶放了一百年的汽水回來，小新因為很餓就想偷喝。他們還發現了像是果凍做成的柱子。但在他們決定要吃吃看的時候…

“史密斯先生”其實是曾被判刑八百年的越獄二郎，他掌控了所有食物。小新試著跟越獄二郎打好關係以取得食物，廣志也懇求他拿點食物給他的家人吃。同時，艾倫發現了他們之前冬眠的膠囊有個疑點。

蜜琪和席林消失了。小新和其他人在找他們的同時，發現了船上膠囊的數量比人的數量還少一個。人類不在膠囊裡冬眠的話，就不可能活過一百年。他們之中會不會有外星人？

小白突然變大了，越獄二郎懷疑牠可能是外星人。廣志提出了一種能判斷某人是不是人類的方法。他們輪流接受測試的同時，小白的變化也越來越大。

每個人都開始疑神疑鬼。越獄二郎坐在食物前面，手裡拿著雷射槍。大家雖然壓力很大，但是肚子還是很餓。小新提到他曾看到鎖住的房間內有巧克力餅乾之後，狀況就突然改變了。

他們之中的中年女子其實是機器人！她抓住了小新和其他人，把他們關了起來，但是他們在越獄二郎的帶領之下順利逃脫了。艾倫接著去找詹姆斯，卻發現…

有個叫“屁人”的外星人總算現身了。他們會被帶到太空船上，就是要給屁人吃的。屁人展開了攻勢，但他們逃到了食物儲藏室。機器人把小葵挾為人質，並告訴了他們驚人的事實。

“小舌”機器人從女人形狀的外殼中出現，他們要求小舌機器人告訴他們回地球的方法。引爆器已經啟動，母艦即將開始爆炸，他們一群人衝向了駕駛艙。他們在小舌機器人的帶領之下經過了一間艙室，他們在那裡遇到了…

他們被屁人攻擊後，就各自散開，前往不同方向逃跑。小新為了拯救小白而跟廣志分散了。小新的爸媽試圖阻止他，但他們卻被防火門關住，跟其他人分開了。同時，越獄二郎和蛸助率先抵達了駕駛艙。他們會決定丟下別人離開嗎？

小新和屁人正面對決。地球上最傻的五歲小孩和外太空的完美生命體展開了激烈的屁屁大戰。誰會獲勝呢？小新和其他人有辦法回到地球嗎？