Sulla soglia degli Inferi Andromeda, Cristal e Dragone vengono raggiunti da Libra: il maestro di Sirio spiega che per raggiungere il regno di Ade da vivi è necessario risvegliare l'Araiashiki, l'"ottavo senso", uno stato di conoscenza superiore presente in tutti gli uomini: Atena e Virgo si sono spinti al limite della vita per raggiungere questo stato ed entrare negli Inferi. Anche Dokho e i Cavalieri di bronzo riescono ad acquisire l'ottavo senso ed entrano nel regno di Ade da vivi: la loro missione è quella di consegnare l'armatura di Atena alla dea della giustizia. Anche Pegasus è riuscito inconsapevolmente a risvegliare l'ottavo senso e, insieme ad Andromeda, raggiunge il fiume Acheronte, il confine tra il regno dei vivi e quello dei morti. Qui i due Cavalieri incontrano lo Specter Caronte, il traghettatore di anime, che li conduce all'altra riva del fiume e, al termine di una serie di diverbi e scontri dovuti al pedaggio non pagato e alla discordanza tra fazioni, combatte contro Pegasus, venendo però sconfitto. I Cavalieri di Atena proseguono dunque la loro corsa nel regno dei morti: come ha spiegato Caronte, il regno di Ade è composto da otto prigioni, tre valli, dieci malebolge e quattro sfere; i Cavalieri dello zodiaco dovranno superare tutti questi ostacoli prima di giungere alla corte del dio.

Pegasus e Andromeda giungono alla prima prigione, al cui interno ne incontrano il custode: Rune è lo Specter a difesa del "Palazzo del Tribunale", il luogo dove le anime vengono giudicate per i peccati commessi in vita e poi inviate nel luogo più adatto degli Inferi dove sconteranno la loro pena. Anche se ancora vivi, i Cavalieri di Atena vengono condannati per le varie morti che hanno causato nella guerra in nome della giustizia, ma vengono salvati da Kanon, che sconfigge Rune con la sua Illusione Diabolica. Mentre Pegasus e Andromeda proseguono la loro corsa, il fratello di Gemini ingaggia una battaglia contro Rhadamante, ma stavolta il Gigante degli Inferi non ha buon gioco del nemico e addirittura rischia di essere sconfitto. Nel mondo terreno gli Specter sono protetti da un campo di forza generato da Ade, che però non è attivo negli Inferi: se non fosse stato per questo svantaggio, probabilmente Mur, Ioria e Scorpio sarebbero riusciti a sconfiggere Rhadamante. Lo scontro viene interrotto dall'arrivo di un gruppo di Specter, poi sconfitti senza difficoltà, che convocano il Gigante degli Inferi alla corte di Ade.

Pegasus e Andromeda giungono alla seconda prigione, dove le anime di coloro che in vita furono avidi vengono sbranate da Cerbero, un enorme cane a tre teste. I Cavalieri di Atena sconfiggono Cerbero, ma poi devono fronteggiare il guardiano della seconda prigione, Pharao, che mette in grande difficoltà i due giovani eroi con la sua Maledizione della Bilancia. Pegasus e Andromeda vengono salvati da Orpheo, il Cavaliere della Lira, che inganna Pharao facendogli credere di averli uccisi; al loro risveglio, i due Cavalieri di Atena si ritrovano in un prato fiorito, dove incontrano una ragazza mezza pietrificata di nome Euridice. La fanciulla racconta la sua storia e quella di Orpheo: il Cavaliere della Lira era un tempo fedele ad Atena e deliziava i Cavalieri d'oro con la dolce musica della sua lira. Ma un giorno la sua fidanzata, Euridice, venne morsa da un serpente velenoso e morì: Orpheo si recò negli Inferi da vivo e chiese a Ade di riportare in vita la ragazza; in cambio il musico avrebbe suonato alla corte del dio. Il signore degli Inferi acconsentì ad una sola condizione: il Cavaliere della Lira non avrebbe dovuto guardare negli occhi la fidanzata fino al suo ritorno nel mondo dei vivi. Tuttavia, non ancora giunto a destinazione, il musico scambiò una sfera di luce per il Sole e, pensando di essere giunto sulla Terra, si voltò a guardare la fidanzata: Euridice rimase pietrificata negli Inferi, ma Orpheo decise di rimanere per sempre con lei, nonostante la ragazza vorrebbe che il musico faccia ritorno sulla Terra.

La sfera di luce che Orpheo confuse con il Sole e che non gli permise di tornare sulla Terra insieme a Euridice fu creata da Pharao: venuto a conoscenza di questo segreto, Orpheo ingaggia una battaglia contro il custode della seconda prigione. Lo scontro è molto duro, ma alla fine la musica del Cavaliere d'argento prevale sulle tecniche dell'arpa di Pharao, che viene sconfitto. Orpheo, Pegasus e Andromeda decidono di recarsi insieme alla corte di Ade, situata presso la Giudecca, la quarta sfera dell'ottava prigione, e sconfiggere il dio una volta per tutte. Orpheo si introduce nel palazzo di Ade, dichiarando di essere giunto per suonare al cospetto del signore degli Inferi, mentre Pegasus e Andromeda restano nascosti in un baule pieno di fiori, spacciati per un dono al dio. Al concerto di Orpheo saranno presenti anche i tre "Giudici degli Inferi": Eaco, Minosse e Rhadamante. Intanto, Kanon, Dragone e Cristal superano con facilità la terza prigione: anche loro sono diretti alla Giudecca con l'obiettivo di sconfiggere Ade.

Con la sua Sinfonia dell'Eterna Quiete Orpheo riesce ad addormentare tutti gli spettatori del suo concerto: adesso al Cavaliere d'argento non resta che attaccare Ade, seduto sul suo trono e nascosto dietro una tenda, ma la figura che colpisce si rivela essere un'illusione. A questo punto Rhadamante, sul quale la musica di Orpheo non ha avuto effetto, attacca il Cavaliere di Atena, che però viene salvato dall'intervento di Pegasus. Il giovane eroe è costretto a colpire Orpheo insieme a Rhadamante: il Cavaliere d'argento rimane ucciso dal Fulmine di Pegasus, ma il Giudice degli Inferi riesce a salvarsi. Mentre una nuova battaglia tra Pegasus e Rhadamante sta per iniziare, Andromeda compie una strana mutazione: i suoi capelli diventano rossi e la sua voce cambia. Incredibilmente, il Cavaliere di Andromeda si rivela essere la reincarnazione di Ade e Pegasus, che non ha più alleati, viene sconfitto da Rhadamante e gettato nel Cocito. Nel frattempo, Kanon, Cristal e Sirio incontrano Flegiàs, lo Specter guardiano dello Stagno delle Tenebre, un altro ostacolo nella corsa dei Cavalieri di Atena. La caduta del seguace di Ade per mano di Kanon permette ai tre guerrieri di attraversare lo stagno a bordo di una zattera.

Superato lo Stagno delle Tenebre, Kanon, Dragone e Cristal si imbattono in Rhadamante. Il Cavaliere d'oro affronta il seguace di Ade e lascia proseguire i Cavalieri di bronzo, ma proprio quando sta per sopraffare il nemico la battaglia viene interrotta dall'arrivo degli altri due Giudici degli Inferi, gli Specter più potenti a servizio del signore degli Inferi, Minosse ed Eaco. I due mettono in difficoltà Kanon con le loro tecniche letali, ma in soccorso del fratello di Gemini accorre Phoenix. Venuto a sapere dell'improvviso cambiamento del fratello e rimastone molto colpito, il Cavaliere della Fenice si scontra con Eaco: il fratello di Andromeda resiste ai potenti attacchi del Giudice degli Inferi e riesce a metterlo in grande difficoltà.

Alla fine Phoenix sconfigge Eaco, sotto lo sguardo incredulo degli altri Giudici degli Inferi, ma a questo punto una forza misteriosa teletrasporta il Cavaliere della Fenice alla Giudecca. Qui il giovane eroe incontra Ade, che gli rivela i suoi piani: il dio vuole sterminare l'umanità con un'eterna eclissi solare, che farà piombare la Terra in una nuova e infinita era glaciale. Phoenix combatte con tutte le sue forze contro Ade, cercando di scacciare il dio dal corpo di Andromeda, ma il signore degli Inferi è molto potente e Phoenix non riesce a colpirlo. Comunque, anche se ci riuscisse, il Cavaliere di Atena violerebbe soltanto il corpo del fratello, finendo per ucciderlo. Nonostante tutto Phoenix non si arrende, resiste ai violenti attacchi di Ade e ha persino l'occasione di scacciare l'entità malvagia dal corpo del fratello, quando lo spirito di Andromeda si ribella al volere della divinità.

L'occasione di sconfiggere Ade una volta per tutte non viene sfruttata da Phoenix, che esita a colpire il fratello pronto ancora una volta al sacrificio pur di salvare l'umanità. In seguito all'esitazione del Cavaliere della Fenice, Ade prende completo possesso del corpo di Andromeda e attacca Phoenix, il cui corpo privo di sensi viene gettato nel Cocito. Rimasto solo nella Giudecca, il dio incontra Virgo: il Cavaliere d'oro e Lady Isabel hanno vagato a lungo per gli Inferi alla ricerca dell'ingresso per i Campi Elisi, situati oltre la Giudecca. Virgo è desideroso di combattere Ade, ma viene fermato dall'irruzione di Atena. Intanto, Pegasus è bloccato nel Cocito, un'enorme landa ghiacciata dove finiscono le anime di coloro che hanno osato sfidare gli dei e dove non solo sono presenti Pegasus e Phoenix, ma anche Mur, Ioria e Scorpio. Il Cavaliere di Pegasus si imbatte in Valentine, al quale promette di cedere l'armatura di Atena se lo Specter lo vincerà in battaglia: il giovane eroe viene così liberato dal ghiaccio in cui era imprigionato, ma anche se indebolito e infreddolito deve ora fronteggiare un ostico avversario.

Al termine di una dura battaglia Pegasus sconfigge Valentine e l'armatura di Atena rimane in suo possesso. Nel frattempo, alla Giudecca Lady Isabel cerca vanamente di convincere Ade a fermare l'eterna eclisse, giungendo persino ad offrire la propria vita in cambio della salvezza della Terra. La dea viene ferita, ma quando il suo sangue entra in contatto con il corpo di Ade lo spirito del signore degli Inferi viene allontanato dalle membra di Andromeda: il giovane eroe viene richiamato nel suo corpo dal sangue divino della dea a cui è fedele. Ade è sconfitto, ma il suo spirito scompare portando con sé Lady Isabel, sotto lo sguardo attonito di un impotente Virgo. Lo scontro fra le due divinità viene avvertito da tutti i Cavalieri negli Inferi e Pegasus si dispera, credendo che Atena sia stata sconfitta e che la guerra sia così perduta.

Incoraggiato dalla voce di Castalia, Pegasus fa ritorno alla Giudecca, dove incontra Andromeda, tornato in sé, e Virgo. I Cavalieri di Atena si trovano di fronte al "Muro del Lamento", un maestoso muro che separa il regno degli Inferi dai Campi Elisi, il luogo dove dimorano gli dei e dove probabilmente è finita Atena. I tre Cavalieri vorrebbero superare la soglia per raggiungere la dea e consegnarle la sua armatura, ma il muro non può essere attraversato dagli umani e non può nemmeno essere distrutto: per abbatterlo sarebbe necessaria l'energia della luce del Sole, certamente non facile da riprodurre. In questo momento lo spirito di Atena giunge nel Cocito e risveglia Mur, Ioria e Scorpio, che raggiungono il Muro del Lamento insieme a Libra. I Cavalieri d'oro possono ora unire le forze per abbattere l'ostacolo: le costellazioni dei Cavalieri d'oro sono infatti disposte sull'eclittica, il percorso apparente che il Sole segue intorno alla Terra. Nel corso dei millenni la stella ha illuminato le costellazioni sino a renderle più brillanti che mai: ora i cosmi dei Cavalieri d'oro possono eguagliare nella loro massima forma la luce del Sole.

Dokho consegna le armi disposte sulla sua armatura agli altri Cavalieri d'oro, che le scagliano insieme contro il Muro del Lamento, ma purtroppo nemmeno l'energia delle armi della Bilancia è sufficiente ad abbattere l'imponente muro. Tuttavia, a questo punto le armature d'oro rimaste al Grande Tempio giungono negli Inferi in soccorso dei Cavalieri di Atena: l'unica corazza non ancora presente nella Giudecca è quella dei Gemelli, al momento utilizzata da Kanon. Il fratello di Gemini, che nel frattempo ha iniziato una nuova battaglia contro Rhadamante, comprende subito la situazione e si priva dell'armatura, che raggiunge le altre corazze sotto forma di meteora. Nello stesso momento anche Cristal e Sirio, dopo aver superato tutto l'Inferno, raggiungono la Giudecca. Kanon si sacrifica per sconfiggere Rhadamante, afferrandolo da dietro e colpendo sé stesso e il nemico con l'Esplosione Galattica.

Le anime di tutti i Cavalieri d'oro caduti in battaglia appaiono nella Giudecca e indossano le rispettive armature. A questo punto Dokho informa Pegasus e compagni che nell'Elisio si trova il vero corpo di Ade, che deve essere distrutto affinché il dio venga definitivamente sconfitto. I quattro eroi possono accedere ai Campi Elisi senza rischiare la vita, in quanto le loro armature sono state riparate con il sangue di un dio, ma i Cavalieri d'oro non li potranno seguire, poiché nel tentativo di abbattere il Muro del Lamento perderanno sicuramente la vita. Quando Micene di Sagitter scocca la Freccia d'Oro, concentrazione del cosmo di tutti i Cavalieri d'oro, contro il Muro del Lamento, la Giudecca viene ridotta in macerie e nel muro si apre un varco: i dodici eroi, dei quali sono rimaste soltanto le armature, sono riusciti nel loro intento. Mentre Pegasus e compagni si apprestano a superare il muro, anche Phoenix giunge alla Giudecca, sotto lo sguardo sorpreso di Pandora.

Mentre sulla Terra l'eterna eclisse si sta già manifestando, Pegasus, Andromeda e Cristal attraversano la breccia che i Cavalieri d'oro hanno aperto nel Muro del Lamento a prezzo della loro vita. Sirio rimane nella Giudecca, fermato dall'arrivo di tre nuovi Specter: Queen, Gordon e Shilfield. Oltrepassato il Muro del Lamento i Cavalieri dello zodiaco si ritrovano in una "Superdimensione", che separa l'Inferno dall'Elisio. Pegasus e Andromeda riescono a superare la Superdimensione grazie alle ali improvvisamente comparse nell'armatura del Cavaliere di Pegasus, ma Cristal viene fermato da Minosse, l'ultimo Giudice degli Inferi rimasto in vita. I due si scontrano e alla fine il Cavaliere del Cigno ha la meglio, mentre anche Dragone riesce a sconfiggere i tre avversari, annientandoli con il potente Colpo dei Cento Draghi Nascenti appreso da Libra. Cristal e Sirio superano la Superdimensione grazie alle ali comparse nella corazza del Cavaliere del Cigno, peculiarità ottenuta quando l'armatura è stata riparata con il sangue divino di Atena.

Phoenix giunge al Muro del Lamento, dove incontra Pandora. La sacerdotessa di Ade rivela il suo passato: quando era ancora una bambina risvegliò inconsciamente le divinità del sonno e della morte, Hypnos e Thanatos, fedeli ad Ade, che le annunciarono il ritorno del signore degli Inferi reincarnato nel fratello minore della ragazza, in procinto di nascere. Pandora fu incaricata di proteggere il dio, ma dalla sua venuta tutti gli esseri viventi nella casa della ragazza persero la vita, compresi i suoi genitori. La donna chiede a Phoenix di vendicare il suo passato infelice e gli cede una collana magica che gli permetterà di superare indenne la Superdimensione, per poi venire uccisa da Tanathos che, in grado di privare della vita anche a distanza, ha subito scoperto il tradimento della ragazza. Sconfitti gli ultimi Specter rimasti in vita tra i 108 totali, il Cavaliere della Fenice si avvia verso l'Esilio dove, nel frattempo, Pegasus ha incontrato Hypnos e Thanatos. Le due divinità rivelano che Atena è stata imprigionata nella "giara dell'Elisio", situata in un tempio dove si trova anche il corpo assopito di Ade. Il giovane eroe si scontra con Thanatos e riesce a tenergli testa nonostante l'avversario sia un dio.

Castalia ha trovato Patricia, la sorella maggiore di Pegasus scomparsa poco dopo la sua partenza per l'addestramento. La sacerdotessa guerriero racconta la storia della ragazza: Patricia aveva seguito il fratello in Grecia, ma un giorno cadde in un burrone e perse la memoria. Da quel giorno la ragazza visse nei pressi di Atene insieme ad un vecchio che la soccorse. Intanto, nell'Elisio prosegue il combattimento tra Pegasus e Thanatos, ma le tecniche del Cavaliere di Atena non sono abbastanza potenti per sopraffare il dio. Thanatos vuole uccidere Pegasus facendolo soffrire e inizia ad attaccare Patricia con potenti sfere di energia: Castalia, Tisifone, Kiki e i Cavalieri di bronzo rimasti sulla Terra cercano di difendere Patricia come possono, ma vengono ben presto messi fuori gioco. In aiuto di Pegasus sopraggiungono Andromeda, Sirio, Cristal e Phoenix, ma uno ad uno i Cavalieri di Atena vengono tutti sconfitti. In loro soccorso giungono però cinque armature d'oro, che sono riuscite a superare la Superdimensione e che vanno a difendere il corpo ormai privo di protezione dei cinque eroi.

Nettuno ha inviato le armature d'oro ai Cavalieri di bronzo nell'Elisio, volendo scongiurare l'eterna eclissi e fermare le ambizioni di Ade, schierandosi così dalla parte di Atena nonostante la dea sia stata in passato sua mortale nemica. Purtroppo, l'aiuto divino non è sufficiente a ribaltare le sorti dello scontro con Thanatos: il dio della morte distrugge con sorprendente facilità le armature del Sagittario, dell'Aquario, della Bilancia, della Vergine e del Leone. Le speranze di vittoria dei Cavalieri dello zodiaco sembrano andate perdute, ma Pegasus continua la battaglia incoraggiato dalla dea Atena e da Patricia, che ha incredibilmente recuperato la memoria. Dalle ceneri dell'armatura di Pegasus sorge una nuova corazza: è una "camui", un'armatura divina, superiore persino a quelle d'oro, comparsa grazie al sangue di Atena che ha bagnato la corazza. Rinvigorito, Pegasus attacca Thanatos e lo sconfigge definitivamente, per poi correre al tempio dove Lady Isabel è imprigionata nella giara dell'Elisio.

Andromeda, Sirio e Cristal si scontrano con Hypnos, ma privi delle loro armature non possono combattere alla pari contro il dio del sonno. Tuttavia, prima le vestigia di Andromeda e poi quelle del Dragone e del Cigno si ricompongono nella loro forma divina: grazie alla potenza delle nuove corazze, anch'esse bagnate dal sangue di Atena, i tre giovani eroi sconfiggono Hypnos. Intanto, Phoenix raggiunge Pegasus presso la giara dell'Elisio: Atena vi è imprigionata e la Sacra giara le sta assorbendo il sangue, portandola lentamente alla morte. Entrando in contatto con il sangue di Atena, Phoenix ottiene il privilegio di indossare un'armatura divina, ma anche in queste condizioni i colpi incrociati dei due Cavalieri dello zodiaco non bastano ad infrangere la giara dell'Elisio, che si rivela indistruttibile. Pochi passi dietro alla giara Pegasus e Phoenix trovano il mausoleo che contiene il corpo del Sommo Ade: i due decidono di entrarvi e distruggere il corpo del dio, nel tentativo di porre fine alla guerra e salvare l'umanità. Ma non appena i Cavalieri entrano nel mausoleo, la bara contenente il corpo del signore degli Inferi si apre: ne esce Ade in persona, che si è risvegliato dopo un lungo sonno e che è ora deciso a sconfiggere una volta per tutte Atena e i suoi guerrieri.

Pegasus e Phoenix, ai quali si aggiungono anche Andromeda, Cristal e Sirio, ingaggiano la battaglia finale contro Ade, il quale però si mostra da subito di gran lunga superiore ai Cavalieri dello zodiaco. Nel frattempo, sulla Terra l'eterna eclisse è completa e il pianeta è stato interamente oscurato. Ade è in procinto di uccidere Atena, ma improvvisamente il cosmo della dea della giustizia si rivela: Lady Isabel si libera dalla giara dell'Elisio e indossa la sua armatura divina, consegnatale da Pegasus, con la quale può finalmente combattere contro il signore degli Inferi. Questi colpisce Pegasus in pieno petto con la sua potente spada, ma viene poi trafitto dallo scettro di Thule della dea Atena: Ade viene così ucciso e il suo corpo si dissolve. A seguito della sua sconfitta l'Inferno e l'Elisio scompaiono e i Cavalieri dello zodiaco fanno ritorno sulla Terra: qui l'eterna eclisse è stata sventata e il Sole è tornato a risplendere in cielo e a illuminare un mondo pieno di luce. L'umanità è dunque salva e i Cavalieri di bronzo rimasti sul pianeta gioiscono per il trionfo di Atena; è altresì felice Patricia, che finalmente può riabbracciare il fratello ritrovato.