Après que Le Superviseur ait failli être tué dans un attentat à la bombe, il recrute Mac pour l'aider à trouver le poseur de bombe présumé, Mason. Cependant, lorsque ce dernier leur révèle qu'il n'a pas posé la bombe, les trois font équipe pour retrouver Codex, l'organisation fantôme qui a mis cela sur pied. Mac rencontre également sa tante, Gwendolyn.

L'équipe de Phoenix est à jamais transformée lorsque la tante de MacGyver, Gwen, lui parle de famille et de ses liens tout en convaincant Mac et Riley de rejoindre Codex. De plus, Matty et Russ font part de leurs inquiétudes au sujet de Codex à la Maison Blanche.

Mac et Riley sont sous couverture, ils espèrent mettre fin à l'organisation de l'intérieur, mais leur mission est interrompue lorsque Russ, Desi et l'équipe de Phoenix se mettent en route pour empêcher Codex de faire exploser une arme de destruction massive qui vise Mac et Riley. De plus, l'équipe découvre la véritable raison pour laquelle Russ a acheté la Fondation Phoenix.