Erikoisagentit Angus "Mac" MacGyver ja Jack Dalton palaavat DXS:n joukkoihin. Heidän tehtävänään on saada takaisin biologinen ase, joka voi tappaa satojatuhansia ihmisiä. Jack löytää tiimille uuden apulaisen, mutta pomo Patricia Thornton ei ole erityisen innoissaan.

MacGyver on etsinyt Nikkin asunnolta johtolankoja, jotka johtaisivat hänet naisen jäljille. Tiimi saa tehtäväksi pelastaa Sarah Adlerin, joka on Jackin entinen tyttöystävä ja pari CIA:n ajoilta. Sarah on kadonnut Venezuelassa hankkiessaan todisteita kansainvälistä asekauppiasta vastaan.

MacGyver tiimeineen lähtee Malesiaan hakemaan terroristiryhmän rahoista vastaavaa Ralphia, jolla he uskovat olevan tietoa ryhmän seuraavasta iskusta. Kun miestä ammutaan, operaatio vaikeutuu. MacGyverin on pidettävä Ralph hengissä, jotta terroristien suunnitelmat paljastuvat.

Tällä kertaa seikkaillaan Venäjällä, jossa Mac kumppaneineen yrittää tehdä neuvostoaikaisen pommin vaarattomaksi. Matkaan tulee kuitenkin mutkia, kun pommin pysäyttämiseen tarvittava antiikkinen tietokone tekee tenän, ja Mac joutuu korjaaman sen.

Mac ja Jack jäljittävät Nikkiä Portugalissa, kun Thornton antaa heille uuden tehtävän Saksassa, missä he tapaavat Rileyn. Tiimin tulisi pelastaa Katarina Wagner, joka on päättänyt todistaa pomonsa myyvän aseita Yhdysvaltain vihollisille. Interpolin agentin käskystä Katarina nousee kohti Frankfurtia kulkevaan junaan. Matka kuitenkin vaikeutuu, kun junaan nousee MacGyverin tiimin lisäksi Katarinan pomon lähettämät joukot.

Mac saa kutsun New Yorkiin tutkimaan pommia, joka on löydetty pysäköintihallista YK:n päämajan lähettyviltä. Pian Mac aavistaa, kuka pommin takana on: vanha tuttu, "Kummitus". Muu tiimi tulee pian MacGyverin avuksi, ja yhdessä he yrittävät päästä Kummituksen jäljille. Takaa-ajo saattaa kuitenkin tiimin ja etenkin Jackin vaaraan.

MacGyver soluttautuu huipputurvalliseen vankilaan auttaakseen pahamaineisen huumepomon "El Nochen" pakoon. Teatterin tarkoituksena on selvittää huumekartellin salaisen päämajan sijainti.

MacGyver ja kumppanit saavat peräänsä juonikkaan palkkamurhaajan, jonka vanha tuttu on pannut asialle. Bozer järkyttyy saadessaan tietää totuuden ystäviensä työstä.

Mac, Jack ja Riley matkustavat Latviaan vangitakseen paikallisen terroristijärjestön nokkamiehen. Tämä napataankin, mutta tiimi joutuu pakenemaan ja linnoittautumaan Yhdysvaltain Riian-suurlähetystöön terroristien hyökätessä. Edessä on kuusi tukalaa tuntia ennen apuvoimien saapumista. Kotimaan kamaralla Bozer joutuu Thorntonin syyniin Murdoc-jupakan jälkimainingeissa.

MacGyver ja kumppanit vierailevat Macin ja Bozerin kotikaupungissa ja ensin mainitun entisessä opinahjossa, jossa Macin on tarkoitus puhua vanhan opettajansa luokalle. He tapaavat nuoren neron, jolla on paljon yhteistä MacGyverin kanssa. Kun tyttö siepataan, tiimi rientää apuun.

Joulu on vaakalaudalla, kun turvallisuuspalvelu NSA:han tehdään tietomurto. Syylliseksi osoittautuu Riley, jonka perään MacGyver ja Jack lähtevät. Heille selviää, että NSA:lta varastettu kyberase voi väärissä käsissä aiheuttaa kolmannen maailmansodan. Samalla selviää totuuksia Rileyn menneisyydestä.

Sarah Adler palaa maisemiin tuoden mukanaan tiedon: Nikki on löytynyt. Tiimin apua tarvitaan naisen saattamiseksi oikeuden eteen, mutta totuus osoittautuu mutkikkaaksi. Kenen puolella Nikki loppujen lopuksi onkaan? MacGyver yrittää selvittää, kuka vuotaa tietoja Phoenixia uhkaavalle salaperäiselle järjestölle.

Kun MacGyverin ja Jackin helikopteri ammutaan alas Kazakstanissa, vankina ollut sotarikollinen pääsee pakoon. Kaksikon on saatava karkuri kiinni kilpajuoksussa kelloa vastaan tiettömien taipaleiden takana. Phoenix-säätiö saa uuden johtajan, joka sattuu olemaan erään tiimiläisen vanha esimies.

Mac ja Jack saavat tehtäväkseen jäljittää FBI:n jahtaaman karkurin, jota epäillään agentin murhasta. Kuvio ei kuitenkaan ole niin yksinkertainen kuin miltä näyttää. Uusi Phoenix-pomo Matty arvioi alaisensa ensimmäisen kerran.

Mattyn kummityttö poikaystävineen surmataan kylmäverisesti kesken puistopiknikin. Merkit viittaavat 1960- ja 70-luvuilla Pohjois-Kaliforniaa piinanneeseen tunnistamattomaan Zodiac-sarjamurhaajaan. Mac tiimeineen yrittää selvittää, onko murhien takana todella sama mies vuosikymmenten takaa.

Jäljittäessään vaarallista karkuria Mac ja Jack saavat vastaansa piinkovan palkkionmetsästäjäperheen, joka on saman miehen perässä. Seuraa kilpajuoksu, jossa yhden jos toisenkin henki on vaarassa. Bozer ja Riley yrittävät penkoa Jackin ja pomo-Mattyn yhteistä historiaa.

Bozerin ensimmäinen ulkomaankomennus menee pahemman kerran pieleen, kun tiimiä syytetään pommi-iskusta Amsterdamissa. Phoenix-säätiön pestyä kätensä koko tehtävästä Macin ja kumppaneiden on puhdistettava maineensa omin neuvoin.

Phoenix-tiimi suuntaa Havaijille katastrofiavun merkeissä, kun maanjäristys ravistelee saaria. Perillä tavataan tuttuja kasvoja. Sekasorron lomassa ulkopuolinen taho pyrkii varastamaan huippusalaisen aseen. Jaksossa vierailee "Havaiji 5-0"-sarjasta tuttu näyttelijäkaarti!

Mac saa suru-uutisen vanhan opiskelutoverinsa Frankien poismenosta ja suuntaa Bostoniin tämän muistotilaisuuteen. Jack lyöttäytyy mukaan henkiseksi tueksi. Kaksikon epäilykset heräävät, kun Frankien tapaturmaisesta kuolemasta paljastuu hämäriä yksityiskohtia.

Kun terroristiryhmä värvää tiilenpäitä laskevan Murdocin palkkamurhaan, MacGyver päättää esiintyä psykopaattina pelastaakseen uhrin. Sitä varten on kuitenkin sukellettava Murdocin kieroon mieleen. Tehtävän aikana Järjestön uhka nostaa jälleen päätään.

MacGyverin isälleen lähettämä kirje palautuu toimittamattomana Jackin ja Macin Kairon-tehtävän kolmevuotispäivänä. Juhlinta keskeytyy, kun Phoenix-säätiö joutuu hyökkäyksen kohteeksi. Murdoc on pestannut toisen palkkatappajan päästämään Macin ja kumppanit päiviltä, mutta näiden kamppaillessa hengestään selviää, ettei iskussa ole kyse pelkästä kostosta.

Mac ja Jack palaavat maailmalta sorvin ääreen etsittyään turhaan Macin kadonnutta isää ja vankilasta karannutta Murdocia. Uusi tehtävä vie heidät Lähi-itään pelastamaan vangittua amerikkalaissotilasta, josta terroristit vaativat lunnaita. Mukaan lyöttäytyy arvoituksellinen CIA-agentti Samantha Cage.

Jack huolestuu, kun Riley jäätyy ensin tosipaikassa ja saa sitten soolotehtävän. Hakkeriryhmä kiinnostuu Rileyn taidoista, ja hänen on soluttauduttava joukkoon selvittääkseen heidän aikeensa. Ylisuojeleva Jack vain on vaarantaa koko tehtävän.

Mac ja kumppanit matkustavat Azerbaidzaniin ryöstämään terroristiryhmän timantteja kasinon holvista, etteivät terroristit voisi käyttää timantteja iskunsa rahoittamiseen.

Murdoc palaa kuvioihin ja sieppaa Macin. Siitä pinteestä selvitään, ja Phoenix-tiimi saa vihiä Murdocin seuraavasta siirrosta - mutta mikä onkaan psykopaatin pirullisen suunnitelman perimmäinen päämäärä?

Macin ja kumppaneiden halloween-valmistelut keskeytyvät, kun heidät lähetetään etsimään varapresidentin poikaa tämän lentokoneen syöksyttyä maahan pahamaineisen Bermudan kolmion alueella. Tiimi päätyy hylättyyn sotilastukikohtaan salaperäisellä saarella ja pian selviää, että turmakoneessa kuljetettu vaarallinen vanki on elossa ja vapaalla jalalla.

Kun Mac ja Jack ovat selvittäneet itsensä tukalasta tilanteesta Suomen maaperällä, edessä on reissu Nigeriaan. Sisällissodan partaalla olevassa maassa riehuu öljykenttäpalo, joka pitäisi sammuttaa maan vaarallisesta tilanteesta huolimatta.

Ecuadorissa järjestetään presidentinvaalit, mutta vain yksi ehdokas uskaltaa asettautua itsensä valtaan nostanutta everstiä vastaan. Ongelmana on lisäksi se, että kyseinen ehdokas tarvitsee pikaisen sydämensiirron. Mac ja Jack rientävät hakemaan sydäntä ja sydänkirurgia Kolumbiasta, kun Riley ja Cage suojelevat presidenttiehdokasta everstin joukoilta. Bozer jää Los Angelesiin tekemään muita töitä ja hän selvittää samalla Jackin asuntoon kohdistunutta murtoa.

Kohteena on tällä kertaa varastetun taiteen kauppias, joka rahoittaa terroristeja. Ryhmä yrittää houkutella hänet esiin Franz Marcin arvokkaan Sinisten hevosten torni -taideteoksen avulla, mutta ensin kyseinen maalaus täytyy varastaa. Riley tapaa Elwood-isänsä (William Baldwin), ja koulutuksessa oleva Bozer törmää vakoilutoimintaan.

Kadonnut hermokaasukanisteri uhkaa päätyä terroristiryhmän haltuun - ja Mattyn siunauksella päätyykin, jotta ryhmä johtohahmoineen saadaan nalkkiin. Bozer törmää kipeään lapsuudenmuistoon yrittäessään läpäistä kuulustelukoetta. Riley lähentyy isänsä Elwoodin kanssa, joskin Jackilla on epäilyksensä miehen suhteen.

Jackille selviää, että Elwoodin perässä on vanha rikoskumppani. Nämä varastivat yhdessä arvokkaan baseball-pallon, jonka Elwood hävitti parantaessaan tapansa, ja nyt on tilinteon aika. Jack ja Riley yrittävät selvittää sotkun yksissä tuumin. Sillä välin Mac auttaa Jäämerellä merihätään joutuneen tutkimusaluksen pelastusoperaatiossa - etänä. Bozer ja Leanna joutuvat viimeiseen kokeeseen.

Joulupirskeet keskeytyvät, kun MacGyver pidätetään epäiltynä murhasta ja terroriteosta. Poliisin silmissä tapaus näyttää selvältä, mutta räjäytetystä varastorakennuksesta löytynyt ruumis ei kuulunut Phoenix-tiimin suunnitelmiin. Nyt Mac on saatava vapaaksi työnantajaansa paljastamatta.

Vaikka Cage selviääkin Murdocin hyökkäyksestä, Mac ja Jack joutuvat vuorostaan pinteeseen, kun toinen vanha vihollinen palaa maisemiin. "Kummitus" on virittänyt pirullisen ansan, mutta MacGyverin kodin alla makaava pommi ei ole ainoa laatuaan kaupungissa. Takaumissa palataan Afganistaniin ja siihen, kuinka Macin ja Jackin ystävyys sai alkunsa myrskyisissä merkeissä.

Mac ja Jack kohtaavat vanhat kilpailijansa, joskin eri ympyröissä. Jackin pyrkiessä nokittamaan lukioaikaisen vihamiehensä luokkakokouksessa Mac ottaa mittaa vanhasta ihastuksestaan kilpailussa, jossa etsitään uutta miehittämätöntä ajoneuvoa sotilaskäyttöön. Robottiauton lähtiessä omille teilleen tuhoisin seurauksin kilpakumppanien on yritettävä pysäyttää se yhteistuumin.

Jackin vanha CIA-peitenimi, Duke Jacoby, aktivoituu yllättäen New Orleansissa. Selvittäessään asiaa Phoenix-tiimi kohtaa Jacobyn vaimoa esittävän naisen, joka on saanut haltuunsa tietoja useammastakin agentista. Jackin epäonneksi Duken vanhat vihamiehet janoavat kostoa. Riley saa tietää Bozerin viestitelleen Leannan kanssa luvatta salaista kanavaa pitkin.

Murdocin palkolliset kääntyvät miestä vastaan ja luovuttavat tämän Phoenix-säätiölle miljoonasummasta - sillä ehdolla, että Mac ja Jack pannaan asialle. Konna saadaan jälleen kiikkiin, mutta ongelmia seuraa, kun kolmikko saa kimppuunsa Murdocin kostonjanoisen oppi-isän.

Interpolin jäljittämä serbialainen sotarikollinen halutaan oikeuden eteen. Phoenix-säätiön ja CIA:n yhteisoperaatiossa MacGyver, Bozer, Riley ja Leanna soluttautuvat aviopareiksi tekeytyneinä eksklusiiviseen lomakohteeseen, jossa konnan raikulipoika viettää kuherruskuukautta tuoreen morsiamensa kanssa. Tarkoituksena on selvittää, missä isä piileskelee. Samaan aikaan Jack yrittää selvittää, mitä Matty salailee Macilta.

MacGyverin isän etsintä keskeytyy jälleen kerran, kun Mac, Jack ja Riley lähetetään ukrainalaisen rikollisjärjestön takinkääntäjän perään. Tehtävä vie kolmikon pahamaineisen Tsernobylin maisemiin. Sillä välin Matty haluaa Bozerin selvittävän, kuka hänen kotiinsa murtautui - vaikka Bozer epäileekin pomonsa tietävän jo totuuden.

Jäljittäessään tällä kertaa valtion salaista tietoa varastanutta petturia Phoenix-tiimi törmää tuttuihin palkkionmetsästäjiin, Coltonin perheeseen. Keskinäinen nokittelu uhkaa kostautua, kun varastettu tieto osoittautuu vaaralliseksi aseeksi.

New Orleansista tuttu ex-huijari Dawn alias Dixie kertoo Jackille CIA-miehen kuolemaan liittyvästä sotkusta. Phoenix-tiimin ryhtyessä tutkimaan asiaa selviää, että joku CIA:ssa pyörittää väärennösrinkiä.

Phoenix-tiimi pääsee aiemmin kadottamansa EMP-aseen jäljille. Paljastuu, että entisen erikoisjoukkojen sotilaan johtama kopla on ottanut kohteekseen miljardööri Ralph Jericon. Mac ja Jack seuraavat konnia Pekingiin, missä seuraa kilpajuoksu pilvenpiirtäjässä, kun koplan todellinen suunnitelma paljastuu.

MacGyver ja kumppanit matkustavat Puerto Ricoon auttamaan Macin vanhan armeijatoverin, Carlosin, hurrikaanin runteleman kodin jälleenrakennuksessa. Matkaan tulee mutkia, kun konnakopla yrittää varastaa miljoonien edestä avustusrahoja paikallisesta pankista, jonka johtaja Carlos sattuu olemaan. Mac hankkiutuu panttivangiksi selvittääkseen tilanteen sisältä käsin.

Nevadan autiomaahan putoaa salaperäinen esine, jota Mac ja Riley lähetetään tutkimaan. Esine kiinnostaa muitakin tahoja, ja ajojahdin myötä päädytään arvoitukselliselle Alue 51:lle. Matty hiillostaa Jackia kotiinsa tehdystä murrosta. Vaikka Matty vaikeneekin Macin isästä, totuus on askeleen lähempänä.

Mac päättää jättää Phoenix-säätiön, koska ei voi enää työskennellä Mattyn alaisuudessa. Vain ylempi taho voi hyväksyä eron, ja Mac kokee elämänsä yllätyksen, kun kyseinen taho osoittautuu hänen isäkseen. Selitysten aika on myöhemmin, sillä ensin pitäisi estää isä-MacGyverin entisen ystävän rikolliset puuhat.

Macin uusi, rauhallinen elämä nigerialaisessa kylässä katkeaa äkisti, kun hän kuulee Jackin olevan liemessä. Pelastaakseen ystävänsä kostonhimoisen sotilasdiktaattorin kynsistä Mac on valmis unohtamaan erimielisyydet isänsä kanssa ja palaamaan Phoenix-säätiön palvelukseen, joskin vain tilapäisesti. Menneisyys ei kuitenkaan jätä miestä rauhaan.

Jillin kohtalon jälkeen Mac palaa virallisesti Phoenixin riveihin napatakseen Murdocin. Hänet kuitenkin temmataan mukaan epäviralliseen pelastusoperaatioon ulkomailla, kun Jackin vanha tuttava erikoisjoukoista joutuu pakosalle terrorismisyytösten vuoksi.

Mac, Bozer, Riley ja Leanna soluttautuvat yliopistolle selvittääkseen, kuka värvää opiskelijoita terrori-iskuihin, joissa käytetään uusia, läpinäkyviä pommeja. Sillä aikaa Jack toimii palkkionmetsästäjä Billy Coltonin apurina tämän jahdatessa karkuria. Keikka ei mene ihan putkeen.

Mac ja Riley joutuvat tiukkaan paikkaan Georgiassa, kun he yrittävät toimittaa säiliöautollisen nestehappea lastensairaalaan. Tehtävää vaikeuttavat kapinallisjoukot ja arvokasta lastia havittelevat rikolliset. Toiminnan tiimellyksessä Mac vatvoo isäsuhdettaan.

Mac ja Jack rientävät apuun, kun vanhemman MacGyverin operaatio Meksikossa menee pieleen. Perillä paljastuu, että James on napannut kartellipomo Luis Gomezin saadakseen selville konnaksi kääntyneen vanhan toverinsa, Jonah Walshin, olinpaikan. Ensin on kuitenkin selvittävä vihamieliseltä maaperältä takaisin kotimaan kamaralle keskellä Kuolleiden päivän juhlamenoja.

Murdoc sieppaa MacGyverin tyttöystävän pakottaakseen Macin auttamaan poikansa pelastamisessa kidnappaajien kynsistä. Jackin ja Bozerin etsiessä Nashaa Murdocin ja Macin tie vie Kolumbiaan, missä kuvioihin ilmestyy vaarallinen henkilö Murdocin menneisyydestä.

Matty lähettää MacGyverin ja kumppanit Ghanaan etsimään tietokonetta, joka sisältää arkaluonteista materiaalia. Kone on päätynyt kaatopaikalle, jota pyörittää vaikutusvaltainen ja häikäilemätön konna. Tarkoituksena on pelastaa salaperäinen tiedosto, "Sudenkorento", koneen kiintolevyltä. Enempää ei kerrota, mikä saa tiimin pohtimaan, miksi asia on niin tärkeä Mattylle.

Pahamaineisen Kummituksen tiedetään suunnittelevan uutta pommi-iskua. Se on estettävä ja mies saatava kiinni. Avukseen Phoenix-tiimi saa brittiläisen tiedustelu-upseerin, jolla on tietoja Kummituksen olinpaikasta. Mac pääsee vihdoin vanhan vihollisensa jäljille, mutta mitä pirullisella pommimiehellä onkaan mielessä?

Valtion laboratoriosta häviää tappavan vaarallinen virus. Mac ja kumppanit seuraavat jälkiä Romaniaan yrittäessään estää pandemian. Billy ja Riley lähtevät tien päälle. Matkalla riittää mutkia, ja lopussa odottaa yllätys.

Matty kertoo Phoenix-tiimille totuuden aviomiehestään Ethanista, joka soluttautui rikollisjärjestöön kahdeksan vuotta sitten ja uhkaa nyt paljastua CIA-agentiksi. Koko porukka suuntaa Kaakkois-Aasiaan pelastamaan Ethania, mutta perillä Matty saa tietää miehensä uudesta elämästä.

Macin ja Jackin miniloma Las Vegasissa tyssää alkuunsa, kun kostonhimoinen hahmo menneisyydestä iskee. Kaksikko herää kahleissa karusta betonihuoneesta, jonka ainoa uloskäynti avautuu karmaisevalla ehdolla: yksi elää, yksi kuolee. Sillä välin Matty lähettää Rileyn, Bozerin ja Leannan Milanoon varastamaan terroristitietoja sisältävän timantin prinsessalta.

Phoenix-tiimi yhdistää voimansa Charlotte Colen, perheenäidin ja mestarivarkaan, kanssa. Tarkoituksena on napata "Välittäjänä" tunnettu konna, joka palkkaa Charlotten varastamaan likaisen pommin venäläisyrityksen huipputurvallisesta laboratoriosta.

MacGyver vie Rileyn ja Bozerin erämaahan opettaakseen näille selviytymistaitoja. Harjoitus muuttuu totiseksi, kun Mac joutuu kadonneita rahoja etsivien roistojen vangiksi. Rileyn ja Bozerin on etsittävä ja pelastettava oppaansa oppimiensa taitojen ja neuvokkuutensa avulla. Toisaalla Matty ja Jack ryhtyvät toimeen, kun vihamiehet uhkaavat Ethania perheineen.

Rikollispomo Alonzo Olvera tarjoutuu antautumaan ja kertomaan tietonsa viranomaisille sillä ehdolla, että hän saa saattaa tyttärensä alttarille. Matty suostuu järjestelyyn, mutta lähettää Macin ja kumppanit häihin varmistamaan, ettei Olvera yritä karata. Tehtävä menee uusiksi kuokkavieraiden myötä.

Uusi tulokas Desi saa tulikasteen, kun Phoenix-tiimi saa tehtäväkseen suojella ATF-viraston asekoiraa, jonka päästä on luvattu palkkio. Hyökkäyksen yhteydessä Cody-koira karkaa, ja karvainen agentti on löydettävä ennen kuin joku korjaa palkkion.

MacGyver ja Desi rientävät Azerbaidzaniin, kun Macin kehittämää kokeellista valotutkaa testannut lentokone syöksyy maahan. Perillä paljastuu, että lentäjä onkin hengissä - ja että lentokonetta sabotoitiin. Nyt kolmikon on löydettävä syyllinen ja samalla vältyttävä jäämästä itse kiinni. Kotipuolessa Riley yrittää selvittää, kuka hakkeroi hänet ja Elwoodin ongelmiin.

Mac, Riley ja Desi matkustavat Grönlantiin selvittämään mysteeriä kansainvälisessä siemenholvissa. Kolmikko pääsee Pohjois-Korean varastoista kadonneen siemenpaketin jäljille. Kyseisistä siemenistä voidaan valmistaa tappavaa myrkkyä, ja nyt mahdollinen terroriteko on estettävä ennen kansainvälistä selkkausta. Sillä välin Bozer ja Leanna yrittävät selvittää, mitä Macin isä oikein salailee.

Kuolleeksi luullun Nicholas Helmanin epäillään olevan tuoreiden murhien takana. Mestaritappajan nappaamiseksi Phoenixin on turvauduttava Helmanin parhaiten tuntevan henkilön ja entisen suojatin, Murdocin, apuun.

Bozer pääsee uuden firman auton rattiin, mutta huomaa kauhukseen istuvansa pommin päällä - ja nyt jalka on pidettävä jarrulla, tai räjähtää. Pommia yritetään purkaa Rileyn johdolla, Mac kun seikkailee Desin kanssa kaukana Bosniassa, missä he sotkeutuvat rajakahakkaan.

Nuori amerikkalaispari katoaa Kolumbiassa osallistuttuaan vaaralliseen haasteeseen. Ulkoministeriön kieltäydyttyä auttamasta pelastustehtävä lankeaa Phoenixille, ja Macin johdolla reppureissaajiksi tekeytyneet agentit lähtevät etsimään kadonneita.

Ethan Reigns tarvitsee apua, kun tuttu rikollisjärjestö kidnappaa hänen perheensä. Mattyn on päätettävä, ryhtyäkö maanpetokseen ex-puolisonsa auttamiseksi. Sillä välin Riley suuntaa Billyn ja Mama Coltonin kanssa Pariisiin kahden karkurin perässä. Rakkauden kaupungissa tarjolla on kuitenkin sydänsuruja.

Mac joutuu mahdottoman valinnan eteen, kun katalan vihollisen pirullinen juoni paljastuu: pelastaako ystävän henki vaiko satoja viattomia? Käy ilmi, että kaiken takana on kostonhimoinen hahmo isä ja poika MacGyverin menneisyydestä.

Ex-MI6 agent Russ Taylor recruits former Phoenix Foundation members Mac, Riley, Bozer, Matty and Desi to hunt down a bioweapon that’s planned to be used by a mysterious organization for a devastating attack on a major U.S. city.

Department of Defense General John Acosta recruits MacGyver to steal a highly classified project from a military lab in order to find flaws in its security. But when it’s discovered that the general is planning an attack using the weapon, Phoenix must stop Acosta before the weapon is uploaded.

MacGyver and the team board a plane that’s mid-flight when the pilot has a heart attack, and discover the medical emergency was intentional.

As MacGyver works quickly to rescue survivors from a collapsed building in Germany, he discovers a new safety threat – a 1,000-pound undetonated bomb from World War II hidden beneath the rubble.

In an attempt to find the main players in the Codex and cut off their match-fixing funding, Desi goes undercover to infiltrate a soccer team and find the corrupt player working with the shadow organization.

When Russ’ first love, Emilia, is kidnapped by the same rebels he fought during his private military contract days, he takes the Phoenix team to a small, impoverished town to rescue her and rid the town of the rebels for good.

A double date descends into chaos when Mac and Desi witness a murder in the back of the restaurant, and as they work to find the killer, Riley tries to keep the secret about her and her friends’ “day jobs” from her new boyfriend, Aubrey.

After Oversight is almost killed in a bombing, he recruits Mac to help him find the suspected bomber, Mason. However, when Mason reveals he didn’t plant the bomb, the three team up to track down Codex, the shadow organization that set them up. Also, Mac meets his aunt Gwendolyn.

While Mac’s friends surround him during his time of grief, Los Angeles’ power grid is taken hostage in a ransomware attack resulting in a citywide blackout, and the team discovers the code used was written by Riley years ago

When Mac is put into a dream state to help him recall key evidence found in Nikola Tesla’s secret lab that could stop Codex’s deadly plot, he encounters Nikola Tesla, Alexander Graham Bell, Thomas Edison…and his mother.

Mac is placed inside a fake prison cell with a top Codex operative, The Merchant, in order to gain his trust and get intel on their next move.

The Phoenix team is forever altered when MacGyver’s Aunt Gwen gets into his head about family and connection and convinces Mac and Riley to join Codex. Also, Matty and Russ take their concerns about Codex to the White House.

With Mac and Riley undercover with Codex, hoping to stop the organization from within, their mission is interrupted when Russ, Desi and the Phoenix team move to prevent Codex from detonating a weapon of mass destruction, with Mac and Riley caught in the crosshairs. Also, the team discovers Russ’ real reason for purchasing the Phoenix Foundation.