El ex agente del MI6 Russ Taylor recluta a los ex miembros de la Fundación Phoenix Mac, Riley, Bozer, Matty y Desi para cazar una arma biológica que está planeada para ser utilizada por una misteriosa organización para un ataque devastador en una importante ciudad de Estados Unidos.

MacGyver debe robar un proyecto de un laboratorio militar para encontrar brechas en su seguridad.

MacGyver y el equipo están en un avión cuando el piloto sufre un infarto en pleno vuelo.

Mientras MacGyver trabaja rápidamente para rescatar a los supervivientes de un edificio derrumbado en Alemania. Más tarde, descubre una nueva amenaza a la seguridad: una bomba sin detonar de la Segunda Guerra Mundial escondida debajo de los escombros.

En un intento por encontrar a los principales jugadores en el Codex y cortar su financiación para el arreglo de partidos, Desi se infiltra en un equipo de fútbol y encuentra al jugador corrupto que trabaja con la organización en la sombra.

Cuando el antiguo amor de Russ, Emilia, es secuestrado por los mismos rebeldes con los que luchó durante años, lleva al equipo a un pueblo pequeño y empobrecido de Phoenix para rescatarla y librar al pueblo de los rebeldes para siempre.

Una cita doble se convierte en caos cuando Mac y Desi son testigos de un asesinato en la parte trasera de un restaurante, y mientras trabajan para encontrar al asesino, Riley intenta ocultarle el secreto sobre sus "trabajos diarios" a su novio, Aubrey.

Después de que Oversight casi muera en un bombardeo, recluta a Mac para que lo ayude a encontrar al presunto atacante. Mac conoce a su tía Gwendolyn.

La red eléctrica de Los Ángeles es saboteada en un ataque de 'ransomware' que resulta en un apagón en toda la ciudad. El equipo descubre que el código 'ransomware' utilizado fue escrito por Riley hace años.

Mac entra en una ensoñación para poder detener la trama mortal del Codex. En ella, se encuentra con Nikola Tesla, Alexander Graham Bell, Thomas Edison ... y su madre.

Mac idea un plan relacionado con un agente superior del Codex, The Merchant, para ganarse su confianza y obtener información sobre su próximo movimiento.

El equipo de Phoenix cambia para siempre cuando la tía Gwen de MacGyver convence a Mac y Riley para unirse al Codex. Además, Matty y Russ llevan sus preocupaciones sobre el Codex a la Casa Blanca.

Mac y Riley continúan su infiltración en Codex. Russ y Desi sospechan de Mac.

Matty divide al equipo para una misión, y asocia a los compañeros de equipo con los que tuvieron más problemas durante el asunto del Codex.

Cuando el antiguo protegido de Taylor es asesinado mientras evita que un arma biológica caiga en las manos equivocadas, Mac y el equipo deben encontrar el arma para que Desi pueda llevar a cabo el atraco definitivo antes de que se venda a una célula terrorista.

Cuando Russ es secuestrado, Mac y el equipo deben sacar de la prisión a un psicópata previamente asesino, ahora pacifista, para ayudar a encontrarlo. Además, mientras huyen, Mac y Desi se ven obligados a afrontar los problemas de su relación.

La reunión de Mac con los padres de Desi fracasa cuando su hermano se encuentra en problemas y necesita desesperadamente su ayuda. Russ y Matty deben pedir ayuda a un antiguo némesis cuando su nuevo candidato a reclutamiento es secuestrado.

Usando una postal críptica como única pista, Mac y el equipo deben resolver el caso final de un amigo caído y hacerle justicia.

Durante la primera orden de quedarse en casa de COVID-19, mientras Mac, Bozer y Riley se ponen juntos en cuarentena, intentan detener un crimen en curso en la casa de su vecino.

El tratamiento experimental secreto contra el cáncer que Mac está desarrollando con un amigo se descubre cuando los culpables saquean su laboratorio, secuestran al compañero de Mac y planean utilizar la investigación para crear un nuevo y poderoso agente nervioso.

Mac y el equipo se apresuran a ayudar cuando el antiguo mentor de Matty, Ian Cain, y el personal de su embajada sufren una enfermedad misteriosa y mortal. Además, Taylor y Bozer trabajan con Jerry Ortega.

Cuando Mac y el equipo no pueden evitar que la información del Departamento de Defensa caiga en manos del Codex, Mac debe escalar un acantilado vertical usando solo equipo que él mismo pueda improvisar para evitar la transmisión de la información.

Murdoc se une a Andrews para piratear las comunicaciones del equipo y revelar sus secretos mejor guardados entre ellos.

Mac y Riley viajan juntos al extranjero para evitar un colapso gubernamental e inadvertidamente inhalan nueva tecnología microscópica mortal.

Mac, Desi y Riley rompen una boda real para proteger a la novia e intentan desarrollar sus propias hazañas románticas.

Mientras Mac y el equipo se adentran en el mundo de la cultura automovilística italiana para localizar a un jefe criminal que se esconde, Mac debe apoyarse en Desi cuando descubre que está perdiendo la capacidad de controlar sus manos. Además, Mac y Desi se mudan juntos y Riley le revela la verdad sobre su equipo secreto de piratas informáticos a Russ.

Mac y Desi viajan con Bozer a la casa de su infancia cuando su tía muere en un trágico accidente, sin embargo, pronto descubren que puede haber sido asesinada por exponerse al agua contaminada de la ciudad. Además, Riley, Matty y Russ continúan siguiendo pistas en su investigación de nano-rastreadores.

Cuando Mac y Riley desaparecen y se despiertan 24 horas después en un campo de maíz sin recordar cómo llegaron allí, deben desentrañar el misterio para encontrar quién se los llevó y cómo deshacerse de los nano-rastreadores en sus cuerpos, cueste lo que cueste.