Gideon et Murphy sont appelés sur un vol perpétré dans une pharmacie. Ils poursuivent le malfrat, qui roule à tombeau ouvert et blesse une jeune personne au passage. Murphy tente d'expliquer à Gideon la part importante de psychologie du travail de policier, impossible à reproduire avec ses gadgets électroniques, et l'emmène chez elle. En discutant avec le fils de l'agent, Gideon a une nouvelle idée. Pendant ce temps, Murphy apprend que quelqu'un aimerait mettre la main sur les plans du brillant ingénieur...

Le 13e District répond à un appel provenant d'un ami de Murphy, Linc, un policier à la retraite devenu agent de sécurité. L'homme a juste eu le temps d'utiliser l'application APB, avant d'être assassiné par cinq voleurs de bijoux armés. Lorsque Reeves et son équipe arrêtent un suspect, celui-ci refuse de parler. Gideon crée alors une chaise spéciale pour la salle d'interrogatoire capable, grâce à ses capteurs biométriques, de détecter le niveau de stress du suspect. L'homme commence à parler. Le vol dans la bijouterie n'était en fait qu'une première étape avant l'attaque d'un camion blindé rempli d'argent. Une deuxième opération qui a échoué grâce à l'explosion de la bombe que portaient les voleurs...

Brandt se rend incognito chez un marchand d'armes illégales. L'homme est soupçonné de fournir des balles antiblindage à des dealers de drogue. Brandt se demande comment il va procéder pour le prendre sur le fait. Gideon imagine alors un matériau incorporé à un câblage extrêmement fin pour fabriquer une veste qui soit en même temps une sorte d'émetteur. Pendant ce temps, un groupe de travail mené par l'ex-mari de Murphy, Scott, menace l'avenir de Gideon...

Gordon apprend à Gideon que grâce à l'ex de Murphy, le maire en sait assez pour le mettre derrière les barreaux. Il va falloir tout faire pour le contrer. Pendant ce temps, un homme tire sur un guichet automatique. Il est arrêté mais demande à parler à Gideon. Il le supplie de retrouver les hommes qui ont rendu sa fille invalide. Celle-ci aurait consommé une drogue qui a eu des effets dévastateurs sur son organisme. Gideon se lance à la recherche des dealers. Il ne tarde par à repérer le meneur et espère l'arrêter au plus vite. Mais, en raison d'un souci de procédure judiciaire non respectée, il doit le laisser partir...

Le père de Gideon, qui se trouve en grande difficulté, sollicite l'aide de son fils. Pendant ce temps, Brandt et Goss tentent de démasquer le cerveau qui se cache derrière le plus grand vol de voitures...

Theresa Murphy et Ada Hamilton sont chargées d'élucider une affaire de meurtre. Alors qu'elles mènent leurs investigation, elles découvrent l'identité de la prochaine cible de l'assassin. Il s'agirait de Gideon en personne. Tout le monde prend conscience que des risques énormes pèsent sur la sécurité du responsable de l'entreprise. Toute l'équipe se mobilise et met tout en oeuvre pour protéger Gideon. La mise en place d'un système de scanner ultra-perfectionné devrait pouvoir leur permettre de mettre la main sur le malfaiteur. De leur côté, Brandt et Goss traquent un étudiant suicidaire...

Murphy et Gideon ont enfin découvert les causes des incendies qui ont frappé plusieurs bâtiments, écartant ainsi toute hypothèse de vengeance d'un gang. Goss se méfie du vieil ami de Brandt. L'homme est en effet accusé d'avoir violenté un client dans le bar où il travaille en tant que videur. Goss veut connaître la vérité et met Gideon dans une situation délicate. Une décision importante doit être prise rapidement...

Un agent du FBI apprend que la vie de son informateur est peut-être en danger. Il n'hésite pas à solliciter très rapidement l'aide de Murphy. Gideon ne tarde pas à prêter main forte à Murphy sur cette enquête. Mais Gideon prend une décision cruciale qui pourrait mettre en péril toute son entreprise. Pendant ce temps, Ada est une nouvelle fois hantée par son passé. Elle va devoir faire face à la situation...

Le capitaine Conrad est à la poursuite d'un violeur en série en cavale. Il ordonne à Gideon et Murphy d'appréhender le criminel avant qu'il ne fasse d'autres victimes. Cependant, la nouvelle technologie de Gideon échoue pour résoudre cette affaire. L'équipe est alors forcée de se tourner vers un allié inattendu. En attendant, Ada lutte contre une partie menaçante de son passé...

Lorsque la vie de Gideon est menacée, le capitaine Conrad lui conseille de quitter le Quartier 13, de rentrer chez lui et de ne plus se montrer. Mais les hommes qui poursuivent Gideon retrouvent sa trace. Il décide alors de se cacher avec Murphy à l'intérieur de son laboratoire secret. Mais ils finissent par se retrouver pris au piège tous les deux. Alors qu'ils cherchent un moyen de s'échapper, Murphy découvre la véritable raison qui a lancé tous ces hommes aux trousses de Gideon...

Gideon est accusé à tort d'avoir mené des attaques terroristes. Il n'a que peu de temps pour retrouver le véritable coupable. Mais ses recherches sont perturbées par les compétences technologiques de Danny, qui persiste à désorganiser la ville. Murphy, Ada et le reste de l'équipe se monopolisent pour trouver un moyen de l'arrêter...