正義感の強い青年、赤塚正義（通称：セーギ）はある日、不良に絡まれていた男性を助ける。しかし、助けたお礼として渡された謎の石に触れた瞬間、掌にタトゥーの様な紋様が刻まれてしまう。翌日、一向に消えないその紋様に困惑するセーギの前に、謎の美少女が現れ、「その呪紋、どこで手に入れたの？」の言葉とともに、突如襲いかかってくる…。

セオドアとの戦いの中で気絶したセーギが自分の部屋で目を覚ますと、そこにはイジーとトムの姿があった。米国の下、各地に散らばった呪紋を回収することが任務であるという彼らは、セーギに定着した呪紋の力を説明し、仲間になるよう詰め寄るが、セーギは事態が飲み込めず困惑する。一方でその頃、不穏な二つの影も動き始め…。

イジーとトムの隠れ家を訪れていたセーギを襲ったのは、幼なじみのトーコの身体を乗っ取った、イルと呼ばれる王国からの刺客だった。

一方、学校ではもう一人の刺客ラーカーが、イジーを急襲。アリヤバータ王女がクーデターを起こし政権を乗っ取ったセリニスタン王国は、セーギの持つ「無鍵の呪紋」奪取を狙い、一気に動き出す…。

先日の襲撃で己の無力を感じたセーギは、改めてイジー達ブルームーンのもとで呪紋の力を使いこなすための修行を開始する。一方、ここ最近動きを見せていなかった、イルやラーカー達、「ブラフマン」と呼ばれるアリヤの私設部隊が、今度はイジーの親友リサが統括するチーム白薔薇（ホワイトローズ）急襲のため、密かに動き出す…。

イルとラーカーに攫われた親友リサを救出するため、イジーは米軍と作戦行動を開始する。

保護という名目でブルームーンのアジトに幽閉されていたセーギであったが、仲間の危機に黙っていられず、アジトを抜け出して現場へ急行する。リサ救出をかけた、イジーVSラーカー、セーギVSイルの第二ラウンドの幕が上がる。

セーギの前に突然現れた謎の人物BBは、セーギを、王国の日本における呪紋研究拠点の施設へ連れて行く。この施設を潰し、罪も無い人を解放するのが目的だと。セーギは、圧倒的とも言えるBBの力に、本物の「正義のヒーロー」像を見るのであった。一方、日本へ降り立ったアリヤは、呪紋の遺跡を訪れ、計画を次の段階へと進めていく…。

アリヤの居場所である、日本にある遺跡の場所が判明し、日本に駐留する米国の呪紋部隊全戦力を投入する遺跡奪還作戦が決行される。セーギに加えトーコもこの作戦に同行することに。遺跡のある島へ到着し、攻撃を開始する米国呪紋部隊。オリジナルシールドの数、部隊全体の数的優位から、米国有利に進むと思われたが、その前に、ブラフマン副隊長カル・シェーカルが立ちはだかる…。

ブラフマンの圧倒的な戦力によって窮地に立たされた米軍は、ついに総員撤退命令を下すことに。しかし、トーコはセーギがまだ戦場に残されていることへの不安を隠せずにいた。一方で、突如戦場に現れたBBはカルに挑むが、“絶対境界”を前に苦戦を強いられ、最後の手段に出る。目の前で起こる決死の戦いに、セーギは…

セーギは辿る…BBの記憶を。そこには、米国の呪紋研究の資料を手土産に軍を抜け出し、セリニスタン王国へ身を寄せた若き日のBBの姿があった。「地球上から全ての呪紋を無くしたい」というイジーの願いを叶えることが目的である彼は、呪紋研究の先進国である王国へと接触し、その方法を模索しようとしていた。だが、王国の呪紋研究の中枢へと潜入したBBは、そこで驚愕の事実を知ることになる…。

BBの意志を継いだセーギが、ワイズマンの提案によって身を潜めて1年が経過した。セーギと共に行動する事を選んだイジー、トム、そこに合流した玉城らと共に修行を続け、セーギはイジーをも圧倒するほどの成長を遂げる。そんなある日、セーギたちのアジトが突如謎の敵に急襲される。残されたビデオレターに映るのは、第三遺跡のある米国に入国したアリヤの姿だった。

グランドキャニオンにおける王国との戦闘は激化し、イジーと玉城は、セーギとトムを先行させるため、ブラフマンと死闘を繰り広げる。一方で、アリヤを止めるために第三遺跡を目指すセーギの前には、BBに敗れたことで強くなったカルが立ちはだかる。セーギは、最強の無能力者となったカルを打ち倒し、アリヤの真の目的を阻止することが出来るのか…。

イジーらが遺跡を進んで行くと、そこには、串刺しにされたセーギの姿があった。呪紋使用の反動で復元能力も弱まり瀕死状態となっていたのだ。イジーと玉城は、作戦の鍵であるセーギを連れて逃げるようトムに告げ、その時間を稼ぐためアリヤの前に命を賭けて立ちはだかる。自分を救うために戦うイジーらを感じたセーギは、「復讐」に囚われていた自分の過ちに気づき、皆を救いたいと願う...。