군인이었던 모노노베 유우는 드래곤의 힘을 지닌 소녀들이 모여있는 학교, 미드가르에 오게 된다. 그런데 입학 첫날부터 알몸의 소녀를 보게 되는데...

미드가르로 빠르게 접근하는 백색의 리바이어던 때문에 경보가 발령된다. 이때, 모노노베 유우는 니블의 상사로부터 용문이 변한 D를 사살하라고 명령받는데... 그러나 리바이어던에 간택받은 D는 최근에 친해진 이리스였다.

방어라인을 모두 돌파한 리바이어던은 곧바로 이리스를 향해 돌진해온다. 모노노베 유우는 이리스의 목숨을 노리는 드래곤과 사람들 사이에서 고군분투하고 있었는데...

갑자기 평소 머물던 서식지를 벋어나 움직이기 시작한 적색의 바실리스크. 그러나 드래곤에게 간택된 자는 미드가르의 인물이 아니었는데...

가공무장으로 드래곤을 만들어낸 티어는 리자에 의해 잠잠해진다. 한편, 모노노베 유우는 니블과 적대관계에 있는 D, 킬라 수르트 무스펠헤임이 티어를 노리고 있다고 듣게 되는데...

티어를 데려가기 위해 직접 미드가르에 찾아온 D, 킬리. 리자는 티어를 지키기 위해 필사적으로 도망치지만 주변에 불꽃을 내뿜는 킬리에게서 빠져나가기엔 역부족이었다.

티어가 자신의 제안을 거절하자 킬리는 헤카톤케일을 남기고 사라진다. 모노노베 유우는 예전에 드래곤을 섬멸했던 기억을 떠올리며 마르두크를 각성시키는데...

미츠키와 리자가 다투는 것을 보고 모노노베는 둘을 화해시키려한다. 그러나 이 둘을 오랫동안 봐왔던 동기, 피릴은 간단한 문제가 아니라며 모노노베에게 충고하는데...

지상 최강의 합금 미스릴을 이용한 폭탄으로 바실리스크를 소멸시키려는 니블. 모노노베 일행은 희망을 담아 그들의 작전을 지켜보는데...

바실리스크의 제3의 눈을 발견하게 된 니블 측은 소멸 계획을 D에게 양도한다.

그리고 모노노베 일행은 화산섬 뒤에 숨어 공격 시기를 가늠하는데...

기습공격은 실패하고 바실리스크의 빛이 온 섬을 뒤덮기 시작한다. 유우와 호노카의 능력 덕분에 간신히 목숨만을 구한 일행은 일단은 퇴각을 결심한다.

정체가 들어난 호노카 때문에 유우는 당황하지만 티어를 무사히 구출하는 데 성공한다. 그러나 유우 일행에겐 바실리스크를 없애기 위한 최종 작전이 남아있었는데...