25年前、何の前触れもなく世界を蹂躙する巨大生物が現れた。人々はその常識外の怪物をドラゴンと名付け、恐れた。やがて、人間の中にドラゴンと同様の力を持つ者が生まれはじめた。人はその存在を『D』と呼んだ。世界でただひとりの男の『D』――物部悠はミッドガルへ送られる。そこは『D』の少女たちが隔離されている島だった。『D』の少女イリスと出会い、妹の深月と再会した悠は、そこで少女たちと学園生活をおくることになる。｢物部悠です。ふつつか者ですが、よろしくお願いします｣。

ミッドガル内に警戒レベルCの緊急警報が鳴り響く。『白』のリヴァイアサンと呼ばれるドラゴンが島へ迫っていた。ドラゴンに見初められた『D』の少女は竜紋が変色し、やがてはドラゴンになってしまうという。ミッドガルの防衛機構を突破し、迫りくるドラゴン。悠は竜紋が浮かび上がった少女を前に決断を迫られる。ドラゴン化する前に少女を始末するか。それとも迫りくるドラゴンと対決するのか。｢俺がイリスを――殺してやる｣。

ミッドガルにいた『D』の少女たちが、『白』のリヴァイアサンと戦う。リヴァイアサンは斥力場――アンチグラビティを発生させて攻撃を一切受け付けない。そのころ、悠はミッドガルに潜入してきた特殊部隊と対決していた。島の混乱を止めた悠は、3年前にドラゴンを撃退したときの記憶を思いだす。迫りくるリヴァイアサン。彼の秘められた力がついに覚醒する。それは｢ファフニール｣と呼ばれた力だった。｢あのときよりも、強い力が必要だ！｣

学園に転校生がやってきた。ひとりは角を生やした赤毛の少女・ティア。もうひとりはメガネに三つ編みの穂乃花。ティアの竜紋はすでに変色しており、『赤』のバジリスクと呼ばれるドラゴンに見初められていた。自分はドラゴンだと言い張るティア。悠はティアのサポート役に任命される。無邪気に悠の身体へ抱きつくティアに、気が気ではないクラスメイトたち。ティアは学園のみならず、悠の部屋にまでついていくのだった。｢風呂は、ひとりで入ってくれないか？｣

ティアを取り戻すために、ドラゴン信奉者の団体が動きだした。ミッドガルに敵対する『D』――キーリが暗躍をはじめたという。悠はその状況を知り、緊張感に顔を曇らせる。そのころティアはクラスメイトたちともなじみはじめていた。だが、あくまで自分はドラゴンだと言い続ける。悠は必死の説得で、彼女の人間らしさを取り戻そうとする。｢俺はティアに、人間として生きることを選んでほしいんだ！｣

不死身のドラゴン・青のヘカトンケイルがミッドガルに突然出現した。深月は、兄の悠に撃退を依頼する。かつて悠は正体不明のドラゴン・ユグドラシルと取引し、青のヘカトンケイルを消滅させたことがあるのだ。深月の願いに応えるべく、再び戦うことを覚悟する悠。そのころ退避しているティアを、キーリが襲撃した。リーザは、ティアを守るためにキーリと対峙する。｢約束したよな……俺は消えないって……！｣

不死身のドラゴン・青のヘカトンケイルがミッドガルを蹂躙する。深月たちは力を合わせて、青のヘカトンケイルを海へ押し出していく。そのとき悠は、正体不明のドラゴン・緑のユグドラシルと対話し、青のヘカトンケイルを倒す力を取引しようとしていた。ユグドラシルが力の代償に求めたものは、悠の記憶。悠は大事な思い出を守るために、ひとつの決断を下す。｢これ以上大切な思い出を――想いを、俺は失いたくない！｣

かつてミッドガルをドラゴン・紫のクラーケンが襲撃したとき、深月はひとりの親友を失っていた。今でもその辛い思い出は忘れることができない――。いよいよ赤のバジリスクが海を渡りはじめ、ミッドガルに接近しつつあることがわかった。バジリスクの目的はティア。一同は無人島に移動し、バジリスクを誘導したのちに、島ごと爆破するという作戦を立てる。そのときに新たな転入生・立花穂乃花がやってきた。｢深月がミッドガルに来てからの3年間……そのことを教えてほしい｣

バジリスクが到達するまで、あと3日。無人島に移動した一同は、火山島で鋭気を養う。そのころ、ニブルでは対バジリスク用の大型兵器を開発。その新兵器で火山島ごしにバジリスクを迎撃することになった。バジリスクの能力とニブルの新兵器――はたして戦いの決着はどうなるのか？人類の命運をかけた作戦が開始された。ティアは心配そうにその作戦の行方を見つめる。｢応援されたらやる気が出る。やる気があれば普段以上の力が出せる。そういうもんだ｣

バジリスクを撃退するため、深月たちは出撃する。深月とアリエラ、フィリルと穂乃花、リーザとレン、そして悠とイリス。リヴァイアサンを倒したときに身に着けた力、アンチ・グラビティ(反重力)を悠はバジリスクに立ち向かう。しかし、バジリスクの動きは止まらない。バジリスクが近づいてくるたびに、ティアは苦しそうにもだえるのだった。｢前にも言ったろ？イリスはいつも、俺の想像を遥かに超えていくって｣

悠たちの作戦は失敗した。船に退避すると、一同は火山島から離れる。バジリスクは赤い閃光を放つと、火山島をも消し去ってしまった。船の中でバジリスクの攻撃パターンを映像で確認する悠。すると、悠はバジリスクの攻撃にひとつのパターンを見つけるのだった。悠はその攻撃を実現するために、かつての上官ロキに連絡を取るのだった。そのとき穂乃花がティアを捕え、その命を奪おうとする。｢お前を絶対にひとりにしない｣

赤のバジリスクのつがいに選ばれ、竜紋が反応するティア。このままでは彼女はドラゴンになってしまう。それを防ぐためにバジリスクを倒すか、ティアを殺すか――。悠はひとつの決断を下す。バジリスクを攻撃する作戦がはじまった。｢俺は……お前を人間だと思ってる」