25年前，蹂躪世界的巨大生物毫無徵兆地現身，人們將這些超越常識的怪物稱為“龍”並對其感到恐懼。終於，在人類中也誕生了與龍持有同樣力量的人們。人們將這一存在稱之為“D”。世界上唯一一名男性的“D”——物部悠被送往密得加爾。那裡是“D”少女們被隔離的島嶼。與“D”少女伊莉絲的邂逅、及與妹妹深月重逢的悠，在那裡開始與少女們一同度過學園生活。 “我是物部悠。在下不才，還請多多指教。”

密得加爾響起了警戒等級C的緊急警報。名為“白”之利維坦的龍正在向島逼近。初次見到龍的“D”之少女的龍紋會變色，最終將化身為龍。龍突破了密得加爾的防衛機構，並不斷逼近。悠不得不在浮現龍紋的少女面前作出決斷。是要將龍化的少女處理掉，還是要與逼近的龍對決。 “我要把伊莉絲——殺掉。”

密得加爾的“D”之少女們與“白”之利維坦展開戰鬥。利維坦所產生的斥力場——萬有斥力可以不受一切攻擊傷害。此時，悠與潛入密得加爾的特殊部隊展開對決。制止了島上混亂的悠，回想起了三年前擊退龍時的記憶。面對不斷逼近的利維坦，他所秘藏的力量終於覺醒。那是被稱為“法夫納”的力量。 “我需要比那個時候更加強大的力量！”

學園裡來了轉學生。其中一人是長著角的紅發少女·蒂亞。另一人是戴著眼鏡留著三股辮的穗乃花。蒂亞的龍紋已經開始變色，她是被名為“紅”之巴西利斯克的龍所盯上的目標。蒂亞主張自己就是龍。悠被任命去輔助蒂亞。同班同學們對於天真無邪地抱住悠身體的蒂亞完全無法安心。而蒂亞不只是在學園跟在悠的身邊，甚至還一直跟到悠的房間裡。 “你不能一個人洗澡嗎？”

有著不死之身的龍·藍之赫卡同克瑞斯突然出現在密得加爾。深月拜託哥哥悠將其擊退。悠在過去曾與正體不明的龍·尤克特拉希爾做過將藍之赫卡同克瑞斯消滅的交易。悠為了回應深月的願望，再次做了戰鬥的覺悟。此時躲避起來的蒂亞遭到了奇力的襲擊。麗莎為了守護蒂亞，與奇力展開對峙。 “已經約定過了……我不會消失……！”

不死之身的龍·藍之赫卡同克瑞斯蹂躪著密得加爾。深月等人合力將藍之赫卡同克瑞斯推進到海上。此時悠與正體不明的龍·綠之尤克特拉希爾對話，打算交易獲得能夠打倒藍之赫卡同克瑞斯的力量。尤克特拉希爾作為代價而索取的是悠的記憶。悠為了保護重要的回憶，而做出了一個決斷。 “比這更為重要的回憶——心意，我不想失去！”

過去，在密得加爾遭到龍·紫之克拉肯的襲擊時，深月失去了一位好友。直到現在，這辛酸的回憶還是無法忘記——。紅之巴西利斯克終於渡過海洋並接近密得加爾。巴西利斯克的目的是蒂亞。眾人定下了一同移動至無人島並誘導巴西利斯克後對島進行爆破的作戰計劃。此時，來了一位新的轉學生·立川穗乃花。 “深月來到密得加爾的這三年間的事情……希望能夠告訴我。”

距離巴西利斯克的到達還有三天。移動到無人島的一行人開始在火山島上蓄養銳氣。此時，尼福爾開發了對巴西利斯克用大型兵器。這一新兵器將會越過火山島迎擊巴西利斯克。巴西利斯克的能力以及尼福爾的新兵器——這一戰鬥究竟會如何收場？賭上人類命運的作戰計劃開始了。蒂亞滿心擔憂地註視著這一作戰將會去向何方。 “得到應援的話就能拿出乾勁。有了乾勁的話就能施展比平常更強的力量。就是這樣。”

深月等人為了擊退巴西利斯克而出擊。出擊的人是深月與艾列拉、菲莉爾與穗乃花、麗莎與蓮、以及悠與伊莉絲。悠利用在打倒利維坦時所得到的力量·反重力立於巴西利斯克面前。但，巴西利斯克的行動卻沒有停止。每當巴西利斯克接近之時，蒂亞就會痛苦地掙扎。 “之前就說過了吧？伊莉絲每次都會遠遠超乎我的想像。”

悠等人的作戰失敗，隨著船的退避一同離開了火山島。巴西利斯克放出紅色的閃光，將火山島消滅。悠在船上利用影像確認了巴西利斯克的攻擊模式，並看出了巴西利斯克攻擊的一種模式。為了讓攻擊實現，悠與過去的長官洛基取得聯絡。此時，穗乃花捕獲了蒂亞，打算取她的性命。 “絕不會讓你一個人”

蒂亞被選為紅之巴西利斯克的伴侶，龍紋起了反應。這樣下去的話她就要變成龍了。為了防止這種事態的發生，是要打倒巴西利斯克，還是要殺掉蒂亞——。悠做出了一個決斷。對巴西利斯克攻擊的作戰開始了。 “我……認為你是人類。”