Eric Carter revient d'une mission au Moyen-Orient, où il a participé à la traque de Bin-Khalid, un chef terroriste. De retour sur le sol américain, il découvre que son identité et celle des autres rangers du raid sont compromises. Il se tourne vers Rebecca Ingram, l'ancienne directrice de la CTU, qui a repris du service. Ensemble, ils travaillent - contre la montre - à démanteler un réseau terroriste qui programme une attaque dévastatrice aux États-Unis.

Eric est à la recherche de Ben Grimes, unique ranger survivant de son équipe, mais celui-ci exige du gouvernement une rançon pour restituer une clé USB. À la CTU, Rebecca et Andy essaient de savoir si Keith Mullins, le nouveau directeur de la cellule anti-terroriste, est impliqué dans les événements récents. Quant au sénateur John Donovan, il poursuit sa campagne mais va découvrir un fait troublant.

Carter parvient à s'enfuir du poste de police où il est retenu. Mais pour rencontrer Grimes et procéder à l'échange, il va devoir faire confiance au CTU. Rebecca poursuit son enquête et les soupçons de fuite d'information se portent de plus en plus sur Nilaa Mizrani, l'assistante de John. Dans la maison des Donovan, Henry, le père de John, apparaît comme un fin renard de la politique...

Grimes est à la CTU pour recevoir des soins et laisse entendre à Carter qu'une piste pourrait les conduire aux terroristes. Pendant ce temps, même si le sénateur Donovan doute de l'implication de son assistante, Rebecca séquestre Nilaa dans une cellule anti-terroriste pour un interrogatoire plus poussé...

Carter et Grimes tentent de conclure un marché avec le chef d'un réseau de contrebande pour trouver l'emplacement des terroristes. Pendant ce temps, Amira et Khasan- membres d'une cellule dormante - reçoivent une visite inattendue tandis que l'enquête sur les fuites d'informations progresse...

Après la mort de Ben, Eric demande à intégrer l'équipe de Locke pour suivre la piste de Jad Bin-Khalid. Les deux hommes se rendent à une planque supposée des terroristes. Chez les Dudayev, la préparation de l'attentat se fait sous tension. Quant à Nicole, elle semble en plein doute dans l'appartement d'Isaac...

Carter se tourne vers Andy pour obtenir de l'aide et récupérer des preuves qui pourraient se révéler cruciales. Mais l'entreprise est périlleuse et ressemble à une mission suicide... A la CTU, l'interrogatoire de Henry Donovan est une impasse. Rebecca pense qu'il faut passer à l'étape supérieure et interroger l'homme avec des méthodes non conventionnelles...

Eric et Andy sont emmenés dans le repaire de Bin-Khalid et Andy doit, contre son gré, récupérer des données sur la clé USB. Mullins et la CTU traquent les deux agents pour les empêcher de livrer ces données. Pendant ce temps, Rebecca continue l'interrogatoire sur Henry Donnovan.

Eric suit la trace de Naseri, l'homme qui est derrière les menaces terroristes. La piste le mène à une maison dans laquelle l'attend une situation fort délicate. Nicole rentre chez elle mais ne peut s'empêcher de se poser des questions sur sa vie avec Eric... Pendant ce temps, à la CTU, Rebecca tente d'interroger Bin-Khalid mais une menace extérieure oblige l'agence à rester confinée.

Rebecca apprend qu'elle est la véritable cible de toutes ces manigances. Mais sa vie personnelle et sa vie professionnelle sont bouleversées lorsqu'elle reçoit un appel qui la place devant un choix compliqué. Pendant ce temps, Nicole confronte Carter à son engagement envers leur relation et son avenir au sein de la CTU.

Andy suspecte un haut fonctionnaire du gouvernement d'être lié aux événemenst récents, ce qui conduit Carter et Donovan à faire équipe pour en savoir plus et suivre la piste de Rebecca, retenue par Naseri. Pendant ce temps, les processus pour superviser les opérations sont renforcés au sein de la CTU...

L'accord de Rebecca pour sauver Donovan ne se déroule pas comme prévu. Pendant ce temps, la CTU doit se reposer sur Carter pour aller sur le terrain et faciliter un échange important.