자살한 친구 해나 베이커의 죽음을 애도하던 클레이에게 7개의 카세트 테이프가 든 상자가 배달되고, 이 7개의 테이프에는 해나가 죽기 전 직접 녹음한 자살의 13가지 이유가 들어있다.

해나는 전학생인 제시카, 알렉스와 친해진다. 저스틴은 갑자기 학교에 나오지 않고, 해나의 엄마는 충격적인 사실을 알게 된다.

질투와 가십에 휘말린 해나는 친구를 잃고 상처받는다. 알렉스는 밀려드는 후회로 괴로워하고, 클레이는 친구들의 압박에 술을 마셨다가 곤경에 빠진다.

누군가 자신을 스토킹하자 불안에 떨던 해나는 덫을 놓아 반격한다. 해나의 엄마는 교장을 찾아가고, 클레이는 해나를 죽음으로 몰고 간 장본인을 찾아 복수를 한다.

클레이와 해나는 학교 댄스 파티에서 함께 춤을 추며 좋은 시간을 보내지만 끔찍한 루머로 인해 엉망이 되고 만다. 클레이는 코트니를 해나의 무덤에 데리고 간다.

로맨틱한 밸런타인데이를 꿈꾸던 해나의 기대는 산산조각이 나고, 알렉스는 반 친구 한 명과 싸움을 벌인 후 진실을 밝히기로 결심한다.

해나에게 접근했다가 거절당한 반 친구. 보복으로 해나의 간절한 도움의 손길을 무참히 짓밟고, 이에 해나는 외로움을 심하게 느끼며 절망에 빠진다.

시 낭독 모임에 간 해나는 반 친구를 만나고, 이로 인해 또 다른 끔찍한 루머가 생겨난다. 클레이는 토니에게서 해나가 죽던 날 밤 일어난 일을 듣게 된다.

여름방학을 맞아 열린 파티에서 해나는 충격적인 장면을 목격한다. 클레이는 저스틴과 심한 언쟁을 벌이고, 마커스는 클레이에게 의미심장한 경고를 한다.

친구의 차를 타고 집으로 돌아가던 해나에게 예기치 않은 사고가 나고, 클레이는 파티에서 있었던 충격적인 일에 대한 진실을 듣는다.

클레이와 해나는 점점 더 가까워진다. 해나가 겪은 충격적인 일이 담긴 테이프를 듣던 클레이는 감정을 주체하지 못하고 브라이스의 집으로 찾아간다.

부모님과 심하게 다툰 후 배회하던 해나의 발길은 파티가 벌어지던 반 친구의 집으로 향한다. 해나의 죽음과 관련된 급우 모두에게 소환장이 발부된다.

해나는 마지막으로 포터 선생에게 도움을 청하러 간다. 클레이는 토니에게 자신이 만든 새로운 테이프를 전하고 다음 작전을 준비한다.