ある雨の日、走る電車の中で暴れる男を一人のずぶ濡れの少年が斬り捨てる事件が起きた。世界評議会のアーサーのもと、『適合者』としての能力向上の為、下部組織『アカデミー』に所属するアカネとミドリは、少年がアカデミー入学を拒んでいるアオトだと知る。二人はアカデミーからアオトの面倒を見るよう命じられるが、アオトの過去にはある戦慄する噂があった。

いなくなった父親の背中を追い続けるアカネは、『親殺し』と呼ばれることを否定しないアオトがどうしても理解できなかった。ミドリと一緒にアオトの元を訪ねたアカネだったが、自らの思いを語ろうとしないアオトと会話がかみ合わない。不満を募らせたアカネは、帰り道で再びアオトと一緒になり、またぶつかってしまう。その時、二人の傍でパトロール用ドライバが突然暴走を始める。

ミドリには大事な友達がいた。厳しい戦闘訓練の最中にその友達の事を思い出していたミドリは、制止の指示を無視して激しい攻撃を続けてしまう。ミドリにとって友達との過去の記憶は、ディバインゲートを目指す大きな動機だった。その頃世界評議会では、聖王アーサーが『ディバインゲート』へ向かう決意を告げていた。

心を開かないアオトのことを心配するアカネとミドリは、アカデミーのサーバーを調べるがアオトの情報が機密事項になっていることを知る。二人は特別顧問のアクセス許可のパスを盗み、機密情報へのアクセスに成功する。アオトの検索結果に表れたのは｢蒼のクリスマス｣という過去に起こった虐殺事件だった。しかもその容疑者こそアオトだった。

世界評議会の管轄外のエリア『廃棄区画』に出向いたアカネたちは、アーサー直属の特務機関『円卓の騎士(ナイツ・オブ・ラウンド)』の指示で特別訓練に参加させられる。だがその訓練は奇抜なものばかりで、戸惑いながら従う一同。そしてアカネは訓練の合間に不思議な少女に出会う。その頃、アーサーは執務室で訓練の様子をじっと見つめていた。

アーサーは、ナイツ・オブ・ラウンドたちの前でディバインゲートへ向かう決意を語る。その熱き宣言に各々驚きを抱きながらも、アーサーへの確固たる忠誠を表明する円卓の騎士たち。アーサーは更にアオトたちにも遠征に同行するよう声をかける。そんなアーサーに、これまで世界評議会で行動を共にしてきたロキとオズは異なる思いを持ち、それぞれに行動を始める。

アーサー、ナイツ・オブ・ラウンド、アカネたちアカデミーの適合者たち一行が、ディバインゲート遠征に出発する。直前、アーサーは秘めていたディバインゲートに向かう真の目的を告げる。驚く一同を襲う、ロキの放った自立型ドライバ。さらにその先には、オズの呼び出した北欧神が立ちはだかる。ディバインゲートを巡る命を懸けた戦いが始まった。

評議会からアーサーの姿は消え、世界中に戒厳令が出された。不安な日々を送る人々。サンタクローズによってかろうじて救出されたアカネたちは身を隠しながら事の成り行きをうかがっていたが、やがてアカネ・アオト・ミドリとギンジ・ヒカリ・ユカリの意見が対立する。一方、ロキは聖歴の天才たちのもとを訪れていた。

ギンジたちと袂を分かち、再びディバインゲートを目指す覚悟を決めたアカネ・アオト・ミドリは、ロキの策略でシェイクスピアが作りだした『戯曲の舞台』にあげられてしまう。強制的にシェイクスピアの戯曲を演じさせられる三人は、次第に命の危険にさらされていく。更に舞台が進む中で、三人の前にそれぞれに一番会いたかった人たちが姿を現す。

シェイクスピアの舞台から解放されたアカネ・アオト・ミドリは、ディバインゲートへ続く塔に放りだされる。塔内をさまよう中でついにアカネは本物の父パブロフと、ミドリは親友のドロシーと再会する。一方、少年Kと対峙しているアオトの元にも近付く影があった。だがその時、北欧神が再び現れ、アカネたちに攻撃を仕掛けてくる。

運命に導かれるようについに再会したアオトとアリトンの双子の兄弟。それぞれに互いを想うがゆえに別れていった道が再び交差する。語られなかった気持ち、踏み出せなかった思い、意識と無意識がせめぎ合う中で困惑する現在。そして二人は刃を交える。そんな二人の姿を見ているアカネとミドリもまた、世界の絶望を感じていた。

絶望を知り、ついにディバインゲートにたどり着いたアカネ、アオト、ミドリ。少年Kはうながす。｢さあ、聖なる扉・ディバインゲートのその先へ｣。それは世界を変える選択。しかし三人の心の天秤は揺れ続ける。一方その頃サンタクローズは、堕ちたアーサーとロキの元にたどり着いていた。男たちもまた互いの思いをぶつけあう。そしていよいよ少年たちの決断の時が迫る。