惑星アル・シャハルの港でアルバイト中の少年ハヤテは、コンテナに潜んで密航してきた少女フレイアと出会う。彼女は、戦術音楽ユニット｢ワルキューレ｣のオーディションを受けるため、はるばる故郷の惑星を飛び出してきたというのだ。

ウィンダミアは発掘したプロトカルチャーの古代戦艦｢シグル=バレンス｣を蘇らせた。その力は絶大で、新統合軍の宇宙艦隊を瞬く間に沈黙させてしまうほど。惑星ラグナもそのターゲットとなり、ケイオスは各支部から総力を結集させる。

切り札の次元兵器を逆手に取られ、新統合軍第47特派艦隊は壊滅。人類の命運を賭けたウィンダミアとの決戦の行方は、Δ小隊とワルキューレたちに託された。オペレーション｢ラグナロク｣、命懸けのライブが今はじまる――