Nous sommes le soir. Dans une des chambres d'une grande demeure au Japon, une jeune femme, Emu Hiro, écrit une bien étrange lettre. Ce document énnonce le fait qu'elle va bientôt mourir. Quelques temps auparavant, Emu était sur une colline surplombant la ville de Hong Kong car elle est peintre. Soudainement, un homme arrive en courant avec un air effrayé. Il est rattrappé ensuite par un jeune homme qui va le tuer et tout cela sous les yeux d'Emu. Un fait bien étrange survient. Le tueur pleure. Elle se présente à lui. Ce dernier lui donne son nom... Yo !

Recruté contre son gré et forcé de tuer pour le compte des célèbres 108 Dragons (la mafia chinoise), Crying Freeman poursuit sa maudite carrière de tueur à gages. Il permet ainsi à son impitoyable cartel de tenir le haut du pavé. Mais son succès fait des envieux... Alors qu'il s'apprête à épouser Emu, une organisation rivale transforme la cérémonie en véritable bain de sang. Qui est à l'origine de ce massacre? Et qui est cette mystérieuse meurtière usant des méthodes les plus abjectes et des humiliations les plus sadiques. 

Dans ce jeu dangereux, Freeman est obligé de toujours garder un coup d'avance sur ses ennemis... car chaque erreur peut s'avérer fatale!