En otoño de 1937, el teniente coronel Yuuki funda el grupo de entrenamiento de espías “D-Agency”, en contra de los deseos del Ejército Imperial. El ejército envía al teniente Sakuma para que sirva de enlace con la D-Agency, y éste observa el brutal examen de los solicitantes. Disfrazado de policía militar, Sakuma dirige la D-Agency en su primera misión: registrar la casa de un presunto espía estadounidense, el niponófilo John Gordon.

Sakuma arrisga la vida con el registro de la casa, pero ha sido infructuoso. Pero cuando Gordon insinúa que ésta es la segunda vez que se registra su casa, Sakuma se da cuenta de que lo han engañado: es el comodín. Sakuma se la juega...

Después de una trifulca con soldados alemanes, un hombre se despierta con amnesia. ¿Su única posesión? Un pasaporte con el nombre "Shimano Ryūnosuke" y el puerto de entrada, Marsella, Francia. Al hablar con una de las personas que lo ayudaron, descubre que Francia ha sido ocupada por el ejército alemán.

El sargento Honma Eiji ha sido asignado a la policía militar de Shanghai. No mucho después de asumir su nuevo puesto, es convocado por el capitán Oikawa Masayuki. Oikawa le ordena a Honma que realice una investigación interna y descubra a un agente enemigo que se ha infiltrado en sus filas. Mientras explica la misión, escuchan una explosión...

Izawa Kazuo tiene una buena vida administrando una simple tienda de fotografía en Londres... hasta que de repente es arrestado como sospechoso de espionaje. Mientras Isawa es sometido a un duro interrogatorio, el teniente coronel Howard Marks, maestro espía del Servicio de Inteligencia Secreto Británico, aparece ante él.

Morozoff, uno de los confidentes de la Agencia D, solicita una reunión inmediata al tener información secreta importante que reportar. La reunión tendrá lugar en el Asia Super Express. El miembro de la Agencia D, Seto Reiji, arregla encontrarse con él, pero antes de la reunión, descubre que Morozoff ha sido asesinado.

El Tokimaru es un transatlántico de lujo que cubre la ruta de San Francisco a Japón. En el camino, se detiene en cada isla hawaiana. Mientras está sentado en cubierta, un hombre que se hace llamar Jeffrey Morgan se acerca a Utsumi Osamu. En ese mismo momento, se oyen gritos de terror de aquellos que miran al océano.

Se sospecha que un ex diplomático posee una copia de la "Gran Estrategia", documentos de alto secreto del Ejército Imperial. Gamou Jirou investiga al amigo diplomático en Japón, el cónsul británico.

Kunio Morishima es encontrado en flagrante delito al haber evadido el reclutamiento. Este delito se paga con tres años de cárcel y para evitarlo él acepta la misión que le asignan pasada la cual espera ser liberado de la misma.

Encontrar al máximo responsable de la Agencia D puede suponer todo un reto, y cuando Aaron Price cree estar sobre la pista del coronel Yuuki, la verdad le mostrará su más cruel cara.

Un nuevo caso de espionaje se desarrolla y esta vez alguien morirá. ¿Será el espía o alguien se hará pasar por él?

Karl Schneider, periodista del Berlin Allgemeine, es sospechoso de ser un agente doble alemán y soviético. La Agencia D busca pruebas de que es un espía, pero aparece muerto en su casa bajo extrañas circunstancias. Las primeras pruebas indican que es un suicidio, pero la muerte para un espía es una solución impensable.