1937년 가을. 유우키 중좌는 육군의 강한 반발을 뿌리치고서 스파이 양성학교, D기관을 세운다. 한편 참모본부의 밀명을 받아 D기관을 찾은 육군 중위 사쿠마는 초인적인 선발시험을 가뿐히 통과한 소위 ‘괴물’들을 보게 되는데...

고든의 집을 샅샅이 수색하는 사쿠마였으나 증거는 좀처럼 발견되지 않는다. ‘한 번도 아니고 두 번째는 용서 못 합니다’는 고든의 말을 듣는 순간, 그는 무토 대좌와 이 임무 사이에는 어떤 관계가 있는 게 아닐까 고민하게 되는데...

눈을 떠보니, 모든 기억이 없다. 정말 아무것도 기억할 수 없었다. 소지 중인 여권에는 ‘시마노 료스케’라는 이름만 적혀 있을 뿐이다. 옆에 있던 알랭으로부터 이곳이 프랑스이며, 현재 독일군이 점령 중이라는 사실을 알게 되는데...

오이카와 대위는 혼마 중사에게 상하이 파견 헌병대에 스파이가 있다며 이를 찾아내라는 명을 내린다. 그러나 이 건을 조사하던 전임자 미야타 하사는 며칠 전 살해됐기에, 혼마 중사는 목숨을 걸고 수사에 나서는데...

비가 내리는 음산한 밤, 옥스퍼드 가의 사진사 이자와 카즈오는 스파이 용의자로 체포된다. 아무것도 모른다던 그는 결국 모든 것을 자백하게 만드는 약물 주사를 투여받고 일본에 거짓 암호문을 송신하는데...

D기관 요원인 타자키는 기밀정보를 팔겠다는 안톤 모로조프의 연락을 받고는 황급히 남만주철도 ‘아시아호’에 몸을 싣는다.

아마리는 루이스 맥클라우드라는 영국 첩보기관에서 활약했던 자를 찾아내, 그를 결단코 일본에 들이지 말라는 명을 받는다. 그러나 케르베로스라 불리는 자 또한, 맥클라우드의 목숨을 노리고 있었는데...

영국 대사로 근무했던 전 외교관 시라하타가 군 최고 기밀인 통수강령을 훔쳐봤다는 혐의를 받는다. 사건의 진상을 파헤치기 위해 가모 지로는 시라하타와 오랜 지인 관계인 어니스트 그레이엄과 접촉을 시도하는데...

유우키 중좌가 설립한 D기관을 눈엣가시처럼 여기는 바람기관. 그들은 D기관의 약점을 찾기 위해 혈안이 되어 있었으며, 시라하타를 죽여서라도 통수강령을 손에 넣고자 한다.

D기관을 설립한 유우키 중좌의 정체를 밝히기 위해, 영국타임즈 특파원인 아론 프라이스가 움직인다. 그는 입수한 육군 학교의 명부를 뒤적이다가 수석의 성적에도 불구하고 품행 불량으로 퇴학당한 아리사키 아키라를 의심하는데...

독일 국방군 첩보기관의 스파이 색출 전문가 볼프 대좌는, 바우어 중위와 함께 베를린 교외에서 일어난 열차 사고를 조사하던 중 의심쩍은 점을 발견한다. 그는 병원에 안치된 마키라는 일본인의 시체를 보고서 한 남자를 떠올리는데...

D기관에서 혹독한 훈련을 받은 스파이라 할지라도, 감정을 가진 인간이기에 실수는 불가피하다. 독일과 소련의 이중 스파이 의혹으로 감시를 받던 카를 슈나이더가 돌연사하자, 유우키 중좌는 D기관에 소속된 전원에게 명을 내린다.