昭和12年秋，在陆军内部的强烈反对之中，根据结城中佐以间谍培养为目的的D机关在背后秘密地被设立。接受从参谋本部监视的密令，奔赴D机关的佐久间中尉看到的，是沉着冷静地通过超人的选拔试验的年轻人。某天，参谋本部的武藤大佐对D机关下令，去调查亲日的美国间谍约翰・戈登的嫌疑。佐久间与D机关人员们打扮成宪兵队，开始对戈登的宅邸进行搜查……

搜查戈登的宅邸的佐久间等人，怎么也找不到间谍行为的证据。在此之中，搜查是第二次，从戈登的口中说了出来，佐久间才明白了这个任务是被武藤暗算了。武藤把真正的宪兵队搜查失败的责任推卸给再次被命令的D机关搜查的事情上，如果事成的话也能让D机关解体。走投无路的佐久间，突然想起了结城中佐和三好等机管人员的话。然后，佐久间注意到了某件事！

被分配到上海派遣宪兵队的本间英司军曹，一就职就被及川政幸大尉传唤。从及川那里接到了，搜查宪兵队内部潜藏的敌方内奸的命令，在那个时候，爆炸声响起。本来在搜查被炸的及川的房子的本间，遇到了曾经在日本进行调查的记者盐冢朔（福本）。盐冢向本间传达名为草薙行仁的积极分子参与此次的恐怖行为的情报。

柏林通讯社的记者卡尔·施耐德有着苏联的双重间谍的嫌疑。寻找证据的间谍D机关，突然得知施耐德神秘死亡。接受结城中佐的指令的机关员们各自出去调查。