瀕死の重傷を負い、意識不明のまま眠る芥川。敦の誘拐に失敗したばかりか、作戦の途中で壊滅させた組織の残党が復讐に動き出した今、“先輩”芥川を守れるのは樋口だけだった。「私は、この仕事に向いていない――。」痛いほど思い知りながら、それでも彼女は己の信じる道を選ぶ。一方、武装探偵社では、敦が宮沢賢治の担当する事件現場へ同行していた。聞き込み調査を行う二人。敦は、持ち前の朗らかさで街の人たちと接する賢治に感心するが……。

ポートマフィアからリークを受け、郊外に避難していたナオミと春野の誘拐に乗り出す組合（ギルド）のジョン・Ｓとラヴクラフト。危ういところを、ありふれたモラルを越えた谷崎の愛が救う。一方、敦と太宰は、逃げてくる彼女たちを安全な場所まで護衛するため駅で待っていた。監視されていることに気付いた太宰は、敦から離れて樋口と黒蜥蜴をおびき出す。しかしそこで、最悪な展開を告げられるのだった。鴎外が、忌まわしき「Ｑ」を解き放った、と――。

敦を連れ去ろうとするフランシス・Ｆの前に、消息を絶っていた鏡花が立ちふさがる。生まれて初めての思いを胸に“戦う”ことを決めた鏡花は、敦の手を取り走る。だが、組合（ギルド）の参謀長官であるルイーザ・Ａの作戦に抜かりはなく……。ついに敦は空に浮かぶ異能要塞へと拉致されてしまう。そして、求めていた「人虎」を手中に収め、さらにＱを拘束したフランシス・Ｆは、ヨコハマの街を混乱に陥れる「緊急プラン」の発動を命じるのだった。