総人口の約8割が何らかの超常能力“個性”を持ち、その“個性”によって社会を守る“ヒーロー”という存在が確立された世界。緑谷出久はヒーローになることを夢見て、多くのヒーローを輩出する名門・雄英高校ヒーロー科入学を目指していた。しかし、彼は何の“個性”も持たない“無個性”。現実の厳しさ、不平等さを痛感する日々を過ごしていた。そんなある日、出久は強盗をして逃亡中だった敵（ヴィラン）に襲われてしまう。そこに現れたのは、人気・実力共にNo.1のヒーローだった！

ヘドロヴィランから出久を救ったのは“平和の象徴”とも称されるNo.1ヒーローのオールマイトだった。出久が「個性がなくてもヒーローになれますか？」と彼に問いかけたその瞬間、目の前に現れたのは、過去の戦いにおける重傷で痩せ細ってしまったオールマイトの真の姿！「ヒーローはいつだって命がけ」その過酷さと自身の夢を叶える厳しさを憧れの人から告げられ、出久は絶望する。そんな中、オールマイトが捕まえたはずのヘドロヴィランが逃走し、下校中の爆豪が取り込まれてしまう！

“個性”で人々や社会を守る職業「ヒーロー」を多く輩出する名門・雄英高校の敵＜ヴィラン＞連合襲撃事件から2日後。出久のヒーロー科1年A組の面々は、事件直後にも関わらず意気が上がっていた。日本中から注目されるビッグイベント「雄英高校体育祭」の開催が担任の相澤から告げられたのだ！活躍次第でプロのスカウトの目にも留まるこのイベントに向けて、麗日お茶子は目の色を変えて人一倍やる気満々。それにはひとつの理由があり、出久はお茶子から家族の話を聞かされる。

雄英のトップに君臨する三年生、通称・ビッグ３が来た！3人のあまりに個性的なキャラクターに戸惑うＡ組の生徒たち。すると、ビッグ3のひとり通形ミリオが「言葉より実戦」と出久たちとまとめて戦うことに！相澤をもってして「最もNo.1に近い男」と言わしめるほどの実力でＡ組を一網打尽にするミリオは、その力はインターンで培ったと出久たちに語る。出久はインターン先を相談したグラントリノからオールマイトの元相棒を紹介される。一方その頃、敵＜ヴィラン＞連合は指定敵＜ヴィラン＞団体の若頭・オーバーホールと接触。ヒーローＶＳ新たな敵＜ヴィラン＞の戦いが、迫る―！