雄英のトップに君臨する三年生、通称・ビッグ３が来た！3人のあまりに個性的なキャラクターに戸惑うＡ組の生徒たち。すると、ビッグ3のひとり通形ミリオが「言葉より実戦」と出久たちとまとめて戦うことに！相澤をもってして「最もNo.1に近い男」と言わしめるほどの実力でＡ組を一網打尽にするミリオは、その力はインターンで培ったと出久たちに語る。出久はインターン先を相談したグラントリノからオールマイトの元相棒を紹介される。一方その頃、敵＜ヴィラン＞連合は指定敵＜ヴィラン＞団体の若頭・オーバーホールと接触。ヒーローＶＳ新たな敵＜ヴィラン＞の戦いが、迫る―！

プロヒーローの仮免を取得し、次なるステージに向けて今日も授業に励む雄英高校ヒーロー科1年A組。そんなデクたちが住む寮に、取材で特田種男という新聞記者がやってきた。1-A生徒の寮生活を取材する、というのは表向きな理由で、実は特田は、オールマイトがオール・フォー・ワンを倒した直後の「次は、君だ」という言葉に着目し、彼の後継者が雄英高校にいるのでは？という疑念から特ダネを狙って来たのだった。生徒たちに次々とカメラを向ける特田は、オールマイトと話すデクの姿から、デクが後継者なのでは…と考え―！？

プロヒーローの事務所で活動する「ヒーローインターン」の受け入れ先を探すデクは、オールマイトに彼のかつての相棒（サイドキック）サー・ナイトアイへの紹介を頼む。ナイトアイと袂を分かっていたオールマイトは、ナイトアイの下でインターン活動をしている3年生の通形ミリオを介することを提案する。一方、勢力拡大を目論む死柄木弔率いる敵連合のアジトには、死穢八斎會のオーバーホールが現れていた。「計画がある」と死柄木たちに傘下に入るよう話すオーバーホールに対し、死柄木たちは敵意をむき出しにし激突する。

ミリオの紹介でサー・ナイトアイの事務所を訪れたデク。インターンとして働くために熱意を見せるものの、ナイトアイはデクを雇うメリットがない、と書類に印鑑を押そうとしない。ナイトアイは「自分から印鑑を3分以内に奪えばインターンとして雇う」という試験をデクに与えるが、ナイトアイの“個性”の前にデクの動きはすべて見切られてしまう。「オールマイトはワン・フォー・オールをミリオに譲るべきだった」と言い放つナイトアイ。デクは、自分を選んでくれたオールマイトに応えるべく、意を決してナイトアイに挑む！

ナイトアイの下でインターンとして働くことになったデクは、ミリオとのパトロール中に、怯える少女・壊理と出会う。そこに声をかけてきたのは、ナイトアイがマークしていたオーバーホール！デクとミリオはどう動くのか…？

デクと同じく、お茶子と梅雨ちゃんは雄英ビッグ3の波動ねじれの紹介でリューキュウの事務所で、切島は天喰環の紹介でファットガムの事務所で、それぞれインターン活動を始めていた。そんな中、チンピラのいざこざに遭遇する切島たち。ファットガムと天喰が見事な動きでチンピラを捕獲するが、天喰が撃たれ、無事ではあるものの“個性”が使えなくなってしまう！切島は銃撃犯を追うが、銃撃犯は“個性”をブーストさせる薬物でパワーアップする。大ピンチに陥った切島は、街の人々を守るため、“個性”強化訓練で編み出した新必殺技を繰り出す！

大阪での事件から数日後。デク、切島、お茶子、梅雨ちゃんのインターン組、ビッグ3、相澤やグラントリノらプロヒーローはナイトアイに呼び出され、そこで会議が行われる。天喰が撃たれた銃弾には“個性”そのものを壊す薬物が仕込まれており、薬には人間の血や細胞が含まれていた。薬の出どころは死穢八斎會。若頭のオーバーホールが、対象の分解・修復が可能である自身の“個性”と壊理の体を使って薬を作り出していたのだ！壊理を保護できなかったことを悔やみ責任を痛感するデクとミリオ。彼らは今度こそ壊理を救い出すことを決意する！

壊理を救出するため、プロヒーローと警察が捜査を進める一方、デクたちインターン組は何もできず待つことしかできなかった。ギリギリの精神状態の中、飯田や轟からの友達としての言葉に涙をこらえるデク。そんな中、ナイトアイが死穢八斎會の人間と接触、ついに壊理が八斎會の本拠地にいることを突き止めた。デクたちやビッグ3を含むヒーローチームが結成され、壊理救出作戦が始まる！しかし、そんなヒーローたちの動きをオーバーホールは見抜いており、ヒーローたちに対する刺客として、鉄砲玉 八斎衆を差し向ける。

死穢八斎會の本拠地に突入したデクたちだったが、八斎衆の入中が“個性”によってコンクリート壁を変化させ、行く手を阻む。一刻を争うため、あらゆるものをすり抜ける“個性”でミリオが先行。デクたちは後を追うが、八斎衆から窃野・多部・宝生の3人が立ちはだかる。戦うのは、“サンイーター”のヒーロー名を持つ天喰。「再現」の“個性”で優位に立つが、窃野・多部・宝生の連携で一転して窮地に。天喰は親友・ミリオとの過去を思い出し、ミリオから掛けられた言葉を胸に戦う。「俺は、太陽すら喰らう者（サンイーター）だ」！

死穢八斎會本拠地内を走るデクたち。入中が壁を変化させて“個性”を消せる相澤を狙うが、ファットガムと切島が身代わりとなって、別の部屋に落ちていった。そこで待っていたのは戦闘狂の乱波とバリアの“個性”を持つ天蓋だった。迎え撃つ切島だが、乱波のすさまじいパワーで安無嶺過武瑠（アンブレイカブル）を破られてしまう。「俺はまた何もできねえのかよ…」今の自分と中学時代の出来事を重ねてしまう切島。果たして切島は再び立ち上がれるのか…！？そして、動けない切島を守るために乱波の打撃を受け続けるファットガムだが、彼の秘策とは…！？

デクやナイトアイ、相澤たちは、本拠地内の壁を変化させる入中の“個性”に苦戦し、なかなか前に進めない。そこに、なんと敵連合のトガヒミコとトゥワイスが現れ、ヒーローたちに襲い掛かってきた！連合と死穢八斎會が手を組んでいたことに驚きを隠せないデクたち。しかし、連合の仲間であるマグネを殺し、さらに高圧的な態度を取る八斎會を、トガたちは疎んでいた。そんな八斎會と手を組むことを決めたのは、死柄木。トガとトゥワイスは死柄木の真意を図りかねながらも、死柄木の言葉を受け、ある企みを実行に移す…。

壊理を連れたオーバーホールに追いついたミリオ！しかし、オーバーホールに連れ従う酒木と音本が立ちはだかりピンチに。それでも、自らの弱さを認めながら歩んできたミリオは酒木と音本を撃破し、ついに壊理をその腕に抱き寄せる。壊理を取り戻すため、すさまじい攻撃を繰り出すオーバーホールだが、それでもミリオはその実力でオーバーホールを追い詰めていく。そんなミリオを、“個性”を壊す薬物が仕込まれた銃を手に狙う音本。「透過」の“個性”を持つミリオに銃弾を撃ち込むには…？音本は狙いを別に定め…！

銃弾を撃ち込まれたミリオは、“個性”を失った。それでもミリオは、壊理を守るためにオーバーホールたちとたったひとりで戦う。そこに、間一髪のところで、デクやナイトアイたちが駆け付けた！形勢逆転かと思われたが、オーバーホールは壊理を渡すまいと、部下の音本を分解し自らと融合させて、4本の腕を持つ恐ろしい姿に変貌する。懸命に立ち向かうナイトアイだが、“個性”を発動しても対処しきれず、さらに絶望的な未来を「予知」してしまう。そして、「おまえのせいで人が死んでいく」そうオーバーホールに言われ、壊理がとった行動とは…？

「君を救ける!!」デクが壊理に叫んだその時、八斎會を裏切った敵連合の誘導により、巨大なドラゴンの姿となったリューキュウが天井をぶち抜き現れた。その穴から壊理を連れ逃げようとするオーバーホールだったが、ミリオやデクの思いを受けた壊理の“個性”が突如発動、音本と融合した姿から元の姿に戻され、壊理を手放してしまう。しっかりと壊理を抱きとめたデクは、誰にも心配させることのないくらい、必ず勝って必ず助けるヒーローになるという信念の下、再び巨大な姿へと変貌したオーバーホールを前に、壊理を背負い立ち向かう！

ワン・フォー・オールを100%で解放、それにより負う怪我を壊理の“個性”で巻き戻す。命の危険と隣り合わせな方法だが、「壊理を救ける」という一心でオーバーホールに立ち向かったデクは、戦いに勝利し壊理の救出に成功した。ナイトアイが見た未来を、デクは“捻じ曲げた”のだった。オーバーホールは逮捕、警察車両で移送されるが、その道中に死柄木たち敵連合が姿を現す―！そして、オーバーホールとの戦いで瀕死の重傷を負い、病院に緊急搬送されるナイトアイ。彼がミリオに見る未来とは…？