爱读书的高中生笕京太郎具有超强的第六感预知能力，作为图书部的成员过着随波逐流的人生。某天清晨他收到“牧羊人”的神秘短信，救助了一位本该遭遇车祸身亡的美少女。被救美少女白崎鸫和笕竟是同班同学，笕被误认为是色狼，遭到众人围攻，白崎向众人解释，帮笕解了围。白崎、樱庭、高峰加入笕所在图书部，这时大家同时收到了来自“牧羊人”的短信……

为了提高“学园万事通”的影响力，白崎提议大家一起捡垃圾。笕他们忙了半天，可捡垃圾这种活动还是没什么人气，只有收到牧羊人短信的金发美少女铃木佳奈前来帮忙。笕在捡垃圾时偶遇短发少女御园千莉，并帮她找到掉入缝隙的硬币。结束了一天辛苦的工作，大家在回家的路上发现一个奇怪的音叉……

佳奈也加入了图书部，她和笕找到被称为黑客的嬉野，希望嬉野帮助他们找到有关牧羊人信件的情报。在另一边，白崎等人找到御园，却发现她对学习并不上心，这让樱庭十分气愤。大家需要穿上Cosplay服装替嬉野分发餐厅的宣传单，白崎替笕制作服装并亲自给笕量尺寸，这让不明真相的凪产生了误会。

按照约定，图书部的各位穿上Cosplay服装帮嬉野派发传单，笕的女仆装扮意外获得好评。御园很感谢大家对她的照顾，她也成为了图书部的一员。佳奈提议大家一起去泡澡，美少女们的身材展露无遗。大家误解了凪和笕的关系，白崎对此十分介意。这天笕来到图书部，大家准备的生日惊喜让他十分感动。

图书部变得超有人气，各种各样的委托接踵而来，大家每天都忙得精疲力竭。樱庭一直都是一个人处理图书部的事务工作，经常忙到很晚，笕放心不下前去帮忙。凪作为牧羊人的候补者，监视着笕的一举一动，那些牧羊人的短信就是她发出的。意识到事情真相的笕找到凪，这时神秘男子突然出现，宣称笕通过测试，并邀请他去魔法的图书馆。

魔法的图书馆是漂浮在人类无意识领域内的空间，只有牧羊人才能进入。这里的书记录着活着人们的过去及未来，牧羊人的任务是对人们的未来进行支援。神秘男子是牧羊人的一员，凪则是牧羊人候补生，凪视笕为竞争对手，总是找笕的茬。神秘男子邀请笕加入牧羊人组织，凪并未立刻答应。在牧羊人的指示下，笕与凪一同执行任务。

图书部全员开始猜疑笕与凪的关系，白崎提出星期天约会大作战。约会当天笕呼呼大睡，白崎等人只好来到笕的家里，却意外撞到了来串门的凪。在一番斗嘴后，大家一起外出逛街购物，美少女们的暧昧接踵而来。就在众人开心之时，凪突然告知笕有任务，而这次的任务竟然与白崎有关……

佳奈迷上了舞台剧，她认真写出剧本想要获得成功，但是演出中意外连连，导致戏剧失败。佳奈十分沮丧，但是她仍旧打起精神参加图书部的活动。这天戏剧同好会的成员们来访，拜托图书部帮助他们取得汐美祭的参加资格，但是笕等人与学生会并未协商成功，而佳奈还沉浸在上次失败的打击中无法自拔。

御园正站在她人生的重要岔道之前，唱歌已经成为了她的精神负担，放弃还是坚持，她面临着艰难选择。笕找到躲在废弃咖啡屋唱歌的御园，御园小时候在一次歌唱比赛中失去了伙伴，因此开始讨厌唱歌。笕建议御园放弃唱歌，可凪对于笕的做法并不认同。与此同时，笕两次考试通过成为牧羊人。

笕阅读了凪的书，想起凪是自己的妹妹，凪则搬到笕家里一同居住。由于家庭原因，笕与凪小时候只当过三个月的兄妹，幼时的凪饱受欺凌，笕曾出手救过她。就在他们俩尴尬同居时，白崎突然来访。为了安慰重病的妹妹纱由莉，白崎希望笕假扮她的男朋友，笕欣然答应，但没想到事情却复杂起来……

学生副会长被牧羊人的短信唆使，故意刁难图书部，并夺走了活动室。气愤的图书部全员并没有放弃，大家全力准备无水祭。学生会突然主办名人座谈会，而座谈会竟与无水祭同天，好多学生因此退票。这时笕看到了白崎在无水祭身亡的未来，为了挽救白崎的生命，笕决定成为牧羊人。

在图书部全员的努力下，无水祭如期举行，学生们纷纷赶来参加，无水祭热闹非凡。在另一边，学生会举办的座谈会则十分冷清，这让副会长感到挫败。无水祭的表演还在继续，接下来登场的是图书部的话剧，笕发现了企图对舞台搞破坏的副会长，双方争执时白崎陷入危机，无水祭还能顺利进行么？