转校第一天，突然陷入危机的仓科明日香，得到了偶然路过的日向晶也与鸢泽美咲的帮助，并使用反重力而能让人飞翔的鞋子、通称“Grav-shoes”初次飞翔。能在空中飞翔而非常开心的明日香，却不能完全熟练地掌握飞翔技巧，于是拜托2人继续指导并得到接受。从那时起，被称为“Flying Circus”（FC）的天空竞技故事便开始了。

初次体验FC的明日香，在经理青柳窗果的劝诱下，决定加入久奈浜学院FC部。目睹了明日香在海上决斗时的场景，美咲决心回归FC，一年级的后辈有坂真白也申请入部。如此情景勾起了晶也的复杂思绪，并在美咲的劝说下继续担任明日香的教练。

由于FC部门顾问·各务葵的提案，而开始了与名门·高藤学园的共同合宿。在与市之濑莉佳们的辛苦练习中，久奈浜FC部众人的水平也稳步提高。合宿的最后一天，久奈浜VS高藤的练习比赛中对方正选出场。而美咲更是与高藤学园FC部部长、去年全国大会霸者的“绝对王者”·真藤一成做对手。

实力不济而追加训练的真白，不经意间意识到FC部里明日香和美咲水平都在提高，只有自己一个人落后而有了危机感。对练习感到焦虑的真白，晚上一个人飞到空中自主训练。这时，回家途中的莉佳发现了她。为了提高自己的水平，真白提出了私下比赛的申请。

终于开始了全日本Flying Circus选手权夏季大赛、九州西部地区预选，明日香、紫苑的气势也达到了最高潮。之后，久奈浜全体的首战的组合被发表了：真白对战佐藤院，紫苑对战海陵学园2年级的乾沙希，美咲对战莉佳，明日香对战的则是四岛水产的虎鱼有梨华。大家向着各自的目标开始了比赛。

大会第2日，首战就漂亮地取得第一次胜利的明日香，第2回合中也展开热战。另一方面，美咲与真藤也再次迎来对战。美咲预想着与真藤进行空中缠斗，但真藤出乎意料地避开她的所有攻击。在晶也的建议下，美咲总算拦下了真藤的飞行。

谁都没想到明日香VS真藤战的展开，而真藤面对明日香所拿出来的真正实力，也给予了美咲很大的冲击。终于决赛名单发表了，去年的霸者真藤对上今年首次出场的乾沙希，而比赛的结果更加出乎意料，真藤居然输了。

第2学期开始的同时，美咲却选择了退部。对此万分惊讶的明日香们想问出真相，美咲却千方百计地故意躲开她们。晶也觉得这种状况下的美咲，很像以前的自己。这时，久奈浜学院突然出现了来访者。

明日香与沙希的练习比赛输了，并因此感冒而休息。她却很有精神地哼起小时候赋予她勇气的歌曲来。既然不要紧而且开朗依旧，却不知她为何在空中变得不能很好的飞翔了。美咲非常在意那样的明日香，并在听了明日香的心声后，也说出了自己的心结。

以秋季大赛为目标，重新调整好心情的久奈浜FC部众人开始了特训。想要飞翔，更想要战斗。目视着天上女孩们FC训练的身姿，晶也感觉自己能够为她们做些什么。莉佳与佐藤院都加入进来帮助她们训练，明日香也偶然与沙希相遇。

以打倒乾沙希为目标进行特训后，终于开始了秋季大赛。比赛前真白与莉佳都志在胜利，开始后也火力全开。如此的有干劲，让明日香与美咲都深受感染。另一方面，伊莉娜和沙希冷漠地观看她们比赛，扬言要用“美丽又完美的FC”取得优胜。

虽然赢了比赛，但由于美咲的全力以赴，使沙希的内心动摇了。因不美丽的胜利而愤怒的伊莉娜，发誓下次一定要用自己的方式呈现出完美的FC。最终迎来了明日香与沙希的决战。比赛前，明日香向沙希传达了自己享受这场比赛的心情。怀着不同的心情，比赛正式开始。