轉校第一天，突然陷入危機的倉科明日香，得到了偶然路過的日向晶也與鳶澤美咲的幫助，並使用反重力而能讓人飛翔的鞋子、通稱“Grav-shoes”初次飛翔。能在空中飛翔而非常開心的明日香，卻不能完全熟練地掌握飛翔技巧，於是拜託2人繼續指導並得到接受。從那時起，被稱為“Flying Circus”（FC）的天空競技故事便開始了。

初次體驗FC的明日香，在經理青柳窗果的勸誘下，決定加入久奈浜學院FC部。目睹了明日香在海上決鬥時的場景，美咲決心迴歸FC，一年級的後輩有坂真白也申請入部。如此情景勾起了晶也的複雜思緒，並在美咲的勸説下繼續擔任明日香的教練。

由於FC部門顧問·各務葵的提案，而開始了與名門·高藤學園的共同合宿。在與市之瀨莉佳們的辛苦練習中，久奈浜FC部眾人的水平也穩步提高。合宿的最後一天，久奈浜VS高藤的練習比賽中對方正選出場。而美咲更是與高藤學園FC部部長、去年全國大會霸者的“絕對王者”·真藤一成做對手。

實力不濟而追加訓練的真白，不經意間意識到FC部裡明日香和美咲水平都在提高，只有自己一個人落後而有了危機感。對練習感到焦慮的真白，晚上一個人飛到空中自主訓練。這時，回家途中的莉佳發現了她。為了提高自己的水平，真白提出了私下比賽的申請。

終於開始了全日本Flying Circus選手權夏季大賽、九州西部地區預選，明日香、紫苑的氣勢也達到了最高潮。之後，久奈浜全體的首戰的組合被髮表了：真白對戰佐藤院，紫苑對戰海凌學園2年級的乾沙希，美咲對戰莉佳，明日香對戰的則是四島水產的虎魚有梨華。大家向着各自的目標開始了比賽。

大會第2日，首戰就漂亮地取得第一次勝利的明日香，第2回合中也展開熱戰。另一方面，美咲與真藤也再次迎來對戰。美咲預想着與真藤進行空中纏鬥，但真藤出乎意料地避開她的所有攻擊。在晶也的建議下，美咲總算攔下了真藤的飛行。

誰都沒想到明日香VS真藤戰的展開，而真藤面對明日香所拿出來的真正實力，也給予了美咲很大的衝擊。終於決賽名單發表了，去年的霸者真藤對上今年首次出場的乾沙希，而比賽的結果更加出乎意料，真藤居然輸了。

明日香與沙希的練習比賽輸了，並因此感冒而休息。她卻很有精神地哼起小時候賦予她勇氣的歌曲來。既然不要緊而且開朗依舊，卻不知她為何在空中變得不能很好的飛翔了。美咲非常在意那樣的明日香，並在聽了明日香的心聲後，也説出了自己的心結。

以秋季大賽為目標，重新調整好心情的久奈浜FC部眾人開始了特訓。想要飛翔，更想要戰鬥。目視着天上女孩們FC訓練的身姿，晶也感覺自己能夠為她們做些什麼。莉佳與佐藤院都加入進來幫助她們訓練，明日香也偶然與沙希相遇。

以打倒乾沙希為目標進行特訓後，終於開始了秋季大賽。比賽前真白與莉佳都志在勝利，開始後也火力全開。如此的有幹勁，讓明日香與美咲都深受感染。另一方面，伊莉娜和沙希冷漠地觀看她們比賽，揚言要用“美麗又完美的FC”取得優勝。

雖然贏了比賽，但由於美咲的全力以赴，使沙希的內心動搖了。因不美麗的勝利而憤怒的伊莉娜，發誓下次一定要用自己的方式呈現出完美的FC。最終迎來了明日香與沙希的決戰。比賽前，明日香向沙希傳達了自己享受這場比賽的心情。懷着不同的心情，比賽正式開始。