救星王の誕生を天啓の力によって感じたジャンヌ・カグヤ・ダルクは、レオナルド・ダ・ヴィンチに促されるまま、東の星へと向かった。一方、東の星では若武者オダ・ノブナガが戦場の中にいた。隣国タケダになすすべもなく蹂躙されていく中で、ノブナガは戦の空しさと新時代の到来を実感する。そのとき、ノブナガたちの頭上に星船が飛来する。何かに突き動かされるように星船へ向かったノブナガは、ジャンヌと運命的な出会いを果たす。

大イクサヨロイ=ザ・フールこそ、新時代の力と感じたオダ・ノブナガ。盟友アケチ・ミツヒデはその力に懸念を示すが、脅威すら御して見せるとノブナガは笑い飛ばした。だが城へと帰還したノブナガは、父オダ・ノブヒデに行動をとがめられてしまう。ノブナガの型にはまらない行動は、周囲の人々との溝を深めていった。そのころ西の星ではダ・ヴィンチ追跡のため、円卓の同志ガイウス・ユリウス・カエサルの派遣が決定していた。

オダ家に身を寄せることになったジャンヌ・カグヤ・ダルクは、異国の女性は目立ちすぎるという判断から、男装してランマルとなった。オダ・ノブナガの破天荒な行動に不信感を抱くランマルだが、弟オダ・ノブカツはだからこそ兄を支えてほしいと頼む。ノブカツは、兄が命の重みを背負っていく覚悟をもっていることをよく理解していたのだ。そのころ、隣国のタケダ・シンゲンはノブナガの実力を試すために、大イクサヨロイ風臨火斬で出陣する。

オダ・ノブナガに神器を渡して危機を救ったのは、ヤマタイ国のヒミコだった。だが彼女は神器を譲渡する条件として、ノブナガとの婚姻を求める。熱を上げるヒミコに対して、ノブナガはヤマタイとの同盟がオダ家の戦力拡大につながると判断する。一方、ランマルは自らの天啓に向き合い、ノブナガが救星王ではないかと見極めようとする。それぞれの思いが交錯する中、レオナルド・ダ・ヴィンチ演出による婚約の儀の準備が進められていた。

タケダ家との本格的な衝突が迫る中、ザ・フールで侵攻すべきと主張するノブナガと、それだけで勝てるものではないとするノブヒデの意見が対立する。ノブナガはいち早く出陣の準備を整えるが、何者かにもられた｢しびれ薬｣によってその場に倒れ込んでしまう。それはオダ家の危機をザ・フールが救うという劇的な展開を見せるため、ミツヒデが仕組んだ策だった。そのころ戦場では風臨火斬と、ノブヒデのイクサヨロイが激突していた。

タケダ軍との戦でかけがえのないものを失ったオダ家は、重い空気に包まれていた。城中が悲しみに包まれる中、ノブナガは姿を消してしまう。その行動にシバタら家臣団は不信感を募らせ、ミツヒデたちとの軋轢は決定的となる。そのころ、ノブナガの行動に愛想を尽かしたジャンヌは、オダ家から出ていく決心を固める。その様子を見ていたヒミコは、ノブナガの真意が理解できないのなら、そうそうに立ち去ればいいと告げるのだった。

オダ家に差し向けられた暗殺者の脅威に、オダ家は騒然となる。家臣たちはタケダ家の仕業と断定するが、ノブナガは真相を確かめるべく、たった一人でシンゲンのもとへ向かった。シンゲンと相対したノブナガは、暗殺などせずともオダなどすぐ潰せるという言葉ですべてを理解し、一方でシンゲンもノブナガの無謀な行動はオダ家をまとめるためのものだと察した。強者ゆえに共鳴し合った2人は、しがらみを乗り越え、心ゆくまで戦うことを欲するのだった。

カエサルの襲来により、均衡を保っていた東の星の情勢は大きな変化を遂げようとしていた。ノブナガは戦いの中で、神器が新たな時代を導くものと実感し、シンゲンから託された神器の奪還を目指す。一方でカエサルもノブナガの手に渡った神器を手中に収めるべく、両者の思惑が複雑に絡み合う。オダ家がカエサルとの戦いに沸き立つ中、ジャンヌはある不吉な天啓を見る。それはカエサルの槍が、ノブナガを貫くというビジョンだった……。

ジャンヌの大イクサヨロイに加え、新たに風と光の神器を入手したオダ家は、一躍東の星の強国となった。ジャンヌは自分がノブナガを守るという決意を固めるも、なぜか神器は発動する事がなかった。その原因は、目の前の目的にとらわれ過ぎているからだとノブナガは諭す。天地統一を実現し、この世界すべてを受け止めること――それがノブナガの抱いていた覚悟だった。ノブナガの信念の大きさを理解したジャンヌは、再び神器に思いを込める。

交易港タカマガハラに、カエサル軍の補給として大イクサヨロイが到着した。その情報を得たミツヒデは、大イクサヨロイ奪取作戦を提案する。首尾よくタカマガハラに潜入したノブナガたちは、分散して作戦を開始。ジャンヌはヒデヨシと行動を共にする中で、陽気な彼からは想像できない壮絶な過去を知る。妹アサヒの死、そしてノブナガへの復讐心……。だが天地統一というノブナガの壮大な夢が、ヒデヨシの心を圧倒するのだった。

カエサルの降伏勧告に、ノブナガが返したのは茶会への招待だった。カエサルにとっては予期せぬ返答だったが、これも一興とノブナガの奇策を受け入れる。茶会の主人を任されたイチヒメは、オダ家の存続にかかわる大事に、かつてない決意を固める。ノブナガはもっと力を抜けと言い聞かせるが、「これも兄譲りの性分」とイチヒメは笑顔で返すのだった。それぞれの想いを抱えたまま、いよいよ運命の戦国茶会が開かれようとしていた。

ノブナガが繰り出した奇策「戦国茶会」は、西の星やアーサー王の情報を得るという利をもたらした。だが代償として大きな犠牲を強いられたことに、ミツヒデは憤りを隠せない。ノブナガはその怒りを受け止め、だからこそ天地統一を成し遂げなければならぬと心に誓うのだった。そのころ西の星では、オダ家が大きな脅威と成りつつあるとの報がもたらされ、アーサー王もノブナガと相まみえる時が迫っていると感じていた。

オワリに降る季節外れの雪は、西の星からの刺客の襲来を告げた。勝つためならあらゆる手段を講じるシャルルマーニュとハンニバルの前に、オダ軍はなすすべもなく翻弄されていく。一方でノブナガも、すべてを破壊することを辞さないという覚悟で相対する。だがジャンヌは「ノブナガを破壊の王にしてはならない」という、天啓を越えた思いを抱いていた。いてもたってもいられず、ジャンヌはノブナガの前に立ちはだかるが……。

｢円卓の同志｣に連れ去られたジャンヌを奪還するため、ノブナガたちはアヅチを発進させた。ジャンヌを失う危機に直面したことで、ノブナガは改めて天地統一には彼女の力が不可欠との思いを強くする。そのころ囚われの身となったジャンヌは、チェーザレからアーサー王への恭順を求められるが、頑なにこれを拒絶。ジャンヌを従わせるべく、マキャベリはその心の傷を容赦なく痛めつける策を実行に移す。はたして、ジャンヌが連行された場所とは……。

ノブナガと再会を果たしたジャンヌだったが、故郷を襲った悲劇に戸惑いを隠せない。すべてに破壊をもたらすノブナガは、救星王ではないのか……。自問自答を繰り返すジャンヌに、ノブナガは天啓の定めなど意に介さず、自分の道を進むだけだと示す。そのころ、東の星への帰還を模索するヒミコとダ・ヴィンチは、ドンレミ村の痕跡から驚くべきものを発見する。それは伝説の星間移動装置、アマノハシダテのゲートであった。

アヅチが空間転移した場所、それは東の星のヨモツヒラサカであった。かつて神人が作り上げた時空ゲート「アマノハシダテ」は、ドンレミ村とヨモツヒラサカとを結んでいたのだ。激しい消耗に見舞われたヒミコだったが、この地が幼き日にノブナガと初めて会った思い出の地であることを語りだす。そのころ、東の民による時空ゲートの起動という事態に、アーサー王はついに東の星への侵攻を決断。最強の将、アレクサンダーを派遣する。

圧倒的な力で、東の星を制圧していくアレクサンダーと西の星の大軍勢。からくもイチヒメはミツヒデに窮地を救われて安堵するが、その場にカエサルがいないことに戸惑いを見せる。その様子に、ミツヒデは複雑な想いを抱くのだった。一方、アレクサンダーと対峙したノブナガは、その圧倒的な力に成す術もなく追い込まれる。自らの器に収まりきらない数の神器を装着して挑むも、それは身を滅ぼすだけでははなく、大いなる犠牲を強いてしまう。

アレクサンダーに敗れたノブナガは、さらなる力を得るためにヨモツヒラサカで龍と向き合うことを決意する。一方でヨモツヒラサカは、生者と死者が邂逅する地でもある。龍に認められなければ黄泉へと誘い込まれ、永久にその場を漂う危険性をも秘めていた。そのリスクを負っても、アレクサンダーを止めなければならない。その思いに、ジャンヌとケンシンも同行を申し出る。だがノブナガたちは、聖なる地で意外な人物との再会を果たす。

アレクサンダーによる東の星侵攻作戦は、最終段階に入りつつあった。龍脈支配に用いられる久遠多無パイルが大地に突き刺さり、龍の力を奪い去っていく。だが龍脈の異常事態に、結界である「ゴルディアスの結び目」が発動。すべての龍脈供給が停止した。アレクサンダーは自らその結界を断ち切るべく動き出す。一方、その体に龍の力を宿したノブナガも、アレクサンダーを止めるべく行動を開始。２人の英雄は、ヨモツヒラサカで再び相対する。

西の星より空中神殿パレ・ナトゥーラが出現し、ノブナガたちとアーサー軍は一触即発の事態に陥る。だが、にらみ合う両軍の間に割って入ったのは、意外な人物……カエサルであった。和平交渉を提案するカエサルは、以前とはまるで別人のような態度を見せ、ノブナガは憤りを隠せない。一方、カエサルの提案を退け、交戦を唱えるノブナガに、ジャンヌは一抹の不安を感じる。天啓が告げた「破壊王」のビジョンが、心に暗い影を落としていた。

ミツヒデはイチヒメを襲った悲劇に、ノブナガが本当に救世王であるのか疑念を抱かずにはいられなかった。ジャンヌが受けた「破壊王」の天啓も、ミツヒデの疑念に拍車をかけるものとなった。それはノブナガも同様で、次々と訪れる災厄に、自分の進む道が正しいのかと自問自答をするが、ヒデヨシの言葉によってその迷いを振り払う。そのころ、アーサーは聖杯発動作戦を本格化させ、12人の神器有資格者たちの集結を急がせるのだった。

聖杯の発動が迫る中、ノブナガはパレ・ナトゥーラへの強攻突入を決意する。その手段としてアヅチを用いることを立案するが、ヒデヨシは異を唱えた。ヒミコの体が限界であることを、ヒデヨシは見抜いていたのだ。ノブナガはヒミコの容体に気づけなかったことを恥じ、ザ・フールによる突入作戦を決行する。だが、アレクサンダーたちが立ちはだかり、思うように神殿にたどり着くことはできない。その様子を見かねたヒミコは……。

｢敵は本能寺にあり!!｣。パレ・ナトゥーラへ突入したノブナガを待ち受けていたのは、アーサーに恭順したミツヒデだった。アーサーこそ救世王であり、ノブナガはやがて世界を破壊する存在……、だからこそミツヒデはノブナガに刃を向けた。ノブナガは怒りにまかせてザ・フールで神殿内を突き進むが、そこに現れたのはアーサーであった。世界を再生せんとするアーサーに突き付けられた選択に、ノブナガが示した答とは……？