어디에나 있는 평범한 고등학생인 타카미야 호노카의 옆자리에는 학교의 공주님으로 불리는 카가리 아야카가 앉아있다. 공주님과 등교 시간도 겹치고 학교 당번도 같이 하는 데다가, 바로 옆에 앉는 사이면서도 한 달이 가까이 말 한마디 섞어보지 못한 타카미야. 그러던 중 타카미야는 카가리가 자신을 지키는 마녀라는 사실을 알게 되고, 그런 타카미야의 주변에는 계속해서 마녀들이 접근해오기 시작한다.

마녀들의 공격으로 하루도 편할 날이 없는 타카미야. 하지만 그의 곁에는 항상 자신을 지켜주는 카가리 아야카가 있다. 하지만 마녀들의 공격으로 카가리가 부상을 입게 되자, 타카미야는 카가리의 제자가 되어 마법을 배우기로 결심하고 카가리는 그런 타카미야를 데리고 어디론가 걸음을 옮기는데.

카가리와 타카미야 앞에 나타난 크로노와르. 그녀는 카가리를 쉽게 제압해 버린 후 타카미야 앞에서 두 사람의 비밀을 밝혀 버린다. 크로노와르에게 힘을 해방하는 약을 건네 받은 타카미야는 약을 먹지 않으려 서랍 속에 넣어 버리지만, 언젠가 그 약을 반드시 먹게 될 거라는 크로노와르의 예언은 타카미야의 마음을 무겁게 한다.

타카미야 호노카의 여동생 카스미는 타카미야가 주말에 어디서 뭘 했는지 끈질기게 캐묻는다. 동생에게 자신의 비밀이 들킬까 봐 염려하는 타카미야. 하지만 염려도 잠시, 타카미야는 탑의 마녀들에게 끌려갈 위기에 처한다. 그때 타카미야 앞에 나타난 거대한 곰 인형. 그 위에는 다른 누구도 아닌 카스미가 올라타 있다.

타카미야와 카가리의 관계를 탐탁지 않게 여기던 학생회는 미카게 선생을 이용해 타카미야를 떼어내려 한다. 이를 알게 된 카가리는 이전 학생회장을 내몰고 타카미야를 새 학생회장으로 만들어 버린다. 한편 카가리가 집으로 들어와 살게 된 걸 못마땅하게 여기던 카스미는 타카미야와 함께 마을을 떠날 계획을 세운다

자신의 집에 메두사 일당이 머물고 있다는 사실을 모르고 있던 타카미야 가족. 하지만 카자네의 앞에서 메두사 일당이 걸려 버리고 카자네는 메두사를 잡기 위해 카가리와 힘을 합치려 한다. 하지만 웬일인지 카자네를 막아 서는 카가리. 메두사를 잡으려는 카자네와 이를 막으려는 카가리 간의 싸움이 시작된다.

중학교에 갓 입학한 호오즈키와 토우코는 카가리와 함께 학교 생활을 하게 된다. 학교에 입학하자마자 학교의 아이돌로 떠오를 카가리. 하지만 카가리는 자신을 향한 관심에는 신경 쓰지 않은 채 남학교 앞에 숨어서 시간을 보낸다. 1년이 지난 후 또다시 돌아온 봄, 2학년이 된 카가리는 그 동안 애타게 찾던 타카미야를 드디어 찾아내고야 마는데.

리논과의 결투에서 두 번째 봉인이 풀려버린 타카미야. 카가리는 그런 타카미야를 위해 본격적으로 싸우는 법을 가르치기 시작한다. 한편 이사장인 카자네는 도시 사람들을 인질로 잡고 있다는 협박장을 받게 되고, 협박장을 보낸 당사자를 만나 교섭을 시도하는데.

공방에서 빠져 나온 타카미야와 카가리는 사건을 해결하기 위해 도시의 심장부로 향한다. 한편 도시의 결계가 사라진 탓에 공방의 마녀들은 마법을 못 쓰게 되고 폭탄에 걸린 간단한 마법조차 풀지 못 해 탑의 마녀에게 보기 좋게 당한다. 하지만 공방의 마녀들 앞에서 폭탄이 터지려는 순간, 타카미야가 도시와의 계약에 성공하고, 공방의 마녀들에게는 다시 마력이 돌아오는데.

도시의 힘을 사용한 타카미야는 쓰러져 버리고 카가리는 타카미야를 아토리에게 맡겨둔 채 위크엔드와 결말을 지으러 떠난다. 하지만 타카미야의 마력 없이 위크엔드를 상대하기는 벅차기만 하다. 한편 도시에 닥친 위험을 알게 된 타카미야는 도시와 카가리를 구하기 위해 스스로 위크엔드의 아지트로 향한다.

폭탄 스위치를 눌러버린 위크엔드 때문에 시민들의 목숨이 위험에 빠진 순간, 타카미야는 사람들을 살리기 위해 에바밀리온과 거래를 한다. 모두를 구할 힘을 얻는 대신에 자신의 목숨을 바치게 된 타카미야. 하지만 카가리는 타카미야의 죽음을 용납할 수 없었고 결국 카가리는 타카미야를 살리기 위해 자신의 죽음을 선택한다