駄菓子屋の息子・鹿田ココノツは、将来漫画家になることを夢みている。だが、父・鹿田ヨウに店番を押し付けられ、漫画を描く時間を奪われてばかり。そんなある日、枝垂ほたると名乗る少女が現れ、ココノツに「キングオブ駄菓子と言えば!?」と唐突に問うのであった。

ココノツに店を継がせるためヨウと結託したほたる。さっそく駄菓子の魅力を披露しようと『きなこ棒』を実食する。ココノツに黄粉を零さず食べる方法があると息巻くほたるだったが見事に咽て撃沈。一息ついたところで、『生いきビール』で乾杯しようと言いだすが…。

真夏日。ほたるによって店のエアコンを切られ、なぜか豆も交え『ブタメン』を食べる事になったココノツ。猛烈な暑さに意識は朦朧、「これはいかん！」とほたるを説得して再びエアコンをつけることにしたが、なんとエアコンの電源は入らずで…。

ココノツが店に帰ると、目隠しをして両手を縛ったほたるが床を這っていた。驚いて何事か問いただすココノツに、ほたるは「利きふがし」勝負をしようと言い出す。いつもようにほたるのペースにハマり、ココノツも目隠し両手拘束でイザ！勝負に挑む！

真夜中。ココノツは店内で謎の粉を取引するほたるとヨウを目撃する。粉の名前は『ビンラムネ』。その美味しさゆえに『ビンラムネ』中毒に陥っていたヨウは、「きれいな体で戻ってくる」とココノツに言い残し、出頭さながら店を出て行くのであったが…。

ほたるに呼ばれ、寺で〝遊びを許された駄菓子〟で遊ぶ事になったココノツ、サヤ、豆。遊びの才能があるサヤは、『超ひもＱ』では東京タワーをつくり、『おはじき』をすれば高い取得率と他の三人を圧倒していく。そんなサヤに、ほたるはある提案をするのだが…。

夏祭りを明日に控え、ココノツは毎年出店しているもんじゃ焼きの屋台を設営するため、ヨウと共に神社へ来ていた。そこで偶然ほたるに出会い、『もんじゃ焼き』と駄菓子屋の深い繋がりを聞く。そして、ほたるがお祭りに行った事がないと知り…。

『シカダ駄菓子』で、ココノツ、ほたる、サヤに怪談話を聞かせる豆。恐ろしさのあまり悲鳴をあげるサヤ。だが、対照的にほたるは全く怖がる様子がない。なぜなら話のオチを知っていたからだ。実は豆が話していた怪談は、『超怖い話ガム』のお話だったのだ。

いつもと違い元気がないほたる。なぜなら口内炎ができてしまったからだ。ちょうど店に来ていたサヤは、口内炎の理由を駄菓子の食べすぎだと指摘するが、ほたるは「ストレス」、「寝不足」と誤魔化し、その上『わたパチ』を食べるという暴挙に出てしまう。

ここ数日ほたるが店に現れない。不審に思ったココノツはサヤに連絡、『喫茶エンドウ』にも最近ほたるが来ていないことを知る。心配したサヤと一緒にほたるの家を訪ねる事にしたココノツ。インターホンを何度か押してやっと出て来たほたるは、マスク姿でフラフラ状態だった。驚くサヤに「大丈夫…」と幽けき声で応えるほたる。だが、ココノツの姿を見るとなぜか驚愕し、その場に倒れてしまう。ワケのわからないココノツは、ひとまずほたるを布団に寝かせると、目を覚ますまで待つのだったが…。

ある日、ココノツは何気なくヨウをスカウトしにきた理由をほたるに訊ねる。その理由を見せてあげると言うほたるに従い、ココノツは、ほたるとその場にいたサヤと共に、憩い場の段ボールに隠れてヨウの様子を観察する事にする。

橋の上でほたると〝恋の味〟について話していたサヤは、橋の下で〝モテ道〟を語るココノツと豆に気付く。男二人でバカ話をしていると笑うサヤ。だが、ほたるはココノツを見ると意味ありげな表情になり、ココノツもまた、ほたるを見つめてぎこちない表情をする…。

木枯らし吹くころ、荒れ果てたシカダ駄菓子の前でココノツは数ヶ月前を振り返る。それはまだ暑い夏の日、お昼のメニューを考えながら「とんかつ……」と呟いたココノツの前に、その言葉に召喚されたようにほたるが現れ、駄菓子揚げ物界のレジェンド「ビッグカツ」の誕生秘話を語りだしたのだった。

台風接近に伴い風雨が吹き荒れる日に、シカダ駄菓子にやってくるほたる・サヤ・豆。3人はそのまま店に泊まることに。野球盤ガムにはまるほたる。ココノツの家に泊まると聞いてドキドキのサヤ。ほたるとサヤがお風呂に入ると聞いた豆は「男なら行くっきゃないだろう！」と、ココノツを誘い風呂を覗こうとする。

ベーゴマで遊ぶココノツと豆。なかなかうまくいかない。するとそこにバケツを抱えたほたるが登場。いきなりスカートをはずし、バケツにかぶせてベーゴマの台を作った。ベーゴマ道を極めたと自ら言うほたるは、ベーゴマのうんちくを語りつつココノツ達に勝負を挑むのだが……。

花火大会の日、真剣にアイスボックスを覗き込むほたる。今日こそホームランバーの当たりを引こうとしていたのだ。皆で花火に行こうと言われていたココノツは「花火を見に行こう」とほたるを誘うが、返ってきたのは「2人で？」という言葉。否定できぬまま、ココノツはほたるを乗せて自転車を漕ぎだした。

月日が流れ、季節は冬に。ほたるは姿を消し店はボロボロに。そんな現実から目をそむけていたココノツだったが、ほたるが戻ってくる場所をなくさないようにと父ヨウとともに店の再建を決意する。その矢先、ヨウが足を骨折で入院。いきなり店長代理となったココノツ。さらに、目の前にコンビニが出店してきた！

コンビニに視察に行くココノツ・サヤ・豆。出迎えたのはやたらテンションの高い店長、紅豊だった。コンビニには似つかわしくない高級洋菓子をならべ自慢する紅豊。それを聞いたココノツは、つい「駄菓子のような安いものの方が、客が喜びます」と言ってしまう。

バイト募集の貼り紙をはっているココノツ。ふと見ると背後で女の人が土下座していた。彼女の名は尾張ハジメ、バイト希望者と聞いてそのまま面接が始まる。履歴書を見るとなかなか優秀……と思いきや、職業欄を見てココノツはあることに気がつく。ハジメは紅豊のコンビニをほんの数日勤めて退職していた。

シカダ駄菓子にいる女性の正体をつきとめに、サヤはお店へむかう。すると見知らぬ女性がレジ台に突っ伏して眠っていた。その女性が新しいバイトのハジメと知るサヤ。ハジメの勧めでロールキャンディーを買うが、中にはぐるぐる巻きの紙が入っていた。その食べ方について追及を始めるサヤとハジメだったが……。

紅豊にインターネット通販の話を聞くココノツ。駄菓子もできるのでは？とひらめき、ハジメに相談するとインターネットが得意なハジメは早速ホームページ作りを始める。色々工夫を凝らして完成させていくハジメとココノツ。悪乗りしているうち、いつしかホームページが怪しいサイトみたいになっていく。

インターネットで注文を受け、病院に駄菓子を届けに行くココノツとハジメ。尋ねた病室にいたのは父ヨウだった。送り主もわからぬまま好物の「紋次郎いか」を食べるヨウ。その帰り際、「最近マンガ書いてんの？」とヨウに聞かれ、ココノツは仕事に追われマンガを書いてないことに気付いた。

出張マンガ審査会に間に合うよう、皆の協力を得てマンガを描き上げるココノツ。早速審査会に行くが、編集者から戻ってきた言葉は辛辣だった。「いったい何やっているんだろう……」と落ち込むココノツ。さらにその帰り道、雪で電車が止まる。駅の待合室で悶々とするココノツ。そこのあらわれたのは……。

ほたると再会し、つい自分の弱さをさらけ出してしまうココノツ。落ち込んだココノツの前にほたるが差し出したのは、「スーパーマリオくんコミックガム」。それを読んでつい笑ってしまうココノツ。「ブタメン」を食べつつ、駅の待合室でほたると過ごすココノツ。不思議でやさしい一夜がすぎて行く。