10年前、１００人を超える死傷者を出した列車転覆事故があった。米田(北上史欧)という男が、飲酒運転で踏切内に車を進入させたことが原因だった。ある日、出所後の米田が列車事故と同じ場所でれき死する。遺体は左右対称に真っ二つで、警察は自殺と他殺の両面から捜査を始める。玲子(竹内)は当時、列車事故で亡くなった実春(藤本泉)という少女を必死で助けようとした徳山(滝藤賢一)という駅員がいたことを知り、調べ始める。徳山は鉄道会社を退職していて、現在は行方不明となっていた。そんな折、実春の父で「被害者と遺族の会」会長の小川(村上かず)が家のトイレで遺体で見つかる。

玲子(竹内結子)は監察医・国奥(津川雅彦)から、３人の男性が劇症肝炎で死亡し、体内から同じ違法薬物が検出されたと聞かされる。薬物は黒と白のカプセルの「ゼブラ」と呼ばれるものらしい。一度は覚せい剤取締法違反として処理されるが、玲子は何者かが薬物を意図的にばらまいたと推理し、捜査１課管理官・橋爪(渡辺いっけい)らに進言し、島(小木茂光)らと共に連続変死事件として捜査する。

3カ月前、玲子(竹内結子)は国奥(津川雅彦)から届いた資料に着目する。5年前の女子高校生監禁殺害事件で、心神喪失のため無罪となった吾妻(端本宇良)と、6年前の女子児童暴行殺人で、少年法が適用され2年で出所した大場(柿沢隆史)が、それぞれ交通事故と薬物中毒で死亡したのだ。玲子たちが事件を調べていくと、３年前に女子中学生を監禁殺害して、２年少しで出所している安井(トモ)という男が浮上するが、安井も自宅マンションから飛び降りて死亡してしまう。吾妻、大場、安井の３人とも犯した罪の割には軽い刑、または無罪で済んだ犯人だった。共通点を調書から洗い出した結果、全ての事件に倉田(杉本哲太)が関わっていることが判明。さらに、大場の事件には勝俣(武田鉄矢)も関わっていた。勝俣と会った玲子は、倉田について驚くべき事実を知る。

倉田(杉本哲太)は長男・英樹(石黒英雄)が恋人・彩香(皆川玲奈)を殺害し、その後、妻が悲惨な死を遂げたという悪夢に耐えていた。玲子(竹内結子)は、倉田に息子・英樹の殺害をやめさせたいが、倉田に証拠はあるのかと突っぱねられる。玲子は「英樹君は私がどんなことをしても守る」と倉田に言って立ち去る。そして、玲子は英樹の母が生前に言っていたことを伝えるために英樹に会う。さらに玲子は、英樹が殺害した彩香の母・澄子(渡辺杉枝)に会い、ある事実に気付く。

閑静な住宅街で、殺人事件が発生。自宅玄関先で刺殺された被害者は大手製薬会社の社員・長塚淳(窪寺昭)。スーツにサンダル履きとの姿から、淳は会社から帰宅後、一度家に入り、着替える間もなく何者かに呼び出され、外に出たところをいきなり襲われ殺害されたようだ。第一発見者は長塚の父・利一(佐々木勝彦)だった。菊田(西島秀俊)ら姫川班が臨場する中、玲子(竹内結子)は、葉山(小出恵介)と警察学校の同期である真弓(加藤あい)と組むことになった。事件のあった夜は激しい雨のため、現場周辺から足跡、指紋は現段階では採取できなかった。家に入った被害者を呼び出したのに、呼び鈴に指紋が残っていないことに疑問を持った玲子は、家政婦の良枝(上岡紘子)の証言から、ある事に気付く。

玲子(竹内結子)は、今泉(高嶋政宏)から監察医務院の国奥(津川雅彦)の所へ行くよう指示される。自殺か他殺か判断できない男性の遺体が運ばれ、国奥は左半身だけ死後硬直が解けるのが早いのが気に掛かるという。通報者は死んだ男性と同居していた女性だと思われたが、通報後に姿を消していた。遅れて捜査に加わった玲子は、押収品にあった13個の木片と小さな鍵が気になる。遺体は村田という偽名を使っていたが、本名は岸谷(松田賢二)で年齢は44歳。10代のころから札付きの悪で、23歳の時に暴力団の構成員となっていた。玲子は、同居人の女性が鍵を握っていると思い、部下に身元を調べるよう命じる。

私書箱にあった写真を特設現場資料室の林(半海一晃)に持ち込んだ玲子(竹内結子)は、写真に写っている射殺された神部(松本元)、鷹見(清水哲也)以外の３人も暴力団関係者で、射殺されたことを教えてもらう。玲子は他の６人も合わせ、写っている11人全員が殺害されていたとしたらと考える。11という数字にひらめいた玲子は今泉(高嶋政宏)に、岸谷(松田賢二)が暴力団の殺し屋で、17歳の時の傷害致死と29歳の時の殺人を合わせて、13人を殺害したのではと訴える。殺害した人間の数だけ、木片を削っていたというのだ。玲子は、岸谷の死の真相を知る美津代(木村多江)を捜しに、菊田(西島秀俊)と共に静岡・伊豆へ向かう

多摩川の土手に放置された車から、血まみれの左手首が発見される。調べにより、工務店経営の高岡(石黒賢)のものだと判明。その前にガレージが血まみれになっていると高岡工務店に勤める三島耕介(浜田岳)から通報があった。彼のアリバイは恋人・美智子(蓮仏美沙子)の当該時刻に一緒にいたという証言により成立している。出血量から高岡の死亡は確定的になり、この遺体なき殺人事件を玲子(竹内結子)と日下(遠藤憲一)の両班で担当することになる。三島の父は13年前に、木下興業の建設現場で事故死。当時、高岡は中林建設にいて、三島の父はその下請け会社でとび職をやっていた。そして、中林建設は暴力団のフロント企業だと分かる。井岡(生瀬勝久)と組んだ玲子(竹内結子)は、高岡の家の近所にある不動産店の主人から、高岡についてある話を聞く。

高岡(石黒賢)の遺体がいまだ見つからない中、玲子(竹内結子)は自分たちの捜す高岡が、高岡の戸籍を奪った別人だという新事実を突き止める。木下興業の総務係長で、保険金担当をしている戸部(池田鉄洋)の行方が分からなくなっていることが判明する。高岡は、自分の死亡保険金の受け取りを君江(南風佳子)と三島(浜田岳)宛てにしていた。かわいがっている三島に１千万円の受け取りは分かるが、なぜ血縁でもない君江を５千万円もの受取人にしたのか謎だ。君江は内藤(森義洋)という20歳の青年を病院に見舞う。内藤は７歳の時の交通事故が原因で、全身まひとなり、君江が13年前からずっと世話をしていた。玲子は、捜査会議で高岡、君江、内藤の関係について、ある推測を披露する。

玲子(竹内結子)は発見された胴体が、高岡を名乗っていた内藤(石黒賢)ではなく戸部(池田鉄洋)だと確信するが、橋爪(渡辺いっけい)から手首と同一人物だというＤＮＡ鑑定の結果を突き付けられる。また、耕介(浜田岳)も高岡に間違いないと証言。橋爪は捜査員に全力を挙げて戸部の行方を追うよう命じる。多摩川で遺体の一部である胴体が発見され、ＤＮＡが高岡(石黒賢)の左手首のものと一致。しかし、玲子(竹内結子)は胴体が高岡のものではなく、ある人物のものだと推測するが、橋爪(渡辺いっけい)に「なぜ胴体のＤＮＡが左手首のものと一致したのか」と詰め寄られる。高岡が実の息子のように面倒を見ていた三島(浜田岳)も、発見された胴体が高岡のものだと断言する。玲子は、監察医の国奥(津川雅彦)から、胴体と左手首のＤＮＡが一致した原因を教えてもらい、苦しみながらも事件の真相に近づいていく。