Wesleys wissenschaftliches Experiment gerät außer Kontrolle, als er versehentlich intelligente Mikro-Organismen, sogenannte "Naniten", in den Schiffscomputer setzt. Dieser Unfall gefährdet eine wichtige wissenschaftliche Mission von Dr. Paul Stubbs, einem besessenen Wissenschaftler, der zu allem bereit ist, um seine Karriere zu retten.

Die Enterprise wird in einem futuristischen Minenfeld gefangen, daß dem Schiff Energie entzieht. Geordi muß eine Fluchtmöglichkeit finden. Er benutzt die holographische Hilfe der Schiffskonstrukteurin Dr. Leah Brahms, indem er sie und die Baupläne der Enterprise auf dem Holodeck erschafft.

Geordi wird auf einem feindlichen Planeten bei einer Mission des Landeteams vermißt. Die Enterprise hatte dort ein romulanisches Shuttle entdeckt. Geordi, der keine Möglichkeit hat, mit dem Schiff zu kommunizieren, begegnet einem romulanischen Centurio, der ihn als Gefangenen nimmt. Währenddessen versucht Dr. Crusher einen verwundeten Romulaner in der Krankenstation zu retten.

Die ehrgeizige Borg-Expertin Shelby hofft, erster Offizier der Enterprise zu werden, vorausgesetzt, Riker verläßt seinen Platz, um ein eigenes Kommando zu übernehmen. Dann entdecken sie, daß die Borg zurückgekehrt sind und die Föderationskolonie Jure 4 zerstört haben. Während einer Konfrontation mit der Enterprise entführen die Borg Picard und verwandeln ihn in ihren Sprecher. Durch ihn kündigen sie an, daß sie die Eroberung der Erde planen. Data, Shelby und Worf unternehmen einen dramatischen Rettungsversuch, bei dem sie entdecken, daß Picard zu Locutus, dem König der Borg, geworden ist.

Rikers Plan, das Schiff der Borg mit den Deflektoren der Enterprise außer Gefecht zu setzen, mißlingt. Die Borg bleiben weiter auf ihrem direkten Kurs Richtung Erde und zerstören dabei eine ganze Flotte aus 48 Raumschiffen. Die Enterprise verwickelt die Borg in ein erneutes Gefecht und holt Picard wieder zurück an Bord. Dort stellt Data eine Verbindung mit Picards Gehirn her und pflanzt auf diesem Wege eine Aufforderung in das kollektive Bewußtsein der Borg, die dazu führt, daß deren Schiff in einen Ruhestand übergeht und die Borg sich selbst zerstören.

Die Enterprise muß den ersten Kontakt zu einer Rasse herstellen, die an der Schwelle zur Warp-Technologie steht. Als Riker auf dem Planeten verletzt wird, muß Picard die Pläne zur Rettung seines verwundeten Offiziers schnell durchführen, oder das Risiko eingehen, die Hauptdirektive zu verletzen.

Die Enterprise wird ausgesandt, einen Friedensvertrag zwischen den Cardassianern und dem militanten Rebellenführer der Bajoraner, Orta, auszuhandeln. Die Rebellen werden verdächtigt, eine Föderationskolonie angegriffen zu haben. Währenddessen verschwört sich Admiral Kennelly mit den Cardassianern, um die bajoranischen Führer zu zerschlagen.

Als die Föderation den legendären Admiral Spock verdächtigt, zu den Romulanern übergelaufen zu sein, werden Picard und Data nach Romulus geschickt, um die wahren Beweggründe Spocks herauszufinden.

Picard, der Spock auf Romulus findet, erfährt, daß der Vulkanier in geheimer Mission auf den romulanischen Heimatplaneten gekommen ist. Er will die Romulaner mit ihren Vorfahren auf Vulkan wiedervereinigen. Aber ihm wird schnell klar, daß er nur eine Schachfigur in Selas Plan ist, Vulkan zu überfallen.

Eine genetisch veränderte Gesellschaft, die in einer Biosphäre lebt, wird von einem herannahenden Teil eines Sonnenkerns bedroht. Troi verliebt sich in den Führer des Planeten Aaron Connor.

Eine wunderschöne Metamorphin, Kamala, die eigentlich das Friedensgeschenk ist, um einen seit Jahrhunderten andauernden Krieg zu beenden, wird von einem Ferengi aus der Erstarrung geweckt und verführt Picard.

Datas Kopf wird in einer Höhle auf der Erde gefunden, was die Enterprise zu einer Untersuchung in die Vergangenheit führt. Dabei entdeckt die Besatzung, daß fremde Wesen Menschen aus dem 19. Jahrhundert in die Zukunft entführen. Außerdem entdecken sie Guinan.

Picard, Guinan, Fähnrich Ro und Keiko werden bei einem Shuttle-Unfall in Kinder zurückverwandelt, erweisen sich aber trotzdem als lebenswichtig für die Rettung der Enterprise, als Ferengi-Söldner versuchen, das Schiff zu kapern.