Worf leitet eine Mission, wobei die Mutter des Jungen, Jeremy Aster, stirbt. Da er die Mission leitete, fühlt sich Worf berufen, den Stiefvater zu spielen. Plötzlich taucht die Mutter des Jungen wieder auf dem Schiff auf. Die Besatzung erfährt, daß sie eine Illusion ist, die von den von Schuld geplagten Außerirdischen, die für ihren Tod verantwortlich sind, an Bord gebracht wurde.

Der romulanische Sub-Commander Setal warnt die Föderation vor einem romulanischen Übergriff auf die Neutrale Zone, der die Einleitung für eine Invasion bilden wird. Picard, der der Geschichte nicht traut, entdeckt, daß der Offizier in Wirklichkeit der legendäre Admiral Jorak ist. Als sie in der Neutralen Zone ankommen, finden sie keinen romulanischen Außenposten, stattdessen werden sie von einer romulanischen Flotte erwartet.

Während eines Konfliktes mit den Romulanern wird die Enterprise NCC-1701-C durch eine Anomalität in der Zeit nach vorne geworfen, wodurch sich die Geschichte verändert. Die Besatzung wird ohne ihr Wissen in ein Paralleluniversum geschleudert, in dem die Föderation noch immer in einem blutigen Krieg mit dem klingonischen Imperium liegt. Nur Guinan ahnt, daß etwas nicht stimmt und drängt Picard, die Enterprise-C in ihre Zeit zurückzuschicken, wo sie einen Frieden mit den Klingonen ermöglichen wird. Ansonsten wird die Geschichte für immer verändert bleiben und die Föderation wird gegen die überlegenen Kräfte des klingonischen Imperiums unterliegen.

Worf kehrt auf die klingonische Heimatwelt zurück, um seinen verstorbenen Vater gegen die Anklage des Verrats zu verteidigen. Worf wird von seinem Bruder Kurn, der ebenfalls überlebt hat und sich als Teil eines Austauschprogramms auf die Enterprise versetzen ließ, dazu angestachelt. Er wird zum Opfer politischer Intrigen und läßt schließlich zu, daß er aus der klingonischen Gesellschaft ausgeschlossen wird.

Während die Enterprise im Spacedock überholt wird, besuchen Worfs Adoptiveltern das Schiff. Wesley erhält eine Aufzeichnung seines verstorbenen Vaters Jack, und der Captain kehrt auf die Erde zurück, um seinen eifersüchtigen Bruder Robert in Frankreich zu besuchen. Dort will er seine Erinnerungen an die Borg verdrängen.

K´Ehleyr kommt zurück auf die Enterprise und überrascht Worf mit einem, nämlich seinem Sohn, von dem er nichts wußte. Gleichzeitig vertraut K´Mpec, Vorsitzender des klingonischen Hohen Rates, Picard an, daß er vergiftet worden ist und nun die Allianz von Klingonen und Föderation allein an Picard hängt. Picard muß entscheiden, ob der verräterische Duras oder Gowron das klingonische Empire regieren wird.

Data bereitet sich auf die Hochzeit von Chief O´Brien vor, für die er unter anderem von Dr. Crusher Unterricht im Steptanzen erhält. Währenddessen beamt eine vulkanische Botschafterin zu Geheimverhandlungen mit den Romulanern an Bord. Während dem Beamen kommt sie dabei ums Leben.

Die Enterprise muß den ersten Kontakt zu einer Rasse herstellen, die an der Schwelle zur Warp-Technologie steht. Als Riker auf dem Planeten verletzt wird, muß Picard die Pläne zur Rettung seines verwundeten Offiziers schnell durchführen, oder das Risiko eingehen, die Hauptdirektive zu verletzen.

Die Enterprise-Kadettin Jenna verliebt sich in Data, den stoischen Androiden ohne Emotionen, um sich über eine gescheiterte Beziehung hinwegzutröstet. Bald merkt sie jedoch, daß Data nicht der Richtige für sie ist.

Die Enterprise kehrt zur Heimatwelt der Klingonen zurück, so daß Picard seine Rolle als Schlichter über die Nachfolge der Herrschaft ausüben kann. Er ernennt Gowron zum Vorsitzenden des klingonischen Hohen Rates. Währenddessen versucht Worf, den Namen seiner Familie wieder reinzuwaschen.

Picard findet heraus, daß die Romulaner heimlich die Familie der Duras unterstützen. Diese plant die Macht im klingonischen Imperium an sich zu reißen. Währenddessen trifft Worf seinen Bruder Kurn. Beide versuchen zu erreichen, daß das Imperium weiterhin unter der Herrschaft von Gowron bleibt.

Die Enterprise wird von einem todbringenden natürlichen Phänomen getroffen, das das Schiff lahmlegt. Besatzungsmitglieder sitzen über das ganze Schiff verteilt fest, während das Magnetfeld, das die Antimaterie im Maschinenraum zusammenhält, zusammenzubrechen droht.

Worf wird durch einen Unfall, bei dem er auf dem Ladedeck von einem herabstürzenden Container getroffen wird, gelähmt. Trotz der Hilfe der berühmten Neuro-Genetikerin Dr. Russell besteht er darauf, rituellen Selbstmord zu begehen, anstatt als Krüppel weiter zu leben.

Auf Anordnung seines Schwadronführers bei der Sternenflotten-Akademie erklärt sich Wesley bereit, die wahren Ursachen des Unfalls eines Teamkollegens zu vertuschen. Der Unfall geschah, als dessen Shuttle bei Übungen zu den Eröffnungsfeierlichkeiten der Akademie während eines verbotenen Manövers zerstört wurde.

Ro und Geordi sind augenscheinlich bei einer Explosion auf einem beschädigten romulanischen Kriegsschiff ums Leben gekommen, aber in Wirklichkeit in einer Paralleldimension gelandet. Dort treffen sie einen bösartigen romulanischen Zenturio. Ro und Geordi müssen versuchen, der Enterprise-Crew klar zu machen, daß sie noch leben, bevor das Schiff in einer Falle der Romulaner zerstört wird.

Die Enterprise findet Scotty an Bord eines Transporterschiffs der Föderation in einem Transporterstrahl festhängend und rettet ihn aus einer 75 Jahre andauernden Bewußtlosigkeit. Obwohl Scotty zunächst ein Mann ist, der vollständig aus dem Takt geraten ist, erweist er sich als lebenswichtig, indem er ein letztes Mal die Enterprise rettet, diesmal vor der Zerstörung innerhalb einer Dyson-Sphäre.

Als die Feindschaft mit den Cardassianern auflodert, erhält Picard den Auftrag, zusammen mit Worf und Dr. Crusher auf einer geheimen Mission Berichte zu überprüfen, daß die Cardassianer auf Celtris Drei eine metagenische Waffe entwickeln. In der Zwischenzeit erhält Captain Edward Jellico von der U.S.S. Cairo das Kommando über die Enterprise, auf der er sich schnell viele Feinde macht - u.a. Commander Riker.

Geordi verliebt sich in eine vermutlich ermordete Frau, während er ihr Tagebuch studiert, aus dem sich die Klingonen als Tatverdächtige zu ergeben scheinen. Dann jedoch taucht die Frau lebend auf und wird selbst zur Hauptverdächtigen eines anderen grausigen Mordes an Bord einer Subraum-Relaisstation.

Für Picard ist es nicht sehr angenehm, als ihm Q die Möglichkeit gibt, seine wilde Jugend noch einmal zu erleben. Während Picard in der Krankenstation liegt und an einer Wunde stirbt, die er sich bei einer Außenmission zugezogen hat, ist er gleichzeitig mit Q im Himmel. Q gibt ihm die Chance, den Kampf zu verhindern, der damals zu Picards künstlichem Herzen führte.

Bei einem Besuch auf Deep Space Nine trifft Worf den skrupellosen uridianischen Händler Shrek, der behauptet, Worfs Vater würde in einem romulanischen Gefangenenlager leben. Gleichzeitig setzt sich Data auf der Enterprise einem Energieschock aus, der zu einer mysteriösen Vision führt, die sich als sein erster Traum herausstellt.

Nach der Ermordung seines Mentors Professor Galen folgt Picard einer Spur von DNS-Fragmenten, die die Enterprise zu einem Planeten führt, auf dem bereits Cardassianer, Klingonen und Romulaner nach dem Geheimnis suchen, daß in den DNS-Fragmenten verborgen ist.

Worf befindet sich in einer Glaubenskrise und besucht deshalb ein klingonisches Kloster auf Boreth, wo ihm der legendäre klingonische Krieger Kahless erscheint. Kahless will seine Position als Herrscher über das klingonische Imperium wieder einnehmen. Gowron, Herrscher des Hohen Rates, glaubt nicht, daß der Prophet wieder auferstanden ist und fordert ihn zu einem Kampf heraus. Worf zieht die Schlußfolgerung, daß Kahless geklont wurde.

Die Borg kehren zurück um die Föderation zu bedrohen. Während der Schlacht erlebt Data seine ersten Gefühle: Ärger und schließlich Freude, nachdem er eine der Drohnen getötet hat. Data flieht schließlich mit einem gefangenen Borg, und die Enterprise folgt seinem Shuttle zu einem unerforschten Planeten, wo ein Außenteam entdeckt, daß sich Data seinem Bruder Lore als Herrscher des ehemaligen Kollektivbewusstseins angeschlossen hat.

Als ein verbissen nach Gerechtigkeit sinnender Commander Riker die Spur der Mörder aufnimmt, fällt er in die Hände skrupelloser Schmuggler. An Bord ihres Schiffes lernt er ein besonders aggressives Mannschaftsmitglied kennen - Picard. Dessen erster Vorschlag: Riker töten.

Die Enterprise erhält den Auftrag, sich mit der Crazy Horse zu treffen, um von ihr jemanden vom Sternenflotten-Geheimdienst zu übernehmen. Riker reagiert sehr überrascht und nicht unbedingt erfreut, als dieser an Bord kommt, da es sich um seinen ersten Kommandanten von der Pegasus handelt, Admiral Eric Pressman. Dieser erklärt, daß Wrackteile der Pegasus, die vor zwölf Jahren anscheinend völlig zerstört wurde, von Romulanern gefunden wurden. Nun soll die Enterprise versuchen, vor den Romulanern die Pegasus zu finden und zu bergen oder, wenn das nicht möglich ist, zu zerstören.

Data erhält den Auftrag, radioaktives Material aus einer auf dem Planeten Bakron IV abgestürzten Deep Space-Sonde zu bergen. Dabei kommt es zu einem Energiestoß, durch den Datas positronische Speicherbänke überlastet werden. Er verliert das Gedächtnis.

Auf Sternenbasis 310 nimmt die Enterprise Wesley Crusher an Bord, der schon bald ein äußerst destruktives und unhöfliches Verhalten zeigt. Ebenfalls an Bord kommt Flottenadmiral Necheyev, die sich dort mit Picard trifft. Sie berichtet, daß das Grenzabkommen zwischen der Föderation und den Cardassianern endlich unterzeichnet wurde. Die Grenze und eine entmilitarisierte Zone wurde allerdings so gelegt, daß einige Föderationskolonien nun in cardassianischem Gebiet liegen. Eine dieser Kolonien befindet sich auf Dorwan V. Diese wurde vor 20 Jahren von Indianern gegründet, die 200 Jahre zuvor ausgewandert waren, um ihre Kultur zu bewahren. Picard erhält den Auftrag, diese Kolonie umzusiedeln.

Worf hat Schwierigkeiten mit Alexander. Der Junge, der sich langsam auf den Ersten Ritus des Aufsteigens, bei dem ein Kind zum Krieger wird, vorbereiten sollte, weigert sich und sagt, er wolle kein Krieger werden. Um Alexander sein klingonisches Erbe näherzubringen, nimmt Worf ihn mit zu einem klingonischen Fest, das auf einem Außenposten gefeiert wird. Dort wird Worf von mehreren Klingonen angegriffen.

Troi und Worf begegnen auf der Enterprise einem verwirrt wirkenden Picard, der behauptet, er würde vorwärts und rückwärts in der Zeit springen. Er bittet Dr. Crusher, ihn auf Anzeichen des iromodischen Syndroms zu untersuchen, der Krankheit, an der er, wie er in der Zukunft erfährt, als alter Mann leiden wird. Beverly findet zwar keine Anzeichen der Krankheit, stellt bei Picard aber die Veranlagung dafür fest. Kurz darauf trifft eine Nachricht von Admiral Nakamura ein. Er berichtet, daß die Romulaner 30 Warbirds an der neutralen Zone zusammengezogen hätten, und dass es eine räumliche Anomalie im Devron-System innerhalb der Zone geben würde, die damit in Zusammenhang stehen könnte. Die Enterprise wird zusammen mit einigen anderen Schiffen dorthin beordert.