Un narrateur flegmatique, un incendie mortel et l'arrivée terrifiante d'un parent éloigné... Ainsi commence la terrible histoire des pauvres enfants Baudelaire.

Tandis que la secrétaire de Mr Poe fait du zèle, le comte Olaf enrôle Violette et Klaus dans une pièce de théâtre lourde de tragiques conséquences.

Les Baudelaire emménagent chez le professeur Montgomery, herpétologiste réputé, mais à leur grand effroi, leur nouveau tuteur embauche un assistant qui leur est familier.

Après la découverte d'un cadavre dans le laboratoire aux serpents, Klaus et Violette soupçonnent le comte Olaf et ses sbires, et Prunille explore une valise... en détail.

Le lac Lachrymal n'ayant pas volé son nom, c'est là que vit la nouvelle tutrice des enfants, leur tante Joséphine, une grammairienne hélas brisée par le veuvage.

Flairant une machination, Klaus et Violette examinent de près la lettre qui transfère leur tutelle au capitaine Sham, un marin étrangement lié au comte Olaf.

Arrivés à la scierie Lucky Smells, les enfants découvrent de fâcheuses accusations contre leurs parents. Pendant ce temps, le comte Olaf courtise une ancienne amoureuse.

Klaus n'est plus le même après son rendez-vous chez le Dr Orwell, une optométriste aux patients curieusement optimistes. Violette tente de blanchir leurs parents.

Les Baudelaire se font à la vie de l'internat et rencontrent de mystérieux jumeaux dont la vie tragique ressemble singulièrement à la leur.

Les Beauxdraps continuent leurs recherches, et les Baudelaire peinent à trouver l'équilibre entre leurs études et le régime d'entraînement imposé par le comte Olaf.

Violette, Klaus et Prunille ont de nouveaux tuteurs dans un bâtiment huppé où « les escaliers sont in, et l'ascenseur, out ». Jacques Snicket forme une nouvelle recrue.

Les Baudelaire retrouvent leurs amis... puis les perdent au fond d'une cage d'ascenseur. Le comte Olaf se déguise en commissaire-priseur.

M. Poe emmène les Baudelaire à V.F.D., un village du Far West où l'on se passionne pour l'ornithologie. Jacques et Olivia cherchent toujours les Beauxdraps.

Les orphelins sont considérés comme des suspects après un meurtre atroce, mais le temps passé derrière les barreaux permet de comprendre bien des choses.

La vie en cavale mène les Baudelaire jusqu'à un hôpital terrifiant néanmoins équipé d'une immense bibliothèque qui contient peut-être des réponses à leurs questions.

Un Klaus barbu et Prunille passent les couloirs de l'hôpital au peigne fin à la recherche de Violette qui est retenue prisonnière aux bons soins du comte Olaf.

Bienvenue au cirque le plus sinistre du monde, un endroit où les mystères les plus surprenants (et un visage familier) vous attendent.

Se faisant toujours passer pour des siamois, les Baudelaire s'apprêtent à subir un sort affreux. La chance tournera-t-elle enfin en leur faveur ?

Tandis que le comte Olaf fait route vers le QG de V.F.D. en retenant Prunille en otage, Klaus et Violette continuent leur course infernale le long d'un précipice.

Prunille envoie un signal depuis le camp du comte Olaf, où un sinistre duo réveille de vieux complexes. Un indice retrouvé au QG de V.F.D. révèle une rencontre fatidique.

Une jeune capitaine de sous-marin liée à V.F.D. se révèle elle aussi à la recherche du sucrier, tout comme Esmé Eschemizerre, déterminée à le retrouver la première.

Avec le sort de Prunille en jeu, Klaus et Violette se lancent à la recherche d'un antidote et découvrent l'emplacement du Dernier Lieu Sûr.

Tout le monde se presse à l'hôtel Denouement où "J.S." a convoqué les membres de V.F.D. et où les apparences se révèlent trompeuses.

De grands secrets sont révélés alors que le comte Olaf fait face à ses juges. Appelés à témoigner, les Baudelaire obtiendront-ils enfin justice ?

Dans le chapitre final, les Baudelaire débarquent sur une île déserte : un lieu d'âmes perdues, de vieilles anecdotes, de nouveaux départs et de fin d'histoire.