Toha Yamaji, un ninja en formation, doit endosser le costume familial et devenir Jiraiya lorsque le clan des sorciers s'en prend à sa famille et au mystérieux Pako, au moment où divers ninjas du monde entier commencent à arriver pour le même objet.

Toha tente de convaincre le ninja du château Baron Owl qu'il est Jiraiya lorsque le ninja britannique demande à son père de combattre à sa place.

Toha enquête sur un puissant ninja turc venu au Japon pour récupérer un trésor de sa patrie.

Lorsque Toha perd la volonté de se battre contre un puissant ninja créateur d'illusions, ses frères et sœurs Kei et Manabu vont l'affronter à la place de leur frère.

Manabu vole le Jikkou Shinkuuken de Jiraiya pour prouver sa valeur à la famille, mais il se fait voler et utiliser par un ninja homme-lézard.

Toha décide de partir à la recherche de Reiha dans l'espoir de résoudre certains secrets du Conseil, mais il est pris pour cible par le clan des sorciers et un ninja manipulateur de sons.

Toha et Tetsuzan sont attaqués par un célèbre chasseur ninja d'Afrique qui tue sans pitié tous ceux qu'il cible.

Toha et Kei sont chargés de protéger une princesse contre une tentative d'assassinat par le clan des sorciers.

Ryu propose à Toha de sacrifier leur pièce du Conseil au clan des sorciers en échange du sauvetage de Rei, le Baron Hibou étant également à la recherche de la clé de Pako.

Un voyage à Yokohama conduit Toha à affronter le clan des sorciers et les assassins ninjas de Hong Kong qui le prennent pour cible.

Après avoir échappé de justesse aux assassins chinois, Toha doit se regrouper et trouver un moyen de vaincre les ninjas rivaux, surtout après que Reiha se soit blessée en le sauvant.

La famille Yamaji protège un ancien élève de Tetsuzan et sa fille poursuivis par un ninja manipulateur d'origami.

Toha et la famille Yamaji rendent visite à un peloton de ninja qui protège Rei, sans mémoire, alors qu'elle est la cible d'un puissant assassin qui cherche à vaincre Jiraiya.

Toha est chargé de protéger une gare sous la menace d'un ninja américain lanceur de roquettes, arrivé au Japon en plein déchaînement destructeur.

Haburamu demande à la famille Yamaji de l'aider à gérer une épée maudite qui a fait revivre un puissant ninja sorcier.

Jiraiya affronte un escadron de ninjas élémentaires envoyés par le clan des sorciers, mais l'un d'entre eux n'est pas comme les autres.

Toha et Manabu se rendent à Hamanako pour empêcher la découverte et l'utilisation d'une armure démoniaque, mais ils se heurtent à la résistance des ninjas locaux qui les considèrent comme des ennemis.

Lorsque Jiraiya éprouve des difficultés à vaincre le pouvoir de Maou, il doit apprendre les méthodes du paisible ninja de la fleur Yumeha pour trouver un indice de victoire.

Dokusai engage un ninja maître du déguisement pour susciter la méfiance des Yamaji afin de pouvoir les virer de leur appartement et récupérer leur part du Conseil.

Alors que Toha continue d'essayer de gérer la famille Yamaji sans son père, un ninja armé de l'Ouest américain est chargé par le clan des sorciers de l'abattre.

Un ninja sacré du Moyen-Orient est manipulé par le clan des sorciers pour voler tout le gaz du Japon.

Kei protège sa nouvelle amie des brutes de l'école ainsi que des manipulations du clan des sorciers pour la faire tomber, elle et sa famille.

Toha et le clan des sorciers sont contraints de se soumettre à un ninja cyborg qui enlève des scientifiques afin d'utiliser leurs connaissances pour créer le chaos.

Alors qu'il se trouve sur l'île de Namegawa pour restaurer les souvenirs de Rei, Toha tente d'empêcher le clan des sorciers et un ninja plongeur de trouver un trésor pirate.

La famille Yamaji recueille une femme ramen errante alors qu'elle recherche son chien disparu et doit faire face à l'héritage du ninja chasseur Makumba.

Alors qu'il visite Oroha avec Manabu, Kei se perd avec un homme qui prétend avoir trouvé le légendaire château Ryuugu.

Lorsqu'un étranger vainc Toha et s'empare du costume et de l'arme de Jiraiya, il doit réaffirmer son entraînement et sa famille pour l'affronter.

Touha découvre la vérité sur sa famille et son lien avec Board lorsque sa maison natale est attaquée par les ninjas qui les ont tués.

Manabu s'enfuit de chez lui pour trouver un professeur qui puisse le rendre plus fort que Toha.

La famille Yamaji recueille un vieux ninja qui s'apprête à s'attaquer à un ancien élève devenu maléfique.

La découverte d'une épée puissante à Paris entraîne une ruée des ninjas, dont le collectionneur d'épées Benitokage, pour l'acquérir pour eux-mêmes.

Kei est envoyé pour enquêter sur le dortoir d'une plage pour filles qui est hanté en relation avec le clan des sorciers qui cherche une autre personne qui peut accéder au pouvoir lié à Pako.

La famille Yamaji et le clan des sorciers poursuivent tous deux le Ninja sauvage de l'éclair lorsqu'il reçoit sans le savoir la clé d'un plan d'armement secret.

Une mission pour une rencontre particulière devient la plus grande crise de Touha lorsque le clan des sorciers fait apparaître une créature géante pour les aider.

Jiraishin, un énorme dieu de métal, se lève pour protéger la famille Yamaji alors qu'elle fait face à sa plus grande crise ; mais peut-il affronter le géant du clan des sorciers ?

Touha et Rei recherchent un ninja voleur fantôme rusé qui vole dans des bijouteries liées à une diseuse de bonne aventure trompeuse.

Les Yamaji et Rei recherchent le Jiraishin en croyant qu'il s'agit d'un indice sur Pako, mais ils finissent par découvrir un ancien guerrier bizarre qui a été libéré d'une tombe souterraine.

Tout en essayant de trouver un moyen de traiter avec Demost, Jiraiya doit également faire face à la résurgence du clan des sorciers qui est maintenant rejoint par la puissante Madame Spider.

Touha et les Yamaji s'efforcent de fermer une école de ninja du clan des sorciers créée par Madame Spider pour transformer les enfants en serviteurs de Karasutengu.

Touha est guidé par une fille qui prétend pouvoir le conduire à Pako, alors que plusieurs Ninjas du monde tentent de les arrêter.

Une découverte du Benitokage oblige Touha à affronter l'épée rivale de Jikkou Shinkuuken, que Demost souhaite récupérer.

Les Yamaji recueillent une femme qui ressemble à leur mère, sans savoir qu'elle est utilisée par un espion ninja.

Lorsque Touha est rendu aveugle par un puissant ninja manipulateur de lumière, il part en quête d'un remède et se lie d'amitié avec une jeune fille vivant seule dans la nature.

Rocketman se fait doubler par le clan des sorciers pour aider à attaquer Jiraiya et Jiraishin afin de sauver sa fille de leur emprise.

Oruha est de nouveau entraîné dans le combat lorsque Madame Spider le force à assassiner Touha ou à perdre sa sœur.

Henry Rakuchin est manipulé par Demost pour répandre des mensonges sur le fait que les Yamaji possèdent Pako pour eux-mêmes, retournant leurs amis et le World Ninja contre eux.

Une jeune fille que Manabu aime bien l'utilise pour se rendre au Mont Kongo, où son père est enlevé par le clan des sorciers dans un complot visant à détruire Jiraishin.

Un mystérieux tremblement de terre et l'approche d'une planète perdue depuis longtemps conduisent les Yamaji et Rei au mont Kongo, où la vérité sur le mystérieux Pako est enfin révélée.

Alors que Jiraiya et Demost s'affrontent pour la dernière fois, Touha doit choisir de faire un sacrifice ultime pour sauver la Terre tandis que le clan des sorciers fait son dernier geste pour Pako.

Après avoir réalisé le dernier souhait de Pako, Toha doit régler un dernier compte avec Dokusai afin de mettre enfin un terme au long et dur conflit ninja.