지온군에 의해 파괴된 사이드4, 무어. 그 잔해가 떠도는 썬더볼트 주역에서는 고향을 빼앗긴 생존자들로 구성된 무어 동포단이 공역에 둥지를 틀고 있는 지온군의 리빙데드 사단을 제거하기 위해 작전을 벌이고 있었다.무어 동포단 조종사 이오 플레밍은 전쟁에서 지온군의 에이스 스나이퍼 대릴 로렌츠에게 비행기를 격추당하자 탈출. 적 조종사를 죽이고 모빌슈트를 빼앗고 대릴의 다리를 비웃으며 도발한다.전우를 죽이고 자신과 동료들을 업신여기는 이오에 대해 다릴은 복수를 결심하는 것이었다.

칼라 교수의 재사용·P·디바이스 연구에 협력하는 다릴들.한편, 이오의 풀아머 건담의 위협에 대해, 썬더볼트 주역 사수를 명령받았던 리빙 데드 사단의 버로우즈 함장은, 적 건담에 대항 가능한 실험기의 투입과 그 마지막 부품이 될 파일럿의 결정을 결단했다.조종사로 선발된 다릴은 남아 있던 오른손의 절단을 강요당한다.한번은 시술을 거절하는 칼라이지만, 본국에 있는 아버지의 구명을 위해 섹스턴의 설득에 응한다. 사단의 명운은 리유스 P. 디바이스를 탑재한 사이코 자크와 팔을 잃은 다릴에게 맡겨진다.

조종사와 모빌슈트를 소모한 항공모함 비하이브에 보급물자와 학생병이 도착한다.이들을 사지로 보내는 역할에 고뇌하는 클로디아는 약으로 도망쳐 버린다.그 모습에 화내는 한편 코넬리아스는 그녀를 위로한다.한편, 칼라로부터 재사용·P·디바이스에 관련된 이유를 털어놓은 다릴은 「살아남자」라고 용기를 북돋운다.그리고 연방군의 선더볼트 주역 탈환 총공격이 개시됐다.가혹함을 더하는 무어 동포단과 리빙 데드 사단의 섬멸전.사이코자크로 적 함대를 압도한 다리르는 마침내 이오의 풀아머 건담과 세 번째 교전을 완수한다.

모함 비하이브를 잃은 코넬리아스와 메카닉이지만, 적기함 드라이드 피쉬를 탈취해 살아 남으려고 계획한다.그러나 지온병은 자폭으로 맞서려 한다.그 비극의 연쇄에 몰려 정신을 좀먹는 칼라. 한편 콜로니 잔해 속에서 장렬한 사투를 벌이는 풀아머 건담과 사이코 자크. 단짝이 된 듯했지만 승리한 것은 다릴이었다.조종석에서 나타난 다릴의 사지의 없는 모습에 타격을 받은 이오였지만, 지온군의 포로가 되더라도, 다릴과 계속 싸우는 숙명은 아직 끝나지 않자 불굴의 투지를 불태운다.

1년 전쟁이 종결되고 7개월 후의 지구 지온 공국군의 잔당 조직은 공화국으로 지정된 본국을 공국으로 복권하기 위한 싸움을 계속하고 있었다. 전쟁 말기 선더볼트 주역에서 무어동포단 함대를 전멸시킨 경이로운 모빌슈트 사이코자크의 조종사였던 다릴은 사이코자크를 잃은 뒤 지구로 내려가 연방 내부 군벌인 남양동맹을 탐색하는 첩보임무를 맡았다. 한편 다릴과 사투를 벌인 이오는 시제 모빌슈트, 아틀라스 건담 조종사로 발탁돼 지구로 향한다.그 새로운 전장은, 콜로니 함정의 상처가 남는 오스트레일리아 대륙을 안는 남양이었다…….

일년전쟁 말기 전쟁에서 정신과 기억의 후퇴를 일으킨 칼라.그의 회복을 위해 아버지 역할을 맡는 다릴의 병세는 좀처럼 나아지지 않는다. 해저 기지를 뒤로 한 다릴들은 첩보원과의 접촉을 도모하기 위해 앗가이로 출격.남양동맹의 지배지역에서 살레부대의 요격을 당한다. 한편, 이오와 비앙카는 전회의 전투에서 아틀라스 건담과 건캐논·아쿠아를 파손.수리를 위해 대기 임무를 명령받다.2명이 승무하는 스파르탄은 선더볼트 작전을 속행해 인도양으로 향하지만 구프와 도다이로 구성된 남양동맹 국경 수비대에 진군을 막는다.그 수비대 지휘관의 목소리에 이오는 깜짝 놀랐다.

밀림에 들어간 앗가이 소대는 남양동맹의 달레 부대에 고전한다.목적의 첩보원과의 접촉을 단념하는지 아닌지, 몰려가는 다릴. 반면 남양동맹 국경수비대는 구프와 드 다이의 부대를 전개해 스파르탄의 앞을 막으려 한다.자폭공격을 하면서 함내 잠입을 시도하려는 그들의 목적은 무엇인가? 이오는, 클라디아·페일이라고 자칭하는 남양 동맹 수비대 대장의 정체를 확인하기 위해, 짐 개륙전형에 탑승해, 비앙카가 조종하는 콜벳·부스터와 제휴. 구프트·드·다이를 접촉하고는, 격추시켜 간다. 밀림과 고공에서 벌어지는 3파전의 격전은…….