裏生徒会の監視の下、懲罰棟（通称・プリズン）に投獄され、強制労働を課せられた男子たち。過酷な労働と副会長・芽衣子からの懲罰に一喜一憂しながらも、日々を過ごしていた。そんなある日、理事長からの提案もあり休日の外出許可が下りる。キヨシが、憧れの千代と約束した相撲デートが叶うと喜ぶも束の間、外出許可を快く思わない会長・万里に外出を取り消されてしまう。

芽衣子と書記・花のセクシャル＆バイオレンスな監視の目を盗み、数々の難題をクリアして、着々と脱獄計画を遂行するキヨシとガクトのコンビ。いよいよ脱獄も大詰めかと思われていたその矢先、これまで苦労して掘削していた脱出穴に異変を見つける。

脱獄前日、女子寮に忍び込み、巡回のクリーニング屋からある物を拝借するキヨシとガクト。起死回生の脱出計画の準備は整い、ついに当日。キヨシが計画通り正門をくぐろうとしたその瞬間、万里に呼び止められてしまう。しかし、計画が功を奏し回避することに成功。

千代とのデートが失敗に終わり意気消沈するキヨシに、さらに追い打ちをかけるように脱獄行為が裏生徒会へ発覚してしまう。ペナルティとして全員の刑期が延長され、キヨシは裏切り者として仲間内から孤立していく。

裏生徒会の進める恐ろしい計画「DTO」。その存在も知らずに美味しい食事で懐柔され、仲間の情報を流してしまうシンゴ。そんな中、裏生徒会の最初のターゲットとされたジョーは、ペットの蟻をカラスから守るために暴力沙汰を起こしてしまい、裏生徒会のもくろみ通り懲罰房へと収監されてしまう。

芽衣子からおつかいを頼まれ、街に外出するシンゴ。時間が余り、ゲーセンへと立ち寄ると、同じ学園の生徒・杏子と出会う。その後もおつかいのたびに再会するシンゴと杏子。シンゴは、学園ではちょっと珍しいタイプの杏子に次第に心惹かれてゆく…。その頃プリズンでは、ひょんなことからガクトの関羽フィギュアの存在が芽衣子にバレてしまう。

芽衣子からのお仕置がお預けとなり、廃人の様になってゆくアンドレ。それを見計らったかのように、芽衣子は「ご褒美」をちらつかせる。心身ともに我慢の限界に達していたアンドレは「ご褒美」欲しさに芽衣子に突進し、ついにはプリズンの外へと突破してしまう。

退学を免れたい男子たちはDTOの証拠を入手するべく、看守室のPCを調べる事を思いつく。だが、看守室へ向かうためには芽衣子を談話室に足止めせねばならず、力自慢の芽衣子を煽りたてて腕相撲勝負に引き込み、時間稼ぎをすることに。立て続けに勝負を挑む男子たち。

DTO計画書入手に失敗し、退学が確実となったキヨシたち。その心は折れかけていたが、最後の希望に賭け理事長に嘆願書を渡す事を思いつく。最後の思いのたけを書き連ねた嘆願書を芽衣子に託し、運命の日を迎えることに。そしてその当日、無慈悲にも、退学決定の事実が告げられてしまう。

キヨシの尻問答のおかげで退学が延期されたものの、その猶予はたったの一日。残されたわずかな時間の中で最後の作戦を実行に移すことに。しかし、裏生徒会側の先を見越した対応で思うように作戦が進まない。それでもキヨシは機転を利かし、花から怨みを買っていることを逆手に取って、看守室への侵入に成功する。復讐心に燃える花は、またしても恥ずかしい行為をキヨシに強要する。

突然、花に覆いかぶされ唇を奪われたキヨシ。置かれた状況に困惑しながらも、花のチューに反撃の糸口を見つけ、一転攻勢に転じる。キヨシの予想外の反撃に花は激しく混乱し、気持ちの許容範囲を超え、放心してしまう。任務を遂行したキヨシは憔悴しきった花に連れられ、独房へと戻るのだった。