自超巨型兵器‧OBJECT的出现将人类对战争的认知彻底颠覆后，战争的主体变成以OBJECT之间的角力为主，传统军队则毫无用武之地。阿拉斯加雪地中的基地中，派遣留学生的库温瑟与一等兵贺维亚也因为一般士兵实际上无事可做而被指派去进行毫无意义的铲雪作业，然而他们并没有料到在不久之后，他们即将以肉身之躯面对主体就超过50公尺长的OBJECT…。

“信心组织的”OBJECT攻入“正统王国”的阿拉斯加前线基地。为冰雪地带进行过战斗特化、被称之为“水蜘蛛”的OBJECT大破“贝比麦格农”，并进一步瞄准向移动基地。在这时，脱出成功的米琳达为了吸引敌军的注意而发送了求救信号。对于她为了阻止友军遭受OBJECT蹂躙的自我牺牲行为，库温瑟感到错愕不已，身为机密的“ELITE”遭受俘虏的话，等带着她的只有悲剧。为了救出平时总是保护着自己与OBJECT战斗的“公主殿下”，库温瑟与贺维亚动身前往她的所在地…

为了阻止“信心组织”的追杀撤退中的我军，同时也为了活着离开阿拉斯加，以OBJECT设计师为目标的派遣留学生库温瑟、贵族出身的雷达分析官贺维亚，以及OBJECT的驾驶员ELITE的米琳达决定集结三人的力量想办法解决敌军的OBJECT“水黾”，然而凭着人类的血肉之躯，没有正面击破OBJECT的方法的可能。最后，库温瑟与贺维亚决定潜入敌军基地，对OBJECT的备用零件动手脚…。

在阿拉斯加靠着肉身之躯将敌军OBJECT破坏而立下大功的库温瑟与贺维亚受到了上层的注意，并且将他们送往了直布罗陀海峡的前线。任务内容是阻止滥采石油的敌军OBJECT突破海峡进入地中海。这一次米琳达所驾驶的OBJECT贝比麦格农也会在前线作战，认为只要在米琳达背后行动进行支援就万无一失的两人在放下心来的同时，敌军OBJECT“三核心”对海上维修基地群展开了炮击…。

潜入敌军超大型OBJECT“三核心”、冒死装置了大量炸药的库温瑟与贺维亚成功引爆了三核心的储油槽，然而三核心的机身主体却依旧屹立不摇。尽管如此还是完成了任务的两人与芙萝蕾缇雅搭上了救生艇撤退至后方，但库温瑟却查觉到与三核心交战中的米琳达的异状…。无法见死不救的库温瑟决定回到前线，并再次试图找出三核心的弱点…。

在直布罗陀海峡上再度立下大功的库温瑟与贺维亚被送往了大洋洲军事国参与和情报同盟等国所组成的多国军队进行“治安管理”。敌方持有的是仅有一台的0.5世代OBJECT，面对多国联军合计超过20台OBJECT的阵容之下，大洋洲军事国选择利用领土广大的优势将OBJECT给藏匿起来。库温瑟与贺维亚等人开始与OBJECT进行找寻敌军OBJECT的行动…。

由于正统王国战地记者的贸然行动对大洋洲军的部队开火，导致大洋洲军即将派出OBJECT行动屠杀平民以向世界宣示权威的结果。为了尽早找出大洋洲军0.5世代OBJECT藏匿的正确位置，无法取得上层进一步情报的库温瑟与贺维亚只能靠自己进行推测。而在这时上层传来找到了0.5世代所在地的情报，并且马上派出OBJECT出击。然而库温瑟却发觉到了异常…。

如同库温瑟与贺维亚的推测，两人在塔奈米沙漠发现了大洋洲军事国唯一的OBJECT“0.5世代”的身影，然而在向多国部队的OBJECT请求增援却意外遭受到了某位人物的干涉…。眼看敌军OBJECT将要动身屠杀村落的人民，贺维亚与库温瑟决定要想办法与0.5世代做个了断…。

库温瑟与贺维亚虽然接二连三地击败OBJECT立下大功，但也因为数度违反军令而使得功绩全被抵销。两人正被关在弹药是进行着弹药填装的枯燥工作。而在此时芙萝蕾缇雅对两人下达了新的作战任务，这一次的地点是在南极找寻恐怖分子所布署的地对空飞弹。然而两人在移动途中却遭受到了恐怖分子的袭击…。

在南极企图利用卫星雷射攻击月球表面别墅的幕后主使终于查明，乃是“资本企业”下的财团势力“质量加速器财阀”所一手策画。面对片面脱离资本企业，并往正统王国于南美设立的宇宙开发基地，正统王国决定要基于安全保护的名义对质量加速器财阀进行歼灭作战，于是库温瑟与贺维亚等人再次赴往前线…

面对迟迟无法发现其身影的“质量加速器财阀”的OBJECT，正统王国大队第52机动整备大队展开了地毯式的搜索。然而就在同时，预定将从亚马逊地方52大队会合的新锐OBJECT“光耀蝗虫”却突然遭受到敌军OBJECT的极远距离磁轨炮的直击而大破。紧接着，甚至连待机中的贝比麦格农以及临时驻扎基地也遭遇到了炮击…。

为了阻止薇拉妮·沙罗诺下士擅自决定进行的水坝破坏计画，库温瑟与贺维亚决定兵分两路分别阻止沙罗诺以及质量加速器财阀的OBJECT“破坏信使”的行动。在山谷岔路预测位置等待OBJECT现身的库温瑟与芙萝蕾缇雅，由于正前往支援的贝比麦格农的驱动声导致无法确切推测破坏信使的移动路径。这时，库温瑟做出一个冒险的决定…。

在伊瓜苏成功将质量加速器财阀的OBJECT“破坏信使”击毁后，为了持续追击质量加速器财阀残党，正统王国52机动整备大队来到了质量加速器财阀的据点亚马逊地方。最终目标是将质量加速器财阀现在的指挥者史拉德·汉尼萨克尔抹杀。然而由于贝比麦格农前遭受到偷袭而处于中破无法维修的状态，库温瑟等人开始在亚马逊丛林做为先锋缓缓前进…。

库温瑟一行人深入至亚马逊市的遗迹内部，然而出现在他们眼前的，竟是已经部署完毕的OBJECT“破坏信使”所使用的高功率轨道炮主炮。眼看主炮即将发射，库温瑟立即呼叫贝比麦格农抢先一步进行射击，然而在此同时，库温瑟发觉了不寻常之处…。

库温瑟与贺维亚再次回到了贝比麦格农与信心组织的OBJECT“水黾”曾发生过战斗的阿拉斯加。这次的任务是驱离在本已属于正统王国军所有的水黾残骸周遭，并设立基地蒐集情报同盟军资料。然而情报同盟军也派出了在大洋洲攻略战时曾与贝比麦格农共同行动的OBJECT“快击手”，曾经短暂共同作战过的两架OBJECT，如今将要展开激战…。

情报同盟军能歌善舞的G罩杯人气偶像ELITE的真实身份，竟然是身材娇小的年幼少女…备受打击（？）的库温瑟虽然沮丧不已，但是既然已经成功潜入“快击手”的驾驶舱内部，还是立刻振作起精神威胁ELITE投降。然而库温瑟没有预料到，就在此同时，情报同盟军的OBJECT级战略AI“茱丽叶”也开始启动…。面对已经紧急将主炮替换完毕的快击手，米琳达的贝比麦格农却是好不容易才勉强维修好一门主炮，这时库温瑟灵机一动想到了一个办法…。

正统王国的电视台为了进行节目摄影而来到了正统王国军第42整备大队军驻扎的基地内。正当基地内闹得沸沸扬扬的同时，为了实施对“信心组织”军队位在堪察加半岛的军用矿坑的破坏作战，决定将于夜间开始行动。身为派遣留学生的库温瑟虽然在作战中不需要前往最前线，但还是需要进行后线支援。正当他正在搬运交代好的缺品零件的半路上，突然出现了一位穿着黑色军服与其他军人截然不同的女性…。

与库温瑟一同行动的纳兹雷突然背叛，杀死同行的队友後消失无踪。库温瑟与夏洛特虽然好不容易捡回了一命，但是执行任务的电脑以及通讯用的设备遭受破坏，部队A的任务宣告失败…。即使如此为了要将纳兹雷是间谍一事告知上层，两人也必须要想办法活下去。而另一方面，贺维亚所在的部队B眼前出现的，竟然是应该在海上与“靛蓝电浆”交战中的信心组织军OBJECT“平衡翼”，走投无路的B小队决定要背水一战，然而…

暗杀队友、造成任务失败的叛徒纳兹雷，开着矿坑内的工业用强化服，向库温瑟等人袭击而来。在狭窄的矿坑内，库温瑟等人即使拥有能够对抗的武器，也无法贸然进行回击。在被追赶的途中，库温瑟灵机一动想到了反击的方法…。另一方面在作战室中，迟迟无法与潜行部队取得连络的芙萝蕾缇雅，收到了一则发信源不明的通信…。

领导第24机动整备大队的贵族普莱斯威尔·西堤·史利克，带领着多达七架的OBJECT袭来，而且他们即将以“军事演习”为由，对维多利亚岛的移民居住都市进行攻击。然而库温瑟推测，其中的六台应该只是虚有其表的伪装机，因此决定要动身想办法迎击，但在此时却遭受到资本企业军的佣兵部队的袭击，而被俘虏的库温瑟竟然表示要当场雇用她们…？

眼看移民居住都市即将进入靛蓝电浆及其所率领的六架OBJECT的射程范围之内，库温瑟等人决定展开行动。他们利用佣兵部队释出的无人机进行声东击西作战，成功在敌人的OBJECT装甲上造成了伤害，也同时证明了库温瑟的推测正确，这六台OBJECT确实是装甲厚度远不及真正OBJECT的伪装机。在库温瑟开始思考下一步行动时，意外捡到了伪装机掉落的装甲版。而其构造令其百思不解…。

库温瑟一行人与“情报同盟”开始进行人质交换。由于这次的任务与在国际社会中有庞大影响力的宗教家・库朗代克大师有密切相关，在这个四大势力的OBJECT齐聚一堂的交换地点，公主殿下与情报同盟的“呵呵呵”再度相会。正当她们两人为了那位“少爷”吵得不可开交时，公主殿下的通讯系统却突然中断。在了解到通讯是遭受到不明人士中断後，库温瑟等人立刻赶往发信源的地点。然而在途中，却从督战口中得知这次的事件与某个人物有密切关连的情报…。

因遭受弗莱德原评议员利用认知介入程式“真实之镜”的入侵，贝比麦格农发生了严重的失控。而驾车疾驰的库温瑟与贺维亚，也因为受到炮火波及而身受重伤。两人虽然捡回了一条命，但OBJECT的混战仍然在持续进行着。在得知正统王国评议会决定放弃贝比麦格农的决议后，库温瑟下定决心，绝对要将第37机动整备大队的ELITE米琳达·白兰丁尼，从失控的贝比麦格农中救出来…。